忽然传来罗什在长安圆寂的消息，慧远很悲痛。罗什比他小十岁，却提前往生了。又听说罗什的尸骨火焚后，惟有舌头不焦，又欣慰了。他着手将和罗什的通信，编成了一本书，叫《问大乘中ณ深义十八科》并《罗什答》二卷。后改名为《大乘大义แ章》流通于世。
408年的一天，慧观忽然回庐山了。同时和慧观一起来的是天竺高僧佛驮跋陀罗，还有四十几位僧人，都是高僧的弟子。佛驮跋陀罗又名觉贤，精通小乘๖理论，很早就以禅律驰名西域。在罽宾受到เ智严的邀请，历经三年，来到中国。到长安后，一度和罗什合作得很愉快，但很快有了分歧。姚â兴站在罗什一边，还作出了处分的决定，将佛驮跋陀罗摈出长安，意思是不许佛驮跋陀罗在长安传教。
世之所贵者，不过生存，生存而屈伸进退，道尽于此。浅深之ใ应，于是乎在。沙门则ท不然。后身退已，而不谦卑。时来非我，而不辞辱。卑以自牧谓之谦，居众人之所恶谓之顺。谦顺不失其本，则日损之功易积，出要之路可游。是故遁世遗荣，反俗而动。《弘明集》
慧远面色沉稳：我佛法中情无取舍，岂不为识者所察？此不足惧。意思是佛法中对待有情是无取无舍的，难道不为有识之士所觉察到吗？因此，就不用惧怕与谁交往了。
这人不知动了哪根神经，来信非要慧远下山从政。意思是佛家典籍很深奥，不是一般人学得了的。出家人不要亲情，和世道不一致。所谈的不过是邯郸学步罢了。他还是不了解慧远，他想争取慧远，争取到慧远，就争取到一批知识分子。慧远看了信，又好气又好笑，回绝了他。
桓玄一直对沙门有兴趣。这年他又搞了个沙门应该敬王者的争论。大概是为自己以后登宝座做准备。往根本上说，这是儒家与佛家之争。
4๒02年，慧远已经68岁了，须斑á白，但精神还是异常健旺。
大概受提婆游学的启，道生和慧观数人也要出去游学，慧远很高兴。游学是增进学识的一个ฐ好方式。数年后，道生、慧观到长安，在罗什手下担任主要译经助手，深得罗什喜爱。两人向罗什说起师父慧远。罗什说，道安是东方圣人，慧远是东方菩萨。
山下没有一天平静过。东晋的皇权几乎一直被几个士族掌管着。到安帝即位，就有人开始觊觎帝ຓ位了。安帝是个ฐ聋哑人，不能分辨寒暑。桓温的儿子桓玄就连这个傀儡也不想要。此人政治野心极大，后来把帝王拉下位子，自己坐了上去。此人后来和慧远多次打交道。
虽有王室和权贵要他下山，他始终不肯。
慧远一行人到了荆州，在上明寺住了三年，就又南下了。