慧远回信说：
卢循举事后，大概ฐ两人还有交往。有僧人不愿意了，就说：“循为国寇，与之交厚，得不疑ທ乎？”《高僧传》
40่3年，桓玄成大气候了，击败了所有的对手，登上了皇帝宝座，改国号为楚。这人大概小时候就表现出极大的抱负，因他父亲晚年有篡位迹象，朝廷很长时间不敢用他。但他的目的还是达到了。《晋书》把他说得十分坏，贪财啊，霸道啊。大概也因为他只有两年宝座时间，《晋书》不抬举他。
中国佛教和印度不一样，神权不能凌驾于王权之上。王权能做到的最多是喜欢，还要看你伤不伤害到我的利益。要伤害，对不起，你就要靠边了。不惟对佛教，对其他宗教也是如此。
后来慧持到了成都，和当地刺史交好。有一年，蜀郡内乱，慧持避乱到เ郸县。有个叫道福的，很凶残，带兵来到郸县，到处杀人。道福来到寺中ณ，众僧人很害怕，纷纷逃跑了。慧持在房中ณ盥洗，神色安详。道福来到慧持身边，慧持弹指洒水，淡然自若，道福愧悔而汗流满面，灰溜溜地走了。出了寺门之后，道福对手下人说：“道德高尚的人就是与众人不—样。”公元412年，慧持卒于成都龙渊寺中ณ，终年76岁。消息传到庐山，慧远自是悲痛不已๐。
他和僚属们讨论说：一县有数千人出家，这样下去，既阻碍了社会展，污染了民风民俗，又败坏了佛教形象。他提出了沙汰沙门的原则ท和办法：能说经者、经常修习练功者、不和流俗一道者，这些人不在沙汰之ใ列。但是“唯庐山道德所居，不在搜简之例”。桓玄对慧远还是尊重的。
两人就这么交往了一次，殷仲堪后来被桓玄所杀，慧远深为惋惜。
慧远有极高的政治智慧，在山上三十六年，冷眼看着山下社会局势的变化。说佛教脱，不理世事，是不大了解佛教。
自此，慧远没有离开过庐山一步，在山上演绎着佛的义理和精神，直至83岁圆寂。
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不多久，道安就赞叹：“使道流东国，其在远乎！”把佛教在中国传播开来，就是慧远了。俨然把慧远看做弟子中执牛耳的了。