以饮食来治疗疾病和预防疾病的习惯几乎ๆ遍及世界各地。在柯尔克孜人的观念中ณ，乳汁和酸奶是可以解毒，清理血液的食物。在民间有许多关于饮食方面的谚语“在放置着饮食的地方是没有苦痛的”、“吃了馕的人不会累，喝了奶的人不会老”、“黄牛的黄色酥油，多种疾患的良药”、“吃肉表现在肉上，喝肉汤体现在脸蛋上”等。如同这些格所表现的，有些民族的一些食物之所以被大量的食用，而有些食物则被禁忌等都与信仰有着密切的关系。例如：柯尔克孜人把食肉动物与叉蹄动物的肉看作是清真的可食的。草食动物中马是可食的，偶蹄动物中仅仅有猪是不洁的不可食的。除此之ใ外，飞禽肉是禁食的。可以食用的生灵都区分得非常鲜明。这种针对饮食禁忌的起源于古老的萨满教。伊斯兰教传入之后，也是按照另一种特点来继续延续的。不过，在民间文学作品中，可以见到许多有关对老虎的心脏，凤凰鸟的舌头等各种奇异的神话动物相关的母题。在这其中是不区分其清真与不洁，可食和不可食的。据此来看，这可能ม是因为其药用价值，而可以不视其禁忌的限制ๆ，在民间信仰中也是允许的。
酵的马奶“克米兹”是柯尔克孜族最喜爱的饮品。“克米兹”含酒精量约为1。—度。其制作方法是先将刚挤出的马奶装入熏制的山羊皮囊，放入陈奶酵剂，使之酵，并用木杆不断搅动，过夜后就酵成为酸度适中的可口饮品。“克米兹”虽然含有少量的酒精成分，但不易醉人，更不伤身体，具有一定的治疗价值。由于马奶含有蛋白质、脂肪、碳水化合物、乳酸、矿物质、多种维生素、氨基酸等。柯尔克孜自古以来用“克米兹”治疗肺结核、胃病、支气管炎、白血病、哮喘病，以及胃癌、肺癌等多种疾病。除了“克米兹”外，柯尔克孜族特有的饮品还有，用糜子面加工而成的“波左”饮料。其制作方法是：把小麦挑选洗净晾干，再用温水浸湿捏干，用棉被盖严捂起来，待长出0。～0．厘米左右的麦芽后，晒干，磨成粉，夏季一般糜子面0％～80％。原料越杂，质量越好。第一次酿造时可放面作菌种以后可用过滤酒渣作酵菌种，拌匀后捂起来，冬季在生火的房子里酵约～天，夏季一天即可。酵后闻有酒味时，加水过滤成粥汁状，再放到锅里文火煮沸，然后倒入木桶中捂起来再进行第二次酵，待到第二天用纱布过滤，去掉麸皮，即成“波左”酒。实际上一种酸甜可口的饮料é。冬天热喝，夏天凉喝。其酒味醇厚、甘美、清香，甜中略๓带点酸。酿造优质的“波左”酒，其酒精度可达到1้0度左右。孢孜酒而且有一定的药用价值，可以祛寒、生津、开胃、助消化。柯尔克孜族传统饮品中还有用大麦、青稞粉、玉米面加入酸奶酿制而成“加尔马”，用鲜奶和浓茶烧制的奶茶等。这些饮品一方面有驱寒、生津、开胃、助消化的功效，另一方还能平衡以肉食为ฦ主的食物结构。
随着牧区定居化程度的不断ษ提高，以及城镇化的不断加，柯尔克孜族的食品结构也在起了悄然的变化，在当今社ุ会，除了先前已经普遍食用的洋葱、土豆、大蒜等之外，各种新鲜蔬ຒ菜也早已成为柯尔克孜族餐桌上不可缺少的食物。
柯尔克孜人进餐时有很多禁忌。先是饭前必须ี洗手，洗手时不能ม甩手上的水，要用毛巾擦干。进餐时不能ม用手乱摸和用鼻子嗅餐补上的食品，吃囊时不能拿着一整个馕咬，要掰成小块往嘴里放。吃饭时要细嚼慢咽，不能ม狼吞虎咽，大咬大嚼，更不能出大的声响。进食时不能大声喧哗，更不能ม张口大笑。禁忌抛洒食品，掉下的食品碎屑要放在餐布上，几个人在一起吃饭时，不能ม动别人的碗勺，几个人同吃一盘抓饭、抓肉时，只能ม抓自己面前的。
柯尔克孜人待客人坐定后，要提水请客人净手，一般是前边一人一手提水壶，向客人手上浇淋，一手端脸盆接水，一般浇淋三次．客人洗三下，后边一人则ท递上长手巾请客人擦手，如果是一人侍候客人洗手，则ท将长手巾搭在肩上。客人洗手时不能甩手上的水，要向下滴入盆中。不允许将手伸人盆中去洗，更不许几人共用一盆水洗濯，饭前饭后或在进门时要主ว动给客人倒水洗手。柯尔克孜族忌讳在主人面前点牲畜ไ头数。接羔时忌说不吉利的话。放牧时，不能打骂牲畜ไ，更不能ม用禁食动物的名字骂可食动物。还有不能乘骑绵羊、山羊等小牲畜。不能ม把禁食动物与可食动物拴在一起或在—个ฐ圈内喂养。不能在畜圈内大小便。不准踩踏或跳过用于牲畜的绳子。不能ม骑马闯入羊群。每年接羔前期或生风雪灾害时，要进行“净畜”，即将牲畜穿过火堆或——通过点燃的几支蜡烛。因为，在柯尔克孜族看来，火光便是驱除邪恶的象征这与他们最早信仰的原始萨满教观念有关。