从经学思维方式上看，它追求对不同质的事物之间的联系、影响、渗透和整合，明显地有别于西方那种分析的、割裂的、局部的、以形式逻辑见长的思维方式。同时，经学思维方式又表现出自我完善的机能，为了适应特定的社会文化环境，而具有某种开放性的特点。它可以吸收、容纳异质的内容，自身做出调整，并在变化中保持同一性。从上述意义上讲，经学传统也可视为一种训练人们进行理论思维的传统。诚如梁启指出的：“自清代考证学两百余年之训练，成为一种遗传，我国学子之头脑，渐趋于冷静缜密。此种性质，实为科学成立之根本要素。”可以说，经学传统影响下的中国古代学术形态，具有极其独特的方式和魅力，是世界上任何一个国家和民族都无法比拟和复制的。
第四，学说的渊源不同。今文经学脱胎于战国至汉初的齐学，善言天人之性，颇有阴阳家的思想，当中董仲舒的《天人三策》强调“天人感应”的理论，根据阴阳家的学说思想来解释儒家经典，建立一套神学的世界观，使儒家学说蒙上浓厚的宗教色彩。古文经学则渊源于战国至汉初的鲁学，比较谨守典章之道，是原始、质朴而扎实的学派。因此，两派学者对“谶纬”，分别采取了信奉和排斥的态度。
汉代经学展史上最重要的现象是经今古文之争，今文经学与古文经学主要在以下方面表现出差异：
他认为，一个新王朝之所以能够建立，根本原因在于其统治者“受命”于天。也就是说，天已经将福命从悖德乱行的原统治者此时已经没有资格称为“天子”那里收回，而重新赐给新王朝的统治者。新王朝的统治者既已接受天命，必然要进行一些形式上的改变调整，以显示他受了新命，这就是“改制”。董仲舒认为，新受命的天子应该在居处、称号、正朔、服色等制度方面做出相应调整，以显示与旧王朝的差异。
当然，“天人感应”的主要作用还是表现在人类社会的治乱与天道运行之间的关系上。具体来说，人类社会的治乱兴衰的状况会影响到天道的运行；反过来，天也会通过灾异或祥瑞来体现它对人间社会治理情况的评判。
董仲舒是先秦以后儒学展史上的关键人物之一。所谓“成也仲舒，败也仲舒”，他对儒学展的功与过实在很难说清楚。一方面，由于他的努力，儒学得以在与各家的竞争中胜出，并确立起“独尊”的地位，思想影响遍及社会的各个领域；另一方面，也是由于他的学说，引了原始儒学的重大转向，甚至在一定程度上丢掉了儒家人文主义的真精神。所以，无论从哪一个角度看，董仲舒的儒学都是不容忽视的。
秦王朝在完成统一之后，继续实行法家的实用政策。不过，秦王朝也没有刻意地压制和贬低儒家，在一定的范围里仍保留了对儒学适度的尊重。一些儒者担任掌管礼乐文化的专职官员，秦王朝的统治者并没有排斥他们的存在。