402年，慧远已经68岁了，须斑白，但精神还是异常健旺。
桓玄大概不会想到慧远的安稳是说，这样的你争我夺于你自己也不好。六年后，如日中天的桓玄被另一个更大的军阀刘裕杀死。这年他36岁。
大概受提婆游学的启，道生和慧观数人也要出去游学，慧远很高兴。游学是增进学识的一个好方式。数年后，道生、慧观到长安，在罗什手下担任主要译经助手，深得罗什喜爱。两人向罗什说起师父慧远。罗什说，道安是东方圣人，慧远是东方菩萨。
提婆是罽宾沙门僧，深通毗昙学。毗昙学，全称“阿毗昙学”，是研习论术《阿毗昙》亦作《阿毗达磨》，且主要是说一切有部的《阿毗昙》的一种义学。提婆原来在长安就与人合译过《阿毗昙心论》，那时还是道安主持的。提婆上山后，慧远请提婆住进南山精舍。
虽有王室和权贵要他下山，他始终不肯。
不少人都是在战争中过来的，还不算惊慌。道安将弟子们分散开来，要他们东下。对其他弟子都作了很仔细的嘱咐，惟对慧远没有多说，只说要他和弟子东下。原来道安打算和慧远一起东下，刺史朱序不放道安走。慧远哭道：分手后，弟子独自一人，没有师父的训导勉励，恐不能行事。
觉贤后来译出《华严经》六十卷，对后世影响很大。有研究说他开了大乘瑜伽学说东流的先河。
晚明四大高僧之一，颇具侠义之风，重友谊，爱国爱教。在动荡年代致力于救世兴法，最终却因冤案死于狱中。
桓玄强调君权至上、礼教一体，坚持要以儒家的规则来约束佛教。
桓玄想重新书写历史，也想要沙门敬拜王者。将其意书示慧远，他想听听慧远的意见。为此慧远五次和桓玄通信，表达看法，这就是后来著名的《沙门不敬王者论》，文中他明确表示沙门俗，可以不受朝廷俗礼的约束。但佛教应维护王权。