桂系协助蒋介石发动了“四一二”政变，建立起南京政府，自侍立有“大功”，但却处处受蒋掣肘，未能满足夺取大权的欲望。双方貌合神离，互存戒心。在宁汉军事对峙，战争一触即发的情形下，对于蒋介石来说控制军队最为重要。当时，他在控制黄埔嫡系部队的同时，乘北伐之机收编了大量的北洋军阀旧部，这些部队没有多大的战斗力；而一些嫡系将领虽装备优良，但在胜利的情势下，骄横放荡，军队纪律败坏，战斗力也不强。战事失利，尤其是他所指挥的部队，协同白崇禧部与孙传芳等部北洋军作战时，全线溃退，引起舆论大哗。
蒋介石在与武汉政府对抗的同时，为了最后摊牌，实行反共反革命，寻找依靠力量采取了一系列应对措施。
既然蒋介石曾主张迁都，为什么当正式决定迁都武昌后，他却要反对这项决定呢？
台湾当局，在军事戒严时期，还制定了一系列特别法，进一步加强反共和剥夺台湾人民的民主权利根据戒严令和特别法，台湾的军、警、特人员，经常对索然无辜人员进行搜查，逮捕和杀害。在军事上，加紧备战，并组织“反共游击军”对大陆沿海进行骚扰。
虽然没有掌握实据，但汪精卫决心倒胡，蒋介石予以帮助。他安排官兵到胡汉民家借找胡毅生之名进行搜查，给胡汉民来个猝不及防。胡汉民知道形势对他不利，感到“无地安身”，先被带到蒋介石的住宅，随后转移到黄埔看管起来。蒋介石对胡汉民说：“大家都认为您与此案有关。可是兄也该明白我们的苦衷，我们也拿不出您无牵连的依据，只好委屈您了。”胡汉民放出不久，国民党中央政治会议决定，暂派他到苏联“考察”。汪、蒋请苏联顾问鲍罗廷出面找胡个别谈话，鲍罗廷说：“一般人以廖同志的案怀疑胡先生，这是没有的事。不过因此，也不宜在广东，如到苏俄走走，可以考察考察。”于是，胡汉民于9月从黄埔港登上“蒙古”号远洋轮船，“出使苏联”去了。
为了给出充足的退台时间，稳定台湾局势，蒋介石在军事上做了相应部署，在靠近台湾的几省驻扎重兵，企图延缓解放军对台湾的攻击。
尽管蒋介石在这个时期在一定程度上执行了孙中山的三大政策，但他的政治思想和政治态度在本质上是偏右的。他在国民党内左、右派之间两面讨好，又两面开弓，以达到个人的目的。周恩来后来在论述大革命时期的国共合作时指出：“蒋介石开始办黄埔军校时，表面上赞成革命，但他的思想实际上是反共反苏的，并不是真心诚意地与共产党合作。”他“随时提防和限制共产党”。
进攻陕北，是重中之重。这一军事行动的政治意义大于军事意义。国民党蒋介石统治集团认为，延安是中共中央所在地，攻占后可在政治上打击中共，动摇其在全国人民中的威信；如果能摧毁中共中央领导机关，或者胁迫其离开陕北，将给中共造成的打击是致命的。胡宗南25万人进攻延安。1947年2月，蒋介石飞抵西安，向胡面授机宜。接着，胡部对延安形成了包围圈，3月14日开始大举进犯。当时，留在陕北的解放军只有2万多人，在双方兵力十分悬殊的情况下，中共中央决定暂时放弃延安。3月19日，胡宗南以损失5000多人的代价占领了延安，此时延安只不过是座空城，而胡宗南声称击溃10万共军。其后，国民党开动一切工具，大肆宣传国民党的“胜利”。蒋介石亲临延安“视察”。
蒋介石赴欧美留学的计划是否确有此打算，这种没有记载的心理活动很难推断，但从后果看，是投石问路，以试探自己在孙中山心目中的分量。这一招又奏效了，孙中山用命令的口语表示挽留之意，蒋介石心领神会，当即表示放弃留学计划，留居上海，准备为革命领袖孙中山效力。这是口头上的答应，内心还在盘算着，鉴于粤军的现状，重返粤军，不可能有大的作为，若轻易应孙中山邀请到粤军中谋职，不但成就不了什么大的事业，反而难以引起孙中山对自己的重视，他决定再等待。
这次大会，在蒋介石集团的支配下，决定拒绝联合政府的主张，最终确定了实行独裁和内战的反动政策。国民党六届一中全会，强迫全体中央执监委员在蒋介石的监督下宣誓：“服从总裁命令”。而蒋介石在大会选举总裁时，曾经表示自己当总裁在“今天的中心工作，在于消灭共产党”。
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1933年11月，正当蒋介石集结重兵，对红军进行第五次“围剿”的时候，发生了福建事变，蒋介石的后院起火。为尽快解决福建事变，他制定了三路围攻的军事计划，卫立煌被任命为总指挥。12月下旬，卫立煌的部队迅速抵达福建北部，对19路军形成了包围之势，因福建人民政府中矛盾重重，战斗力很弱，旋即失败。卫立煌立了大功，因为部队是临时组建起来的，战争一结束，各个部队都要回原防地。解散前夕，各部师团长和参谋长、处长等，在一块聚餐喝酒，随后，各部队长官打了一晚的麻将。
被敌封锁，对外交通几乎断绝，中国要坚持抗战，就必须建立新的经济基地和寻找对外联络。蒋介石广泛听取专家顾问的建议，坚定了“经营四川”、“外战入川”的决心。
为了将孙中山的灵柩从北京迁至南京，兴师动众。5月，由南京开出专列，出动了陆海空军，几乎全部国民党大员，参加仪式，灵柩在30万人护送下，步行将近两个小时，从香山抬到前门车站，从北京到南京，沿途各车站都进行了隆重的接车仪式。蒋介石亲自到车站迎接，全南京大小官僚和市民，将灵柩送过长江，举行了三天的公祭日，蒋介石亲自守灵，然后万人空巷，送往紫金山安葬。
评析：
权力是个人野心的催化剂，又是野心膨胀的助推器，权力增大野心更大。为了扫除阻碍，他下定了“只有奋斗决战死中求生耳”的决心，一步步地实施打击共产党和国民党左派、排挤汪精卫的计划。
1919年年初，他负气离开粤军，回沪后在上海谒见孙中山，表示了出国留学之意。孙中山极力挽留，甚至以命令的口吻，不许其出国，并解释说：“为了重建革命政党，必须要有军事方面的助手，如果让你远游欧美，长期留学，对革命阵营来说，实在是很大的损失。”
后经舅父孙琴凤的介绍，他被送到宁波箭金学堂。在箭金学堂读书期间，博学的顾清廉老师，教学生们读周秦诸子、《孙子兵法》、《说文解字》，讲世界大势，鼓励学生出洋留学，使蒋第一次知道当时中国有一个革命的孙中山先生。顾还将自己一部心爱的经过一番圈点的《曾文正公集》赠给蒋介石。这是一部对蒋介石来说堪称《圣经》的书，蒋对曾崇拜有加，视曾国藩为“做人楷模”。
由于蒋介石将军队主要放在“围剿”红军上，同时也由于国民党内的纷争内耗，使日本有机可乘，日益扩大对华侵略的战火。在内外压力下，11月7日，在南京和广州分别召开了国民党第四次全国代表大会，然后共同产生一个统一的中央。尽管统一的中央有蒋介石的地位，但蒋介石并不甘休，他通过活动，把已投靠广州政府的汪精卫接到南京方面。代表广州政府与南京政府谈判的汪精卫的代表，得到汪的指示，宣称不去广州了。在广州和香港的汪派代表也都齐集于上海，召开国民党第四次全国代表大会。结果，国民党竟开了三个第四次全国代表大会，闹出空前绝后的政治笑话。
在南京召开的国民党四大上，蒋介石表示承认错误，要求大家能够“竭诚团结，来努力奋斗以完成革命使命”。他的这一举动收到较好的效果，北方的冯玉祥和阎锡山都表示拥护蒋介石。蒋介石看到政局开始发生微妙变化，态度又开始强硬起来，表示国难当头，他不能放弃自己向上的职责，凡是想让他下野的人，都是对党国力量的破坏，他要求广州国民党势力能够以大局为重，团结在他的身边。
广州方面并不示弱。没有办法，蒋介石不得不面对现实，以“走为上计”，作出下野的选择。12月22日至29日，三个全国代表大会大会产生的中央委员在南京召开国民党四届一中全会，蒋介石于会前辞去自己所兼各职。林森任国民政府主席，孙科任行政院长。
蒋介石的这次下野的选择，尽管是被迫作出的选择，但在危殆关头，采取此举，使自己摆脱了困境，并掌握出重新复出的主动权。他对“走”作了周密的安排，布下杀机。
首先，使下野变成金蝉脱壳。在全国抗日热情高涨的情势下，蒋介石的不抵抗政策受到朝野内外的声讨，如果任其发展，他有可能遭到更大的反对。鉴于此情，蒋介石希望有人能够代他受过，分担骂名，使自己窥避政治风险。
其次，在人事上进行安排。他在下野前，在国民党中央安排了大量亲信，使统一后的国民党中央中，支持蒋介石的势力能够占据相当比例。在军事上，依靠黄埔系，来维系他对军队的控制。在财政上，由宋子文控制财政部，把握经济命脉。宋子文在离开财政部时，把所有的文书和现金全部挪走，新的政府将面临资金和人才的短缺。一个没有军队和财政支持的中央政府，名存实亡。维持不到两个月，孙科呼吁汪精卫和蒋介石重新上台主持中央。1932年1月20日，蒋介石宣布恢复职务。
评析：
蒋介石此次被迫下台，是咎由自取。在日本制造“九．一八”事变后，仍然奉行妥协退让的政策，引起全国民众的公愤；因政见不同将胡汉民软禁，引发了政敌的声讨。这是从大略上评判蒋介石的退。
从小谋的角度评判，蒋介石以“走为上计”，比较成功。虽然是被逼而采取的“走”，但不是仓皇溃退，在对方“逼宫”时，自己进行讨价还价，发表讲话和声明，陈述自己政治上如何地“清白”，赢得了冯玉祥、閰锡山等人的同情与支持，并且赢得了布置防守的时间与空间。从政治上、军事上、经济上都作了安排，使自己有了变不利的局面为有利的态势的本钱。在“退”中有所作为，使用“离间术”，瓦解敌对营垒，转守为攻，变被动为主动。
这次在处于下风的情势下，他“以走为上”，运用自如。若在四面楚歌的情势下，硬顶生扛，可能凶多吉少。选择“走”是明智之举，走不是结局，而是争取转机的开端，因此，走不应是仓促应付，更不能变成溃逃，而应沉着应对，精心安排，周密部署，为取胜创造条件。蒋介石在这方面又一次玩转了。