于是有良心的官员觉得无法执行他们的任务，只好提出辞呈。万历以同样的态度对付这些辞呈，既不援例慰留，也不准离职。有的官员在忿怒之余径自挂冠而去，吏部建议对他们追捕而加以究问，万历同样还是置之不理。到他临朝的后期，一个文官自动离职就意味着一个名位已被废革，因为不再有人补缺。
他和万历之间的关系也越来越好，概言之，即已经由协调进而为亲密。册封万历的宠妃郑氏为皇贵妃时，他被委为正使之一。申时行又奉派为总揽大峪山今上陵寝的建筑工程，并已到施工之处巡视多次，一次在严寒，一次在酷暑。1587年，他报告一切进行都很顺利。万历龙颜大悦，特赏首辅申先生织有双喜字的锦缎一匹，让他制成新衣，以供阅陵时服用。
事都逢迎内阁旨意，言外之意乃是首辅专权跋扈。这两次攻击依然无效，但是他们参劾礼部尚书徐学谟却取得成功，徐被迫去职。参劾者表面上的理由是他在选择皇帝陵基的地址时，没有广泛地听取堪舆专家的意见，以致没有选到一个真正的吉穴，但真正原因乃是徐学谟已被视为张居正的私人，而他在最近又把女儿嫁给了申时行的次子申用嘉。
这种复杂性首先见于税收。本朝一千一百多个县，表面上看来都是相等的行政单位，但实际每县税粮总数不仅不同，而且相去极远。在多种情形下，总数一经规定，就因袭而不加修改。一个富裕的县份，其税粮总数可以是一个穷僻县的三百倍到五百倍之间。
即算本朝推行伦理道德以作为治国的标准，收效不如理想，可是也别无更好的办法。假如没有这些观念和原则，我们政府靠什么而存在?如果放弃“四书”上说的正心诚意，仁民爱物，嫂溺则手援，如何能使两千名京官对事情有一致的看法?又如何能使一万八千名地方官和衷共济，或者无端受罚而仍然歌颂“皇恩浩荡”?我们还有什么更好的标准去教育全国约一百万的读书人，还有什么更好的标准去表彰他们的祖先、寡母、贤妻?个人的私心会随时随地变迁，只有伦理道德永恒不变。古代的圣贤写作“四书”的时候如此，朱熹注解“四书”的时候如此，今日仍然如此。正因为如此，它才可以在经筵上被讲解者发挥，也可以在墓志上被镌刻，以为后人的典范。
科举制度的重要性又在社会风气中得到反映。一个读书人如果不入仕途，则极少有机会表现他的特长，发挥他的创造能力；也极少有机会带给一家、一族以荣誉。所以一个人的进学中举，表面上似乎只是个人的聪明和努力的结果，实则父祖的节衣缩食，寡母的自我牺牲，贤妻的茹苦含辛，经常是这些成功的背景。无数的祭文和墓碑，可为例证。这些文章多有出自儿子或丈夫的手笔，其中歌颂母亲或妻子给他们的赞助扶持，文句悱侧动人，情节也真实可信。皇帝赐给臣下的诰命，也针对这种感情上的需要，恩赐荣典，大多包括妻子以及祖宗三代。此外还有规定：本人可以辞去诰命而转封他们的妻子和祖宗三代。即使获得诰命的先辈早离人世，也无碍于授予。旧的墓碑可以取去，而代之以镌刻着新的荣誉的墓碑；画师可以根据生者的口述画出死者的遗容，画上的袍服，像主可能一生未曾经眼。这样对祖先表扬，也是对子孙的策励。这些诰命又可以传之百世，作为后人楷模。所以辞去自身的恩命而转封于先辈，实为一举两得。首辅申时行深深了解其内情，在不久之前就替二辅许国代呈，辞去他本人应得的升迁，而以相等的荣誉表扬他的亡妻及父母。
本朝治理天下，礼仪所起巨大的作用，已略如前述。皇帝以一人而君临天下，具有最高的权威，实因天意之所归。天意必须通过亿万臣民的信念而体现出来。皇帝和他的大臣，经常以庄严美观的形式举行各式各样的礼仪，又为巩固这种信念不可或缺。无数次的磕头加强了皇帝神圣不可侵犯的意义；而他亲自主持各种礼仪，更表明他也同样受上天的节制，即受