反对申时行的人则仍称他为妥协，一味只顾目前适用，放弃原则。申时行当然有他的办法答辩。他表示，要是不恢复百官间的彼此信赖，怎么可以使他们大有作为，为皇上推行开明的政治?
申时行下决心当和事佬，固然有以上的理论及经验作背景，但也与个人利害有关。
有些县份的税额很低，粗粗一看，似乎必须提高税额，至少这样的县份再也不应该有税粮的积欠。但实际情形是，由于原来税额低，不少农民已升为地主，而这些小地主，多系自耕农或半自耕农，仍去饥饿线不远，他们的生活与农村富裕的地主和居住在城市的地主当然不可同日而语。这也就是说，低税的实惠，早已为当地人视作当然，成为生活中不可缺少的因素，欠税欠粮的事情，不能因全县税低而遏止。
因之我们的政事，注重体制的安定，而不计较对一人一事的绝对公允。牺牲少数人，正是维持大局的办法。人事考察条例，也就从这里着眼。按照规定，四品以下的地方官三年任满应当入京朝觐述职，由皇帝及有关部门核定他们政绩的优劣。但是全国有一千一百多个县，任何精明强干的人事官员也无法详细知道他们的具体成绩，而只能在大节目上斟酌一二。如果一个地方官所统辖的地区安静无事，税收没有多大亏欠，该地区的民风就是“淳厚”而并非“刁顽”，这一位地方官必为好官而非“浮躁”或“才力不及”。京官六年一考核，名为“京察”，考察也很难根据实际能力和成绩，而大抵是视其人事应付能否得宜而有其上下高低。京官对这种考核总是战战兢兢，因为一旦得到一两个不良的评语，则一生事业可能立即付诸东流。本朝历史上最严格的数次考察，曾使两千多文官停职降级。在当政者来说，没有这样的办法，朝廷上就无法去旧迎新；在被考核的文官来说，这样大批的斥退的确令人寒心，于是他们更要互相照顾，以作为保护安全的必要手段。
天下的大道理都可以用常情来度量。即便是最为严格的教条，也承认因情理而发生的例外。譬如说一个人对自己的嫂嫂应当敬爱而又经常保持距离，但是当嫂嫂掉进水里，那就不是再保持距离的时候，而一定要用手拉她。这种原则和例外，亦即古人所说经和权。这些关系，文官们也无疑地了如指掌。
正是对上述意义有了深切的理解，申时行更不能无愧于中，因为他所尽的心力，并未达到预期的效果，这有事实为证：1586年的新秋，二十三岁的皇帝降下谕旨，说他早晨起床后突然感觉头晕脑胀，需要停止早朝和出席经筵、日讲；而且所谓停止，又无时日的限制。十二个月以后，这头晕脑胀，又奇妙地重复出现。更令人感到不安的是，皇帝刚刚说完精力不支，宦官却传出了万岁爷爷在紫禁城内骑马驰骋的消息；接着又有人说他试马伤额，不想让廷臣看见。消息传开，礼部的一位官员就奏上一本，规劝皇帝保重玉体，并注意他身为天子的职责。不想一波方息，皇帝又来一套不能临朝的谕旨，据他自己说，其原因乃是心中火气过旺，服用凉药，凉药压火抵于足部，发生奇痒，因之搔破皮肤，行走不便。然而与此同时，宫内却又传出皇上饮酒过多，夜间游乐过度，与妃嫔交往过切如此等等的消息。
《万历起居注》书影。万历元年正月初五日，小皇帝传谕内阁提前举行日讲。经筵和其他所有的仪式一样，必有其目视耳听的对称均衡。先一日用楷书恭缮的讲义此时已经陈列于案几之上。在赞礼官呼唱之下，两员身穿红袍的讲官和两员身穿蓝袍的展书官出列。他们都是翰林院中的优秀人员。讲官面对皇帝，展书官在书案两侧东西对立。接着是讲官叩头，叩头毕，左边的展书官膝行接近书案，打开御用书本讲义，用铜尺压平。此时左边的讲书官也已经趋前，站在中央的位置上，开始演讲。讲完后，书本盖覆如前，讲官及展书官退列原位，以便右边的同僚履行任务。左边讲官所讲授的是“四书”，右边讲官所讲授的则为历史。此种节目，历时大半天只有讲官可以口讲指划，其他全部人员都要凝神静听，即在皇帝亦不能例外。如果当今天子偶然失去了庄重的仪态，把一条腿放在另一条腿之上，讲官就会停止讲授而朗诵：“为人君者，可不敬哉?”这样的责难不断重复，决无宽贷，一直到这个为人君者突然发现自己的不当而加以改正，恢复端坐的形态为止5。
5《神宗实录》页1432～1434、3339。
抄没后的财物一百一十台被抬进宫门，其中包括御笔四纸，也就是当年皇帝赏赐的、称颂张先生为忠臣的大字。财物中并没有值得注意的珍品。万历皇帝是否亲自看过这些东西或者他看过以后有无反应，全都不见于史书的记载。当日唯一可能阻止这一抄家措施的人是慈圣太后，但是她并没有这样做，也许她正在为她父亲武清侯李伟的去世伤悼不已而无心置问。李伟死后被封为国公，并允许长子袭爵。要是张居正还在，这种本朝前所未有的殊荣旷典是决不可能被授予的，他一定会用爱惜朝廷名器这一大题目出而作梗。仅凭这一点，慈圣太后也不可能再对张居正有任何好感。
然而在两年之后，即1584年，万历就改变态度而籍没了张居正的家。这一改变的因素可能有二，其一为郑氏的作用，其二为慈圣太后的干预。郑氏在1583年由淑嫔升为德妃，1584年又进为贵妃，这几年间已经成为皇帝生活中的重心。在朝臣的心目中，她不是一个安分守己的妇女，万历的种种重大措施，很难说她未曾与闻，因为对皇帝，在当时没有人比她有更大的影响。也许正是在她的影响之下，皇帝的心肠才陡然变硬。至于慈圣太后家族和张居正之间的嫌隙，已如上文所述。张居正在世之日，武清伯自己曾被申饬，受到监视，对自己的言行不得不十分谨慎检点。等到张居正一死，情况就急转直下。三个月之后，武清伯被提升为武清侯，整个朝廷的倾向，由于对张居正的怨毒而转到了对他有利的方面。他如何利用这种有利的形势而向慈圣示意，这同样也非外人所能获悉。
即所谓“答应”，也可能送到紫禁城的西北部养老打杂。经历过这可悲可感的一生，最后老病而死，还不许家属领取尸体。她们的尸体经过火化后，埋葬在没有标记的坟墓里。