政变成功后，秦王府诸将领准备将李建成和李元吉的一百多名亲信全部诛杀，并将他们的家产没收官府，尉迟恭再三争辩说：“罪孽都是两个元凶所犯，而他们已经伏诛了，倘若还要牵连他们的党羽，就不是谋求安定的做法了！”于是诸将领停止了追杀。当天，高祖颁布诏书赦天下，叛逆的罪名只加给李建成和李元吉二人，对其余的党羽，一概不加追究。僧人、尼姑和男女道士都应当依照原先颁布的诏令处理。国家的各项ำ事务，都任凭秦王处置。
政变后的第一天，即武德九年六月初ม五日，冯立和谢叔方都自动出来负罪。薛万彻躲起来以后，李世民多次让人明示他，于是他也出来了。李世民感慨地说：“这些人都能ม够忠于自己้所事奉的人，是义士啊”！便赦免了他们。
二天后李恪的身体己经恢复了，就这天武德九年六月初七日，李渊让出军政大极，下诏曰：“自今以后军国事务，无论大小悉数委任太子处决，然后奏闻皇帝。”李世民被立为皇太子，正式成为大唐帝国的储君。
武德九年六月初十日，任命宇文士及为太子詹事，长孙无忌与杜如晦为左庶子，高士廉与房玄龄为右庶子，尉迟恭为左ุ卫率，程知节为右卫率，秦王府旧臣虞世南为ฦ中舍人，褚亮为舍人。
建成败亡后，世民传召魏徵，问道：“你为什么挑拨我们兄弟的关系呢？”大家都为ฦ魏徵担惊受怕，魏徵却举止如常地回答道：“如果已๐故的太子早些听从我的进言，肯定不会有今天的祸事。”李世民素来器重他的才能ม，便改变了原来的态度，对他以礼相待，引荐他担任詹事主薄。李世民还将王圭和韦挺从巂州召回，两ä人和魏徵一起都担任了谏议大夫。任命政变功臣屈突通为陕东道行台左仆射，镇守洛阳。
东宫的宫人待从皆己้经全部换成了旧ງ秦王府的人，东宫和齐王府的女眷则全部ຖ没入宫中，一切用具摆设也一概ฐ换过，丝毫不留前一个ฐ主人的痕迹。待奉在东宫的宫人太监不是很多，长孙氏是个行事非常朴素的人，换到了若大的东宫，人手明显不足了，但这位的太子妃依然没有增加待奉的人员，依然低调朴素的度日。其实她并不喜欢搬到เ这个新住所来，这儿太大太空了。
武德九年六月十四日，高祖将亲笔诏书赐给裴寂等人说：“朕应当加上太上皇的尊号。”表达了自己要退位和内禅的想法。
武德九年六月十七日，王君廓因李瑗和李建成关系好，挑拨李瑗谋反，然后，王君廓再擒李瑗缢杀，传京师，绝其属籍。王君廓被封左ุ领军大将军，兼幽州都督，加左光禄大夫，赐物千缎，食邑é实封千三百户。
王君廓任职中，骄纵越法，长史李玄道数以法绳督，贞观元年，王君廓奉诏入朝，李玄道因是房玄龄的外甥，所以便借此机会让王君廓给房玄龄捎封信。王君廓暗中将信折开，想看个究竟，但书信是用草书写的，王君廓不认识，所以便怀疑李玄道是在告自己้。王君廓心中害怕，行至渭南，杀死驿站吏卒，准备逃往突厥，二十二日在途中ณ被野人杀死。唐太宗念王君廓以前的战功，将他收葬，并待其家如初。时御史大夫温彦博上奏说：“君廓叛臣，不宜食封邑，有司失所宜言。”于是追削其封邑，贬为庶人。
武德九年六月二十七日，撤销了太子李世民兼任的天策上将府邸，为李世民登基做准备。
热，非常热，极度热，热到爆了，这是李恪这些天的感受。空中ณ没有一丝云，头顶ะ上一轮烈日，没有一点风一切树木都无精打采地,懒洋洋地在那ว里。太阳刚一出头，地上像着火一样。天气是那样炎热，仿佛一点星火就会爆炸似的。烈日当空，骄阳似火，大地像蒸笼一样，热得使人喘不过气来。
夏天是一个突飞猛进的季节一切都在肆无忌惮地疯长尤其是那夏天的绿色，李世民的权势也突飞猛进。
武德九年七月初ม一日任命秦王府护军秦琼为左武卫大将军，又以程知节为右武卫大将军，尉迟恭为右武候大将军。
武德九年七月初四日，任命高士廉为侍中，房玄龄为中书令，萧瑀为左ุ仆射，长孙无忌为吏部尚书，杜如晦为兵部尚书。
武德九年七月初五日，任命宇文士及为中ณ书令，封德彝为右仆射；又任命前天策府兵曹参军杜淹为ฦ御史大夫，前任中书舍人颜师古、刘林甫为中书侍郎，左卫副率侯君集为左卫将军，左ุ虞候段志为骁卫将军，副护军薛万彻为ฦ右领军将军，右内副率张公谨为右武候将军，右监门率长孙安业为右监门将军，右内副率李客师为领左右军将军。至此，李世民完全掌握了全国军政大权。
太子李建成和齐王李元吉的余党流散逃亡到民间，虽然朝廷连续颁布赦免令，他们仍然感到内心不安，图谋侥幸获利ำ的人争相告捕捉他们，以此邀功请赏。谏议大夫王圭将这种情况告诉了太子世民。武德九年七月八日李世民颁布太子令：“六月四日玄武门之变以前与东宫和齐王府有牵连的人、六月十七日以前与李瑗谋反有牵连的人，一概不允许相互告，对违反规定的人以诬告罪论处。
武德九年七月初九日，朝廷派遣谏议大夫魏徵安抚崤山以东地区，允