他的治学方法被称为“理智化”、“客观”、“归纳法”，有时甚至被认为有“科学”的根据。朱熹对过去的历史和哲学著作熟ງ读深思，进行整理。他的结论是，历史上各个朝代的盛衰兴亡，以及宇宙中的各种自然现象，都有共通的原则ท，而且彼此印证。其学说的基础，乃ี是宇宙和人间的各种事物都由“气”构成，通过“理”的不同形式而成为ฦ不同的“物”。这所谓“物”，包括具体的事物如日月星辰，也包括抽象的伦理如孝梯忠信。这种把具体和抽象混为一谈的方法，是中国思想家的传统习惯，也合于他们一元论的宇宙观。因为他们认为ฦ，一个人看到一件事物，这种事物就不是孤立的，不可能ม与环境隔离。他们着重于事物的功能。一件事物具有特性，就是因为它和其他事物发生了关系。白色的东西有白色的特质，是因为ฦ有光线的反射，见于人眼。这也就是说，凡“物”皆有动作，光线的反射见于人眼是一种动作，为ฦ人忠孝也是一种动作。运用这样的观点，朱熹把雷霆和鞭炮看成相似之物，因为ฦ两者都是“郁积之ใ气”企图发散。
李贽的悲观不仅属于个人，也属于他所生活的时代。传统的政治已经凝固，类似宗教改革或者文艺复兴的新า生命无法在这样的环境中孕育。社会环境把个人理智上的自由压缩在极小的限度之ใ内，人的廉洁和诚信，也只能长为灌木，不能ม形成丛林。都御史耿定向是李贽的朋友、居停和论辩的对手，
这样一种经过精心研究而形成的战术，由于不久ื以后本朝即与蒙古人和解，所以并没有经过实战的严格考验，也没有在军事历史上发生决定性的影响，从纯粹军事的角度来说，这个结果多少是有所遗憾的。
戚继光的训练方แ法得自专家的口授。这些宝贵的经验过去由于不为ฦ人所重视而没有见诸文字。到俞大猷才作了扼要的阐述，而戚继光则ท把所有的细节写成了一部操典式的书本。
面对这样令人焦虑的局面，戚继光的任务决不仅止于单纯地击败倭寇。他首先要组织一支新า型的军队。从他的军事著作《纪效新า书》中可以看到如何有条不紊地实施ๅ他的建军方案：宣布招兵的办法，规定月饷的数字，拟订分配列兵职务的原则ท，明确官兵的职责，设计队、哨、局的组织，统一武器的规格，颁发旗帜ຒ金鼓这一类通讯器材，等等。建军方案的核心部分是确立铁一般的军法。军法的精神在于“集体负责”，即所谓“连坐法”，一队和一哨的官兵要互相保证在作战中ณ勇往直前，不得退却。一人退却则一人被斩首，全队退却则队长被斩ล首，队长殉职而全队退却则ท全队被斩ล首。
洪武即位以后，政府曾经铸造过洪武通宝铜钱。由于铜钱使用不便，洪武八年乃发行宝钞作为法市。这一生财之道既经开辟，政府就不再愿意继续铸钱，以免和法市发生竞争。其后由á于形格势禁，再度感到铸钱的必要，但许多问题又随之而产生。官方แ没有充分的现金收入，只能少量鼓铸，而所铸成的铜钱又有欠美观和整饬，其后果就只能为ฦ私铸大开方便之门。各种杂有铅锡、形制滥恶的劣质铜钱充斥于人民的经济生活之中，用者怨声载道，有些人就拒绝使用。这种情形造成了通货紧缩，致使商业萧条，失业者不断ษ增加。面对这一严å重的社会危机，政府不得不承认失败。于是无需鼓铸的碎银乃不可遏止地成为ฦ公私交易中ณ通用的货币。
基于道德观念的驱使，下级官员反抗上级，历来也并不罕见，但大多引不起特别的注意，事情发生后不久，随即为人遗忘。然而海ร瑞却属例外，他得到命运的帮助，历史站到了他这一边。1562年，历任首辅几达20年的大学士严嵩为嘉ล靖皇帝免职，他所扶植的私人也不免相继倒台，其中包括胡宗宪和鄢懋卿。他们既被确定为ฦ坏人，海瑞在他们当权的时候敢于和他们作对，当然可以算得特行卓识。为此他的声望大增。这49๗岁的海瑞，虽然不是进士出身，官阶也仅为正七品，可是已经获得了在大众心月中ณ成为英雄的可能性；只须再加以机缘，就可以把这一地位巩固下来。
申时行侍奉皇帝到เ皇极门，然后叩头退下。临行时他向万历致以慰问，万历则答称“先生劳苦”。这时候首辅固然既饥且渴，极度疲惫，但是相比之ใ下皇帝ຓ的任务要更为劳累，他还要到奉先殿去向列祖列宗汇报，汇报完毕还要参见慈圣太后。
申时行的看法是这样的：5๓0年前，北方蒙古各部ຖ落在俺答的号召下组织成一个同盟，势力所及，东西连亘两千里，与本朝军队屡屡作战，杀伤军民不计其数。到了1570่—1571年冬天，俺答改变宗旨，愿意约束各部不再犯边，而以赏赐给他的津贴和互市的权利作为ฦ交换条件。廷臣讨论之后鉴于和平的局面对本朝有利，所以接受了他的提议，还封俺答为顺义王，其他部ຖ落首领也分别ี给予不同的名义。
3《神宗实录》页4212、4๒216、4219๗、4๒225～42๐33、42๐36～42๐43๑。
江彬之见信于正德，也在于他的大胆和机警。他身上有箭痕三处，其中有一处穿过面颊直到耳根。1512年，经过皇帝的面试，他就受到宠信，甚至和皇帝形影不离。过去正德已经在皇城里练兵，自从得到了江彬这样英勇的军官作为侍从，操练就更形频繁与正规化。士兵们被分成两营，皇帝ຓ自率领宦官组成的士兵为一营，江彬率领从边镇中精选的将士另为一营。部队的服装也与众不同，鲜明的铠甲â上系以黄色的围巾，遮阳帽上插天鹅的翎毛，这些都增加了士兵们威武飒爽的气概。
对文官集团而言，常洛和常洵的争执，不过是把他们早已๐存在的冲突更加带上了感情色彩而已๐。就算是没有郑贵妃，也没有东林党，文官集团中的彼此隔阂和对立，已๐经达到了相当严重的地步。要探究它的根本，可以追溯到本朝创น建之初。
在这一场悲剧ຕ性的冲突之中，没有人取得胜利。立储一事竟惹起了如许风波，使两个大学士相继离职。既ຂ然如此，即使是最激烈的人也不便立即再提起此事，因为怕把事情弄僵而不可收拾。万历也很清楚，无论他多么宠爱郑贵妃和常洵，这废长立幼一举决不会被廷臣所接受，如果公开坚持自己的主张，最后势必引起大规模的流血，这是与他所崇奉的佛教宗旨ຈ相违背的，而且流血之ใ后也未必就能ม如愿以偿。基于双方的这种考虑，就形成了暂时的僵持局面。
3万历赏赐给申时行礼物，《神宗实录》中ณ屡有记载，如页3๑45๓8、3473๑、354๒9、356๔5。
只是攻击者没有预料的，乃是这一场大风浪ฐ，使万历皇帝作了长时间上的考虑。他把种种迹象联系起来，逐渐明白了这些检举参劾的真实用意。何以这群“保皇党”当初在高启愚出题劝进的时候一言不发，今日张居正已๐经倒台则又振振有辞?可见他们也另有其“阴”。他们好几个ฐ组织者都是三辅王锡爵主持会试的门生，如果搞垮申时行和许国，即可以拥护王锡爵担任首辅。事不凑巧，王锡爵表示了充分的明智和冷静，他不接受这样的拥戴，反而向万历皇帝上书称赞首辅申时行“泊然处中，重国体，惜人才”。
张居正的全套措施，彻底暴露了这一大帝国中央集权过度的不良后果。在下层行政单位间许多实际问题尚未解决以前，行政效率的增进，必然是缓慢的、有限度的。强求效率增高，超过这种限度，只会造成行政系统的内部不安，整个文官集团会因压力过高而分裂；而纠纷一起，实际问题又会升级成为道德问题。
《武宗实录》页3689。
这一切使年轻的皇帝感到他对张居正的信任是一种不幸的历史错误。张先生言行不一，他满口节俭，但事实证明他的私生活极其奢侈。他积聚了许多珠玉玩好和书画名迹，还蓄养了许多绝色佳人，这些都是由趋奉他的佞幸呈送的。得悉了此项新闻，万历又感到เ十分伤心。这十年来，他身居九五之尊，但是被限制到没有钱赏赐宫女，以致不得不记录在册子上等待有钱以后再行兑现；他的外祖父因为ฦ收入不足，被迫以揽纳公家物品牟利而被当众申饬。但是，这位节俭的倡导者、以圣贤自居的张居正，竟如此口是心非地占尽了实利!
一个普通妻子可以得到เ的快乐。实际上，她只是一种制度的附件。按照传统的习惯，她有义务或者说是权利侍候皇帝的嫡母仁圣太后，譬如扶持太后下轿；皇帝另娶妃嫔，她又要率领这些女人拜告祖庙。这种种礼节，她都能ม按部就班地照ั办不误，所以被称为孝端。但是，她也留แ给人们以另一种记忆，即经常拷打宫女，并有很多人死于杖下。
经懂ฦ得排在第一的是最为称职的人选，只要拿起朱笔在此人的名字上画上一圈就可以体现他的无上权威。他从即位以来就不断受到这样的教育：他之所以能ม贵为天子乃是天意，天意能否长久保持不变则在于人和。要使百姓安居乐่业，他应当审慎地选择称职的官吏；而要选择称职的官吏，他又必须ี信任张先生。
在多数文官看来，李贽自然是罪有应得，然而又不免暗中别扭。本朝以儒学治天下，排斥异端固然是应有的宗旨ຈ，但这一宗旨并没有经常地付诸实施。李贽被捕之日，天主教传教士、意大利人利玛窦此人和李贽也有交往早已๐在朝廷中活动，以后他还要继续传教，使一些大学士尚书乃至皇帝的妃嫔成为上帝的信徒。而万历皇帝和母亲慈圣太后则对佛教感觉兴趣。虽说在1587年曾经因为礼部的奏请，皇帝下令禁止士人在科举考试的试卷中ณ引用佛经，但是在15๓99年，即李贽被捕前3年，他却告诉文渊阁的各位大学士，他正在精研“道藏”和“佛藏”。这还有行动可以作为证明：皇帝经常对京城内外的佛寺捐款施舍，又屡次派出宦官到各处名山巨เ刹进香求福，而好几次大赦的诏书中ณ，更充满了佛家慈悲为本的语气。所以，要把提倡异端的罪魁祸首加之于李贽，毕竟不能算做理直气壮。
但是另一方面，李贽之ใ所以罪有应得，则在于张问达的奏疏具有煽动的力量，而他使用的“罗织”方法，也把一些单独看来不成其为罪状的过失贯穿一气，使人觉得头头是道。何况把可能ม的后果作为ฦ现实的罪行，也是本朝司法中由来已久ื的习惯。而全部问题，说到底，还在于它牵涉แ到了道德的根本。
从各种有关的文字记载来看，李贽在监狱里没有受到折磨，照样能读书写字。审讯完毕以后，镇抚司建议不必判处重刑，只需要押解回籍了事。根据成例，这种处罚实际上就是假释，犯人应当终身受到地方แ官的监视。但不知何故，这项建议送达御前，皇帝却久ื久不作批示。
一天，李贽要侍者为他剃头。乘侍者离开的间隙，他用剃刀自刎，但是一时并没有断气。恃者看到他鲜血淋漓，还和李贽作了一次简单的对话。当时李贽已๐不能出声，他用手指在恃者掌心中写字作了回答：
问：“和尚痛否？”
答：“不痛。”
问：“和尚何自割？”
答：“七十老翁何所求！”
据说，袁中道的记载，在自刎两ä天以后，李蛰才脱离苦海。然而东厂锦衣卫写给皇帝的报告，则ท称李贽“不食而死”。
从个人的角度来讲，李贽的不幸，在于他活的时间太长。如果他在158๖7年即万历十五年，也就是在他剃度为ฦ僧的前一年离开人世，四百年以后，很少再会有人知道还有一个姚安知府名叫李贽，一名李载贽，字宏父，号卓吾，别号百泉居士，又被人尊称为李温陵者其事其人。在历史上默默无闻，在自身则可以省却了多少苦恼。李贽生命中的最后两ä天，是在和创น伤血污的挣扎中度过的。这也许可以看成是他15年余生的一个ฐ缩影。他挣扎，奋斗，却并没有得到实际的成果。虽然他的《焚书》和《藏书》一印再印，然而作者意在把这些书作为ฦ经筵的讲章，取士的标准，则无疑是一个永远的幻梦。
我们再三考虑，则ท又觉得当日李贽的不幸，又未必不是今天研究者的幸运。他给我们留แ下了一份详尽的记录，使我们有机会充分地了解当时思想界ศ的苦闷。没有这些著作，我们无法揣测这苦闷的深度。此外，孔孟思想的影响，朱熹和王阳明的是非长短，由于李贽的剖析争辩而更加明显；即使是万历皇帝、张居正、申时行、海ร瑞和戚继光，他们的生活和理想，也因为有李贽的著作，使我们得到เ从另一个角度观察的机会。
当一个ฐ人口众多的国家，各人行动全凭儒家简单粗浅而又无法固定的原则所限制ๆ，而法律又缺乏创น造性，则其社会发展的程度，必然受到限制。即便是宗旨善良，也不能补助技术之不及。1้587年，是为万历十五年，丁亥次岁，表面上似乎是四海升平，无事可记，实际上我们的大明帝国却已经走到了它发展的尽头。在这个时候，皇帝的励精图治或者宴安耽乐，首辅的独裁é或者调和，高级将领的富于创造或者习于苟安，文官的廉洁奉公或者贪污舞弊，思想家的极端进步或者绝对保守，最后的结果，都是无分善恶，统统不能在事业上取得有意义แ的发展，有的身败，有的名裂，还有的人则身败而兼名裂。
因此我们的故事只好在这里作悲剧性的结束。万历丁亥年的年鉴，是为历史。