10至1世纪，柯尔克孜族先后受契丹、蒙古、瓦刺等统治，并受沙俄的长期侵扰。1至19年间，柯尔克孜族与维吾尔、哈萨克、蒙古等民族联合，配合清军，消灭准噶尔贵族叛乱势力，不久又平定了新า疆南部生的大小和卓叛乱。1年清乾隆二十二年，清朝征服了准噶尔。清朝把柯尔克孜称为“布鲁特”，并以天山为界，称天山以北的柯尔克孜为ฦ“东布鲁特”，天山以南的为“西布鲁特”。18年，清朝将军兆惠等追剿准噶尔残部到达布鲁特人居住地区，东布鲁特领率众归附清朝。19年，清军平定了大、小和卓的叛乱ກ。西布鲁特额德格纳部落头人阿济比代表西布鲁特十五部向清朝表示归附。于是浩é罕国以东，伊犁河西南，喀什噶尔西北，伊塞克湖周围，帕米尔和喀喇昆仑山一带的布鲁特人全部归属清朝。
—年清道光二十七年至咸丰ถ四年，沙俄通过武装入侵，在柯尔克孜人居住地区建立了科帕尔、列ต普辛斯克、阿里玛图等侵略๓据点，占领了当地。年，浩é罕领阿古伯在英殖民主义者的支持下侵入我国新疆，柯尔克孜族人民不堪忍受欺凌，奋起反抗，又一次配合清军消เ灭了阿古伯在新疆的建立的反动政权，为维护祖国统一，领ๆ土完整，保卫边疆ຆ做出了巨เ大贡献。
19๗世纪下半叶，沙俄强迫清政府签订《中俄勘分西北界约记》、《中俄伊犁条约》、《中俄续勘喀什噶尔界约》等一系列不平等条约，条约除重申《中俄北京条约》有关中俄边界的走向外，还规定人随地归，从而使被割占领土上的柯尔克孜人、哈萨克人成为ฦ沙皇的臣民。由于沙俄对我国柯尔克孜族居住区的入侵和占领，特别是8๖1年强迫清政府签订《中俄伊犁条约》，使我国大片柯尔克孜族居住地区和大批柯尔克孜族人民划归俄国，使柯尔克孜族成为跨国民族。从此，统一的柯尔克孜族被人为分成两半，成为中亚的又一个跨界民族。划归俄国的部分既ຂ是今天的吉尔吉斯斯坦。而划归中国的既是目前的克孜勒苏柯尔克孜自治州及周边地区和伊犁地区的柯尔克孜族地区。
8年，新疆建省。从此，州县制ๆ代替军府制和伯克制，成为ฦ新疆的基本行政制ๆ度。这新า疆地方政治制ๆ度的一项重大变革，有利于巩固边防和促进新疆与内地的交往和联系。建省后，北疆的柯尔克孜族属伊犁将军管辖，南疆的属新疆巡ำ抚管辖。今克孜勒苏柯尔克孜自治州的东部属阿克苏道的乌什直隶厅，西部属喀什噶尔的疏ຕ勒直隶州ะ疏附县、英吉沙尔直隶厅和莎车直隶州。清政府采取减免赋税的措施。在比较安定的社会条件下，因长期战乱而衰败的柯尔克孜族地区经济得到恢复，人口也有增长。这一时期，柯尔克孜族的部落组织已趋于解体。部落分布更加分散。部落的基层组织逐步变为ฦ以地域因素构成的生产单位，但部落观念、部落头人在柯尔克孜族社ุ会中仍有很大的影响。
1911年，辛亥革命爆，清朝被推翻，新疆ຆ进入封建军阀杨增新执政时期。杨增新统治时期，新疆柯尔克孜族居住地区沿袭了旧有的经济制度和政治制度。1้98年，杨增新遇刺身亡，新疆ຆ的统治权落入金树仁之手。191年月，哈密生农民暴动，并迅波及南疆大部分地区，但暴动很快演变成为地方封建主之间的混战。这时，不堪忍受战乱之ใ苦的柯尔克孜族人民奋起反抗。中国为了加强在新疆的工作。派中央政治局委员邓来疆ຆ，并在迪化今乌鲁木齐设立了“八路军驻疆办事处”。在新疆省督办盛世才的邀请下，中国派遣了不少党员到新疆ຆ各级行政机关任职，陈潭秋、毛泽民、林基路等先后被派往新疆ຆ工作。进入新疆的党员积极宣传反帝抗日、民族平等进步思想，辛勤工作，受到包括柯尔克孜族在内的新疆各族人民的爱戴。林基路还曾担任柯尔克孜族聚居地区乌ไ什县县长。在中国的影响下，柯尔克孜族人民积极参加反帝爱国斗争，一些进步的柯尔克孜族青年还参加了人领导的“反帝会”。在人倡导下，新疆各民族都成立文化促进会，以展文化教育事业。柯尔克孜族与哈萨克族联合成立哈柯文化促进会。促进会在喀什、乌ไ什、乌恰、英吉沙、疏附、伽师等地都设立了分支机构。促进会的主要工作是办学、扫盲、从事群众文化娱乐่和宣传活动，经费以自筹为主。在省政府和哈柯文化促进会的推动下，柯尔克孜族地区兴办了一批学校，结束了长期以来没有学校的历史。在伊斯ั哈克别克担任哈柯文化促进会会长期间，喀什师范学校还开设了柯尔克孜班。19๗8年，在柯尔克孜族聚居地区设立乌恰县。1้91年，阿合奇设治局自乌什县析出，19年，阿合奇设治局升格为县。