柯尔克孜族的西迁和东迁一直是是国内国际史学界争论比较多的一个ฐ题目。柯尔克孜族向西迁徙最早在公元1世纪0年代。当时汉朝联合坚昆、丁零、乌孙、乌ไ揭等部，向匈奴起进攻，推翻了匈奴在漠北的统治。匈奴被迫西迁，一部分坚昆人也随其迁入天山、中亚一带。《三国志魏书》载：在匈奴之ใ北有坚昆，在康居西北又有坚昆。康居当时在巴尔喀什湖和咸海之间，这表明坚昆人已๐经迁至咸海以西了。《隋书铁勒传》也载：“伊吾以西，焉耆以北，傍白山则ท有契骨。”伊吾即今哈密一带，焉耆即今焉耆一带，白山即天山，契骨即古代柯尔克孜族的一部。这就说明在哈密以西、焉耆以北、天山南麓已有古柯尔克孜人居住。天上南部的尉头今阿合奇一带也有古柯尔克孜人。这是柯尔克孜族第一次在天上及中亚的出现。世纪80年代契骨随突厥西迁，9世纪0年代黠戛斯随回鹘西迁。回鹘战败之后举部西迁，部ຖ分黠戛斯ั柯尔克孜族士兵尾随其后西进，有的迁到天山南麓的库车，有的迁到吉木萨尔，大部分则迁到楚河、塔拉斯河、纳伦以及伊犁、阿合奇、乌恰等地定居。此为第二次大规模西迁。1-ๅ1世纪吉利吉斯遭受蒙古人统治，不堪忍受欺凌的柯尔克孜族一直没有停止西迁。1-1้9世纪在长达一个多世纪，柯尔克孜族的西迁是伴随着战争、灾荒、瘟疫进行的，几乎所有的柯尔克孜人都被迫离开了故乡，人员伤亡惨重，牲畜死亡过半，经济全面崩溃。柯尔克孜民族不仅失去了祖先缔造的城市和达的灌溉农业，而且佚失了本民族的文化成就标志之一的文字。柯尔克孜族的这场灾难是蒙古瓦刺部、阿尔泰部和准噶尔部以及凶残的沙俄侵略军共同造成的。在叶尼塞河流域，柯尔克孜族同准噶尔贵族进行长期艰苦的战争，虎视眈眈的沙俄乘机而入，对叶尼塞河进行大肆进攻和侵略。柯尔克孜族前后受敌，坚持同沙俄和准噶尔贵族进行长达一个世纪的抗争。最后被迫又一次大举西迁，到เ达天山以南的喀什噶尔，中亚的费尔干纳盆地，帕米尔高原的兴都库什山及喀喇昆仑山游牧。关于这一点，从19๗世纪哈萨克民族志学者巧坎瓦里汉诺夫的描述也能ม得到证实：“就在大雪纷飞，人畜遭灾的那一年，准噶尔浑台吉噶尔丹策零亲率无数大军，突然出现在哈萨克草原，残酷镇压这里的进行反抗的哈萨克、布鲁特人。这些事先毫无防备的难民，仓促四散奔逃。被残暴的准噶尔军队跟踪追击的哈萨克、布鲁特人像受惊的黄羊一样，一路扔掉自己้的财产，甚至不顾老弱病残人员和孩子、家具、瘦弱的牲畜，向南逃亡。中玉兹哈萨克人逃到萨玛尔罕附近，小玉兹哈萨克人逃到希瓦和布哈拉之间。布鲁特人则逃到浦犁地区无人居住的森林山间，甚至到เ达那遥远的英吉沙附近”。这样残酷的现实，以及长期不断的迁徙最终迫使叶尼塞柯尔克孜族和天山柯尔克孜族不得不融为一体，同时也形成了具有共同语、共同生活地域，共同的经济文化生活、共同的心理状态的现代民族。
柯尔克孜族向西迁徙造就了目前中ณ亚新疆各地柯尔克孜族生活地域的基本格局，是柯尔克孜族成为新疆和中ณ亚地区主ว要的世居民族之一。除可上述几次大的西迁之ใ外，柯尔克孜族历史上还有很多规模较小的迁徙。其中ณ，受人们关注的是黑龙江柯尔克孜族的迁徙。黑龙江柯尔克孜族在历史上有三次东迁活动，分别生在19年，1年，1年。第一次，元朝政府将叶尼塞河流域的一部ຖ分乞尔吉斯、憨哈纳思等部ຖ东迁至松花江流域今黑龙江肇源县一带，并在那里建立了肇州县。第二次，是清朝雍正十一年，既1年月，一部分柯尔克孜从喀尔喀特斯ั河流域迁至齐齐哈尔，并被编入八旗。第三次，是在乾ດ清朝隆二十二年，即1年月，部分柯尔克孜人从乌里雅苏台启程，途经蒙古喀尔喀草原，迁至呼伦贝尔。
从9世纪起始的迁徙活动，使柯尔克孜人逐渐分成东西两支。其中，东支是居住在叶尼塞河流域的原始血统以及东迁至我国黑龙江的柯尔克孜族，西支则迁徙并定居到了阿尔泰山、天上一带。这种迁徙活动延续至世纪，柯尔克孜基本完成了从叶尼塞河到黑龙江以及到天山及中亚地区的大迁徙。但是，这种迁徙虽然迫使柯尔克孜族离开了祖先的故土，造成了与各部ຖ落各民族的大融合，但是叶尼塞河流域依然留แ存了一些原始部落分支。不能否认，那些留在叶尼塞河流域的古柯尔克孜族与今天生活在阿尔泰、哈卡斯以及图瓦等俄罗斯共和国境内的民族有着非常密切的渊源关系。无论有怎样的迁徙和流动，柯尔克孜族在自己的祥地所留下的痕迹是永远不能ม消失的。