清朝初期，柯尔克孜已基本上完成了从叶尼塞河向西南方向的大迁徙，并以天山为ฦ界，形成了天山以北的“东布鲁特”和天山以南的“西布鲁特”。清乾隆年间成书的《西域图志图考东西布鲁特图说》称：“东西布鲁特附天山、葱岭而居。”也就说，柯尔克孜人分布在天山、帕米尔高原的山间地带。《西域图志东布鲁特》又称“东布鲁特，在准噶尔西南，回部西北，天山山麓，近葱岭。”又称“西布鲁特在喀什噶尔西北三百里，道由鄂什逾葱岭而至，与东布鲁特相望。”《西域见闻录》称：“布鲁特地界安集延、喀什噶尔之间”，“杂处于叶尔羌、喀什噶尔、乌什之ใ深山密林之中ณ”。显然，这只是西布鲁特的分布。按照ั上述种种说法，东布鲁特当分布在天山北部的伊犁、阿勒泰及伊塞克湖、纳伦河沿岸及塔拉斯一带。而西布鲁特则分布在帕米尔高原及安集延一带。
关于近代柯尔克孜族的分布问题是长期困扰学术界难题。因为在1้-1世纪以柯尔克孜之名自称的人同时出现在南西伯利ำ亚、天山南北、帕米尔-阿莱山区、中亚以及哈萨克草原以及乌ไ拉尔等彼此相隔遥远的广大地区。仅这一点就能够证明柯尔克孜族与中亚各民族的形成展过程有着长期的，十分密切的关系。1้
从目前我国柯尔克孜族分布的实际况看，柯尔克孜族目前居住在我国新疆维吾尔自治区克孜勒苏柯尔克孜族自治州境内。除此之外，在新疆境内还有伊犁地区特克斯县阔克铁热克柯尔克孜族乡198年月建立民族乡，昭苏县夏特柯尔克孜族乡198年月建立民族乡；阿克苏地区温宿县包孜东柯尔克孜族乡19๗8年月建立民族乡，乌ไ什县亚曼苏柯尔克孜族乡198年月建立民族乡；塔什库尔干塔吉克自治县科克雅尔柯尔克孜族乡1้98年月建立民族乡；和田地区皮山县康克尔柯尔克孜族乡等初级民族自治地方。这些民族乡的人口构成主体上是柯尔克孜族。除了克孜勒苏柯尔克孜自治州以及上述五个乡级民族自治地区外，在南疆ຆ的阿克苏市、拜城县、库车县、库尔勒市、喀什市、疏ຕ附县、莎车县、英吉沙县，北疆ຆ的伊宁市、查布查尔县、巩แ留县、温泉县、新源县、博乐市、塔城市、额敏县、克拉玛依市以及乌鲁木齐等县市都有一定数量的柯尔克孜族居住。在黑龙江省富裕县友谊乡五家子屯，富裕ษ牧场的七家子村以及周边地区也居住着一部分柯尔克孜族人。
克孜勒苏柯尔克孜自治州ะ于19年月1日成立，由á阿图什市、阿克陶县、阿合奇县、乌恰县等三县一市构成目前的行政区划。它位于北纬°1ˊ8๖〞至1°9ˊ1〞，东经°ˊ0〞至8๖°9ˊ0〞之间。自治州西北部深入昆仑山、天山的崇山峻岭之中，东南部延伸到塔克拉玛干沙漠边缘的喀什噶尔绿洲和阿克苏绿洲。自治州从东北部的与吉尔吉斯斯坦交界的别ี迭里山口起，向西南一直到เ塔吉克斯坦及塔什库尔干塔吉克自治县交界的乌孜别里山口至与吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦两个ฐ国家的边界接壤，有长达110公里的边境线。自治州的辖区范围，外与的两个国家，内与阿克苏、喀什两个ฐ地区相连。辖区内包括天山南脉、帕米尔高原、昆仑山脉、塔里木盆地西缘。自治州境内草原宽阔，高山林立，阿克陶县境内举世闻名的“冰山之父”慕什塔格峰和公格尔峰、公格尔九别峰，阿合奇县境内的卡克萨勒山、卡拉铁ກ凯山，乌ไ恰县境内的玛尔坎苏山、库鲁木提山、卡普卡山等均都有有名。这些高山之巅å均有冰川ษ和厚达百米以上的积雪覆盖，山间分布着条条冰川，并有冰洞、冰舌、冰湖等分布。重要的河流有托什干河卡克夏勒河、恰克玛克河、克孜勒河、盖孜河等。克孜勒河在柯尔克孜语中意为“红河”。自治州便以它来命名。托什干河上游被称为卡克夏勒河，源自吉尔吉斯斯坦境内，下游被称为ฦ托什干河，是阿克苏河，即塔里木河的重要源头。盖孜河源于阿克陶县境内的苏巴什地方，是喀什噶尔河的一个重要源头。流经自治州不同地区。