在历史上，与柯尔克孜族的相邻的古代民族先后有匈奴、丁零、乌孙、康居、乌ไ揭、鲜卑、高车、柔然、突厥、薛延陀、回纥、葛逻禄、契丹、钦๔察、蒙古、汉族等，他们都或多或少与柯尔克孜族生过不同程度的融合，在血缘上由或多或少的关联。古代柯尔克孜族同突厥的关系不仅在汉文史籍中得以记载，在柯尔克孜族中至今还流传着他们的祖先与突厥同源的传说。《周书？突厥传》中说，“突厥之先，出于索国，在匈奴之北，其部落大人曰阿谤步，兄弟十七人。其一曰伊质泥师都，狼所生也。谤步等性并愚痴，国逐破灭。泥师都即别感异气，能呼风唤雨，娶二妻，云是夏神、冬神子女也。一孕而生四男：其一变为白鸿；其二国于阿辅水、剑水之间，号为契骨；其一国于处折水；其一居践斯处折施山，即其大儿也。山上仍有阿谤步种类，并多寒露，大儿为出火温养之，咸锝全济，逐共奉大儿为主，号为突厥，即讷都六设也。”8根据上述第六个族源传说，柯尔克孜族的始祖名柯尔克孜族巴依，他和吐尔克突厥、克塔依契丹、柯尔孜、秦汉族都是同一个祖先的亲兄弟。突厥汗国强盛时期，黠戛斯ั曾录属于突厥汗国。黠戛斯领曾娶东突厥汗国的王室子女为妻，西突厥西面可汗室点密曾以黠戛斯王室子女许配给东罗马的使者。说明东西突厥都曾与黠戛斯，即柯尔克孜族有过姻亲关系。回纥同黠戛斯在漠北就是近邻๑。回鹘兴起之后，在相当长一段时间统治过黠戛斯各部ຖ。黠戛斯攻破回鹘汗国之后，回鹘人举部西迁。随后，柯尔克孜族也逐步开始西迁，并共建了喀拉汗王朝。在天上地区地柯尔克孜萨尔特部落中，融入了相当数量的回鹘人，留在漠北的回鹘人也大都融入了黠戛斯之中。9
根据史书记载，黠戛斯与西南方邻居突骑施关系密切，其领曾娶突骑施女为ฦ妻，与他们结为姻亲。葛逻禄原来是黠戛斯的近邻，后来取代突骑施而成为阿尔泰山西南、天山以北的强族，他们亦曾嫁女与黠戛斯的领。匈奴曾一再统治过坚昆地区，丁零是坚昆的近邻，乌ไ孙、康居、乌揭与坚昆的关系都比较密切，这些民族在不同程度上与坚昆相互融合，是不可避免的。鲜卑与坚昆的关系虽然没有直接记载，但鲜卑的后裔拓拔部ຖ在自己的传说历史中曾说他们的祖先曾统治过坚昆地区，如果将此同鲜卑人长期统治漠北的历史事实联系起来考虑，那也能够坚昆同鲜卑之间的相互交融的关系。高车最初的六部ຖ中有护骨部，他们同高车部兄弟般的关系必然要导致相互之间的融合。柔然可汗设仑远征西北的“匈奴余种”，护骨就包含在被他征服的范围之列，这也必然要造成这两个民族之间相互融合。10除此之外，乌ไ兹别ี克、哈萨克等民族形成的时间相对比较晚，但在族源上与柯尔克孜族有着密切关系。如克普恰克在柯尔克孜、乌兹别克中都有。而乃ี曼、克烈、克普恰克等部落，在柯尔克孜族和哈萨克中都有。说明他们当初都是独立的部落或部ຖ族，随着历史的不断展逐渐融合到这两个ฐ民族之中ณ去了。
当代柯尔克孜族的形成年代各国学者有各自不同的解释。前苏联族名史学家伯恩斯塔姆在《9支1้0世纪吉尔吉斯人在天山的出现》一文中指出：“吉尔吉斯ั人的天山分支在10世纪以前便已形成”；而另一位前苏联史学家彼德洛夫则在《吉尔吉斯起源史》一书中认为1世纪到1世纪的蒙古统治时期中亚吉尔吉斯民族已๐经形成。我国学者马曼丽认为至迟在公元、世纪，已经有叶尼塞吉尔吉斯人向西迁徙，留居天山一带和我国西北其他地区。1世纪到เ1世纪，由于成吉思汗的后裔生内讧，很多吉尔吉斯跟随失败的阿里布哥和海都撤迁到中亚以及天上一带。1至8世纪，由于沙皇俄国实行侵略扩展政策，征服西伯利亚汗国，中国的厄鲁特蒙古以及叶尼塞河流域的吉尔吉斯，并逐渐占领ๆ了吉尔吉斯人的领ๆ地。吉尔吉斯人与沙俄进行长达一个世纪顽强的斗争和英勇的反抗，大量吉尔吉斯人找到杀戮，人口锐减，只好于10่年翻越萨彦岭迁徙到额尔齐斯河东南草原。最后，除了少数人留在萨彦岭与唐努山之间的河谷地带之外，大部ຖ分都迁入伊塞克湖地区周边地区。这样，造就迁入天山地区的吉尔吉斯人同新迁来叶尼塞吉尔吉斯人两大分支汇合在一起，拥有了自己比较稳定的活动区域。而这正好是当代柯尔克孜族形成的时期。1้1