艾丽斯从第一集的生化丧尸中逃离，可是她却依然逃不出生化危机的恶梦。经过保护伞公司地下生化实验室的改造，她被赋予了人的力量度和感知能力，现在她必须ี担负起保护人类的工ื作，继续和丧尸的战斗ç。
T－病毒仍然在拉科恩城内肆虐蔓延，那ว些感染病毒的丧ç尸也成为威胁整个人类的因素า，必须在它们更加强大之前找到T－病毒的来源和有效控制它的方แ法，以解决整个ฐ人类陷入基因突变的绝境。为了这个ฐ目的，同时也是为ฦ了找出和拯救浣熊市内可能ม幸存的同胞，艾丽斯和刚刚ธ遭到降职处分的特种防卫队队员吉儿、以及佩顿、LJ、泰瑞以及队长卡洛斯ั组成调查组，再一次深入到拉科恩城腹地。
除了面对丧ç尸大军、变种怪物，他们遇到了更加强大的敌人，这个ฐ被称为ฦ“复仇女神（nemesis）”的怪物是第一集中受伤的马特在接受保护伞公司的“耐密斯ั计划”之ใ后变异而成，它被输入了毁灭一切生物的指令，并且它还拥有强大的电磁炮和火箭弹拥有惊人的破坏力。
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故事最终，保护伞公司在逼不得已๐的情况下，开启最终计划“消毒”，说是“消เ毒”，其实是使用核弹将整个ฐ城市毁灭。但是最终病毒并没有完全消灭……