直延续下来的大本营与政府的联席会议，新设最高战争指导会议。最高战争指导会议的正式成员是陆军参谋总长海ร军军令部长内阁总理大臣外务大臣陆军大臣和海军大臣。
“捷”号作战计划2
在大本营的提议下，19๗44年8月19๗日，日本当局召开了有天皇裕ษ仁亲临会议的“最高战争指导会议”。会上，决定了对世界形势的判断和今后应采取的战争指导大纲。
在判断当前的战争形势时会议认为：“敌方将以短期结束战争为目标，从各方面相互配合，有组织地继续对帝国发动全面攻势。特别ี是将以对我本土空袭和切断本土与南方的联系为目的，从太平洋及大陆方面采取攻势，以求战局急速进展。在上述形势下，有可能伺机在我本土登陆。”“中部ຖ太平洋方面的敌军正在企图随时与我舰队进行决战，向马里亚纳及西部加罗林群岛的要冲推进海ร空军基地，并企图与从南太平洋方面的进攻相呼应，攻占菲律宾和西南各岛，以切断帝国本土与南方地区间的交通。上述这种进攻很有可能在10่月前后实现。”为此，文件中ณ决定，不管欧洲局势如何发展，日本都必须ี打下去，而且要倾注全力进行决战，“彻底集中现有战争能力以及年底1้94๒4年以前可以转化为战争能力的国力击溃敌军，粉碎其继续作战的企图坚决把战争进行到底”。
在战争指导上最让日本当局头痛的是日本的国力衰败。其中支撑日本经济和生产的原料匮乏็问题日益尖锐，运输战略物资的船舶日见减少。自开战到1944年7月，船舶的损失达到450万吨，而这期间新造的船舶仅有2๐09๗万吨，损失是补充的2倍以上。再加上陆海军作战不断征用船舶，使原本紧张的船舶更加紧张。原料不足导致军工ื生产困难。现在，不用说前方作战急需的飞机大炮和舰船缺口甚大，就是部ຖ队现有的飞机与车船都因缺少燃料而陷入困境。
种种严峻的现实与积重难返的问题让日本的军政当局感到窒息，感到恐慌，但是他们又不甘心失败，不愿意举手投降。怎么เ办？只有拼死搏，与美军寻求决战。
对于大本营来说，要与美海军进行决战，就必须回答两个问题，个是用什么力量决战？另个是在哪里决战？而这两个问题都使军方首脑แ和参谋们大伤脑แ筋，他们已经为ฦ此有几个月没睡过好觉了。
对于第个问题，大本营的参谋们首先想到了航空母舰。
曾经利ำ用航空母舰的优势在偷袭珍珠港战中取得胜利ำ的日本联合舰队，从珊瑚海ร海战开始，就走上了下坡路，先后损失了“祥凤”号“赤城”号“加贺”号“苍龙”号“飞龙”号“龙骧”号“大凤”号“翔鹤”号和“飞鹰”号等9艘航空母舰。现在只有“瑞鹤”号“瑞凤”号“千岁”号和“千代田”号航母，“云龙”号和“天城”号8月份刚刚竣工，但是经过严格训练的有战斗经验的舰载机飞行员基本消耗殆尽，大多是刚刚补充进来的新飞行员，有的甚至还没有掌握舰载机在作战时的起飞和降落的技术。
依靠仅存的这几艘航母，能够与已经拥有35艘大型航母的美国机动舰队抗衡吗？这简直是不可能的。
大本营的参谋们把目光又集中到航空作战上。
在航空作战方面，日本有三种空中作战力量，是舰载机部队，二是海军陆基航空部ຖ队，三是陆军航空部队。在太平洋战争中ณ，日本海军直把舰载机部队视为主心骨，但是经过马里亚纳海空战之ใ后，舰载机部队基本消耗殆尽，现在正处于重建之ใ中。陆基航空部ຖ队同样损失很大，但还有指望，虽然目前兵力有限，如果和陆军的航空部队结合使用，或许能形成具有威胁的空中力量。
大本营按照这个思路，大力整备陆基飞机的作战力量，认为只要能ม搞到30่00架飞机，其中陆军1700架，海ร军1300架，就可以松口气了，但无奈设想与现实差距太大，费了九牛二虎之ใ力，才七拼八凑地搞到了100่0架。
海军准备用于“捷”号作战计划的陆基航空力量有两ä支部队，是第1้航空舰队，二是第2๐航空舰队。其编制序列如下：
基地航空部队编制
1้944年8月1้日
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“捷”号作战计划3๑
第1航空舰队
司令官：寺冈谨平中将；大西泷治郎中将10月17日以后
东加罗林航空队
澳北航空队
菲律宾航空队
马里亚纳西加罗林航空队
小计：飞机4๒94架。
第2航空舰队
司令官：福留繁中ณ将
台湾航空队
西南诸岛航空队
小计：飞机560架。
第1航空舰队的兵力，已在塞班提尼安和关岛的战斗中丧失过半，刚刚进入重建之中，估计能够投入作战的兵力不会超过30่0架。
第2๐航空舰队是作战后新组建的部队，正在九州ะ方面进行训练，很多飞行员是新手，只有攻击部队算得上精锐部ຖ队，计有飞机560่架，但能够投入作战的也不过3๑00架。
日军能够拿总数10่00架的航空兵力，和拥有精锐舰载机130่0架的美国机动部ຖ队抗衡吗？结论是否定的。
无奈之下，日军大本营想到了日本惟的点优势——战列舰，日本有世界上独无二的超级战列舰“大和”号和“武藏”号！
超级战列舰“大和”号和“武藏”号是日本海军传统作战思想“以战列舰为核心进行海上决战”的产物。193๑7年11月4日“大和”号在吴港造船厂秘密开工ื，1941年12月竣工。“武藏”号于19๗42年8月竣工。在日本投入作战的总计12艘战列舰中，就其战术技术性能看，“大和”号和“武藏”号确实是出类拔萃的，基准排水量比其他战列舰大倍，主ว炮由3๑60่毫米口径改成46๔0毫米口径，舰载侦察机和观测机由á过去的3架增加到7架，对空火力和舰体防护力均有很大加强。
在“大和”号和“武藏”号的建造中，充分体现了日本海军的“大炮巨เ舰”思想。其标准排水量为万吨，长2๐56๔米水线长，宽米水线下最大幅，平均吃水米，动力为ฦ15万匹马力，速度27节，续航距离7200่海里，乘员25๓00人，水线部装甲最大厚4๒1้0毫米，主炮4๒60毫米口径炮9门三联装，副炮15๓5毫米口径12๐门三联装ณ127毫米口径12门三联装，25毫米机枪24๒门双联装ณ13๑毫米机枪4门双联装。
他们认为，“大和”号和“武藏”号战列ต舰的主炮有效射程在40公里以上，每发炮弹重吨，2分钟3个齐射，2๐7发炮弹可形成宽90米长400่米的火力控制区，其“九”式穿甲弹直接命中时可击穿任何舰船，只要“大和”号和“武藏”号能ม突入敌舰聚集的海区，就可以发挥它们的可怕火力，对敌舰队进行毁灭性打击。就这样，日本的军事家们把自己拉回到了自纳尔逊时代形成的“大炮巨舰主义แ”的思维模式，企图依靠世界上绝无仅有的两艘超级战列舰击败美国人，为日本在莱特海战中ณ埋下了彻底失败的种子。
当然，大本营也知道用战列舰对付航空母舰的难度，于是绞尽脑汁，提出了“捷”号作战的基本思路，即以战列舰为ฦ主力，强行突入敌主力部队海域，依靠近战火力歼灭敌人，同时为减轻主ว力舰队突入时的压力，实施大规模的陆基飞机攻击作战和佯动作战。
对于第二个问题，日本军事家们的思维模式倒有些超前。
当时，大本营对美军下步的进攻方向判断不清美军自己都没有确定下来，指挥太平洋战争的几位美国将军——金海军上将麦克阿瑟尼米兹正在为ฦ此争论不休，但是确信仗肯定要打，因此在7月24日大本营制定了陆海军今后作战指导大纲，提出了个可以随机应变的“捷”号作战的设想。
该设想的出发点是“无论敌来自任何方向，均能随时集结陆海空军事力量，进行迎击并将其击溃。”根据这设想，日军大本营预想了4个决战方向，并相应制ๆ订了4套作战方案。它们是：菲律宾方向的“捷－1”号作战计划；台湾和琉球方向的“捷－2”号作战计划ฐ；日本本土北海ร道除外方向的“捷－3”号作战计划；库页岛北海道方向的“捷－4”号作战计划。
“捷”号作战计划4
那些终日紧盯着作战地图的日军参谋们认为，这套周全的作战计划可以保证无论敌人来攻上述任何地点，均能随时集结陆海空军事力量，进行迎击并将其击溃。
围绕着“捷”号系列ต作战计划，日本大本营要求南方军总司令官台湾军总司令官本土防卫军总司令官等与海军协同，在8๖月至10月间迅速完成“捷－1้”号至“捷－4๒”号作战的准备。
与此同时，大本营根据已๐往的作战特别是失败的教训，开始研究作战重点战法，调整作战指挥关系。其主ว要变化如下：
是把菲律宾方แ向作战列ต为重中ณ之重。
在最高战争指导会议上，小矶国昭首相对当时战争形势的判断ษ是：“今后敌之对我海ร上交通的破坏作战，将与驻华空军的活动相配合，将对西南各岛及菲律宾方面集中使用潜艇并辅以机动部ຖ队的挺进攻击，因而我方船只将增加损失。但是，只要敌方แ在西南各岛及菲律宾方面获得空军基地的企图不能实现，则ท本土与南方地区之间的海上交通大体上仍能保持。”根据这判断ษ，他得出结论说：“第在太平洋方面，消灭向我进攻的美军主ว力。第二固守南方แ各重要地区，排除万难，保护我国防圈内的海上交通。”总参谋长梅津美治郎则ท明确表示，“西南方面作战的重点是菲律宾决战”。
二是掌握定的机动力量，随时可向不同作战方向实施增援。大本营下令南方แ军以1个旅๓在菲律宾北部待命，随时准备调往台湾或西南诸岛方向；台湾军以1个旅为基干的部队，随时准备调往菲律宾北部或西南诸岛方แ向；本土防卫军分别以1个团内含3个步兵营1个炮兵营在鹿儿岛和姬路附近待命，准备向西南诸岛或小笠原岛方向调动；大本营调1้个师在上海附近待命，随时准备向菲律宾西南诸岛或台湾调动；大本营以47师驻弘前，随时准备调往本州岛东北或北海道。
三是改变以往两ä军种航空兵绝少相互配合的局面。大本营海军部和陆军部达成协议，“当敌来攻时，两ä军种航空兵力集中在决战重要地区，发挥整体战斗力，捕捉并击溃敌之进攻兵力。”协商期间，海军部曾向陆军部提出把陆军的全部ຖ航空兵置于海军的指挥之下，但陆军直把陆军航空兵视为自己的命根子，不愿把它们全部交给海军。况且，陆军航空兵的飞机装备和飞行员的训练也未必适应海上作战。双方经过多次讨价还价，终于达成同地区的海陆军航空兵部队在作战时积极协同的原则：在海上作战时，统由海军方แ面指挥；在陆上作战时，统由á陆军方面指挥。
四是接受作战的教训，改变过去的“水际滩头”防御为“纵深梯次”防御。从海岸到纵深，依次构筑岸边阵地主抵抗阵地预ไ备主抵抗阵地二道防线阵地，力图尽切手段削弱敌军战斗力，不失时机地转入反攻，举击溃敌军，在不得已时也能长期持久作战；改变过去将航空兵主要用于歼灭敌航空母舰编队的作法，保存实力，用于攻击敌运输舰船和登陆部队；组建特攻队，实施特攻战法，用飞机人操鱼雷或汽艇等“自杀”式攻击，挽回战争败局。
基于上述判断和调整思想，日本大本营对驻菲律宾的陆军和航空兵部队进行了新的编组和兵力配置。
为了加强菲律宾地面作战的指挥和协调，7月2๐8日大本营陆军部在菲律宾成立第14方面军。
该方面军除了统辖原驻菲律宾的第1้4集团军各部队外，又从中国的内蒙地区东北地区调集第26๔师8师及坦克2师到这个ฐ热带岛国来。至1944年10่月，方面军编成内有第35๓集团军辖第16第3๑0第100第1้02๐师及独立混成第55旅及归方面军直属的第8第26第10่3第105师，坦克第2师，独立混成第58第61旅。
航空作战，主要依靠司令部设在马尼拉的第4航空军。该航空军由á第2第4及第7航空师组成。按规定应拥有10่56架飞机，但因在新几内亚的战斗中损失惨重，实际上只剩下500余架飞机，而能立即用于作战的还不到半。鉴于航空兵力量太少，日军大本营打算旦发动“捷－1”号作战，便从日本本土台湾中国华北抽调11个飞行中队8个战斗机中ณ队1个ฐ轻轰炸机中队1个重轰炸机中队和1个ฐ侦察机中队，从马来亚法属印度抽调3个飞行中ณ队2个战斗机中ณ队1个轻轰炸机中队支援菲律宾战区。
“捷”号作战计划5๓
此外，日本海军西南方แ面舰队也把司令部设在马尼拉，负责指挥些战斗力不强的小型船只及丧失了战舰的水兵和岸勤人员参加当地战斗。
南方军于7月下旬接到大本营“捷”号作战准备的命令后，制ๆ定了“捷－1”号作战计划ฐ实施ๅ方案：
南方แ军和海军协同，击溃向菲律宾方แ向来攻的主敌美军，摧毁其继续作战企图。
二决战以和海军协同进行的航空作战为主，在海上歼灭来攻的敌主力。