敌人的骑兵越来越多，孙坚这才慢慢起身，离开席位，指挥将士们有条不紊地进入城内。孙坚对部将说：“向坚所以不即起者，恐兵相蹈藉，诸军不得入耳。”《三国志吴书孙坚传》
袁绍万万没想到，自己这老弟居然暗藏着自个儿当皇帝的野心！袁术一看天下无主，那可不群雄共逐之。他表面上假托君臣大义，装模作样地拒绝了韩馥和袁绍的建议。
其实，这五个人并不是董卓的人，而是与讨董联盟的人一样，来自士大夫阶层。但是袁绍的讨董联军对他们任意杀戮，以表明自己根本就不承认汉献帝。如此滥杀无辜，也说明讨董义军并不是什么正义之师。
青州刺史焦和出兵讨伐董卓，他的军队刚一过黄河，黄巾军余部就进入了青州境。青州在今天的山东，向来殷实富庶。焦和的部队阵容壮观，但每次与青州黄巾军遇上，焦和都望风而逃，从来不敢交战，更甭提保护本州百姓的身家性命了。
徐荣见曹操虽然兵少，但是打了一整天才将其击退，不好对付，所以认为酸枣不易攻破，只好率军退回了。
王叡又与武陵太守曹寅合不来。所以这一次举兵讨董，王叡宣称要先杀曹寅。曹寅害怕被杀，就假冒了一个上官的檄文，下达给孙坚。檄文中历数王叡的罪过，让孙坚把他处死。
盗贼远远望见这形，误以为是官兵来了，惊慌失措，扔掉财货四散奔逃。按理说孙坚这时应该见好就收，但他不肯罢休，追杀了一个盗贼才回来。孙坚因此声名大振，连郡府都召他代理校尉。
经过这两次有惊无险的插曲后，曹操回到了老家陈留。“太祖至陈留，散家财，合义兵，将以诛卓。冬十二月，始起兵于己吾。”《三国志魏书武帝纪》
汉献帝到达长安后，先是在京兆尹的府中住下，然后把西汉时候的宫殿稍加修整，才搬入宫中。这时董卓还在洛阳，没跟天子在一块儿。如果有人这时候控制献帝，完全可以讨董。可惜皇甫嵩太过迂腐，错失良机！
不料想伍琼和周毖坚决劝谏，反对迁都，董卓大怒：“我杀不了那俩人，难道还杀不了你们吗？老夫刚到中央的时候，是你们两个劝我选用良善之士，我听从了。这些人到任后，都起来反对我，这全是你们给我下的套！”于是董卓下令逮捕伍琼、周毖，并处斩了他们。
一些士人害怕董卓的残暴，被征召之后不敢不来。只有一位叫申屠蟠的人，接到征召命令后没动身。别人劝他去，他也只是笑而不答。董卓到底也没能勉强他做官。
于是董卓召集百官，在大殿上威胁何太后下诏废黜刘辩。他让人代写诏书，说当今皇帝在为先帝守丧期间，没有尽到孝心，而且缺乏君王应有的威严，所以废为弘农王，改立陈留王为皇帝。
于是董卓又说：“刘氏种不足复遗。”《后汉书袁绍传》刘家不值得留种，这大汉朝趁早推翻了算了！
很快，何进、何苗的部下都投靠了董卓。董卓为了吞并京城卫戍司令丁原的部队，还暗中指使丁原的部下吕布杀死了丁原。
但事到如今，何进确实已经脑子短路了。他不顾众人反对，大力征召各地猛将入京。这其中有一个叫董卓的人，后来果真闹出了一番大动静。
孙坚立即回营。他前脚到，后脚董卓的说客也到了。董卓应该是很害怕孙坚的，他不仅愿意与孙坚结成儿女亲家，还让孙坚把其子弟当中想当大官的开一个名单出来，甭管是孙家几代，都可以列到名单上，董卓推荐他们做官。
董卓也看出来了，在讨董联盟里，除了孙坚，其他的都是浮云。而且他也认识孙坚，知道孙坚的才能，所以才派人来游说他。但是孙坚却回应道：“董卓逆天无道，我今天恨不能灭其三族，昭示天下，又怎会与他结为亲家呢？”
孙坚继续进击。当其率军抵达洛阳附近时，董卓亲自出击，结果大败，只好退守渑池，在陕县集结兵力。
孙坚进攻洛阳，大败吕布。随后孙坚入主洛阳，打扫皇帝宗庙进行祭祀。在此他还意外找到了当年张让胁迫少帝逃跑时遗失的传国玉玺。
紧接着孙坚分兵到新安、渑池胁迫董卓。孙坚一系列的军事行动，让董卓感到很狼狈。董卓对自己的部下讲：“关东叛军屡败，都畏惧我，只有孙坚这小子不知死活，跟我死磕。你要告诉诸将，让他们提早提防。孙坚是个可用之才，可惜呀，他非要跟着袁家那几个秧子混，迟早会送命的！”
随后，董卓调兵遣将以抵御山东联军的进攻，他自己则回到朝廷现在的所在地——长安。