周瑜面临的另一重大挑战是剿灭湖贼。为了及时打击这帮贼寇，他决定将县衙搬到巢湖北岸唐咀附近的古巢都。
这些湖贼寄身在绿林山洞中，出没于江湖风浪里，勾结官府中的败类，杀人越货，是地方大害。湖贼大当家的名叫陈拳，二当家的名叫陈章，是亲兄弟。由于他们十分凶狠顽固、阴险狡诈，官府曾经进行征剿，但是损兵折将，无功而返。百姓人身财产安全得不到保障，连官府运输铁器、盐茶等物品都要派大队人马护送，普通商号运输物资更是不惜花费重金请武林高手保驾护航。即便如此，也不能做到万无一失，很是让人头痛。湖贼常常在光天化日之下抢劫商号，绑架人质，逼迫其家人拿钱消灾，如果不给就将人质点天灯。周瑜来到狱中，对几名囚犯耐心教育，让他们打入湖贼内部，以便里应外合，聚而歼之。但是湖贼狡诈多疑，居所不定，几次尝试均告失败。周瑜愁眉不展。
陈拳、陈章二人贪婪好色，专抢新媳妇。他们乘新人洞房花烛夜时，在房梁上偷听，新婚夫妻准备行房时，悄悄从屋顶缝隙处喷进迷魂香——用多种迷魂草研磨制成，很快就能致人昏迷，而且有效时间长达一个时辰。乘新郎新娘昏迷后为所欲为，等他们醒来，才现出了问题。有些新郎怀疑新娘与情夫合谋，一些新娘承受不了天大的冤枉和羞辱含恨自杀。娘家人接到噩耗痛不欲生，势力较大的人家召集族人与婆家论理，双方互不相让，大打出手，伤害多条人命，官府难以解决。更多时候是女方家出钱找湖贼替他们出头。湖贼收钱后，再向婆家索要财物，然后召集两家的头面人协商。由于都惧怕湖贼，往往被迫妥协；还有的人家将新娘关在黑屋里，丈夫近一年不与她同房，其间，如果新娘怀孕生子，则将“孽种”悄悄地抱出去扔掉或是在荒郊野外挖个坑埋了。有不少新娘受湖贼侵害后，不堪婆家歧视和折磨，精神崩溃，成天疯疯癫癫，更惨的是流落街头，受尽欺凌。湖贼的罪行真是罄竹难书。