妮可在《新闻周刊》上的采访刊出后不久，科学教高层包括迈克·米斯凯维奇、雷·米特霍夫和另外几个人就商量着采取什么策略，把汤姆严实地关在科学教的围栏里。他们担心妮可的半心半意会严重地削弱汤姆对科学教的信心。不管怎么说，一定不能让汤姆对科学教的信仰生动摇。万无一失的办法就是让他上课澄清“可能的麻烦源压迫者（pTssp）”。它可以让生动摇的科学教徒重新坚定信仰，同时对身边的非教徒人士保持戒备。
一般来说，上过了这些课，科学教徒会自觉自愿地写信，与非教徒的亲人“断绝关系”。比如，彼得·亚历山大17岁的儿子在上完pTssp课以后，默默地坐下来，给爸爸写了一封信，说自己今生今世再也不想见他。教徒写这样的绝交信完全是自的，这意味着一旦受到置疑，科学教的官员可以申辩说，教徒只是在以维护自己的最大利益，并没有受到胁迫。
卡伦·普雷斯利早就看出妮可对科学教的热情日渐减退。她看到了《新闻周刊》刊载的文章后，马上就意识到，妮可的婚姻要解体了。“到9o年代末，妮可就一直没什么明显的进步。汤姆比她更积极，级别提升得也快。我知道她通不过了，我真为她感到难过。”当初卡伦想退出科学教时，她知道，要是自己退了教，丈夫彼得希望留下来，那么，他将别无选择，只能跟她离婚。后来的结局果然是这样。现在，卡伦担心妮可会重蹈自己的覆辙，在讨价还价中失去孩子的监护权。
1999年初，汤姆顺从地接受了严格的听析，由科学教的总检察长马蒂·拉思本（martyRathbun）做他的听析员。到了某个时刻，训练的内容包括他必须向陌生人问：“我身上最明显的特点是什么？”汤姆兴致勃勃地接受这项训练，他不光问别的科学教徒，居然还跑到大街上，逮着萍水相逢的陌生人问这个问题。一个过路人被他吓了一跳，说：“嗯，你看起来像汤姆·克鲁斯——稍微有点像。”
他决定上课解答这些难题的时候，碰巧也是他在生活中遭遇“重大损失而悲痛万分”的时候。1999年3月2日，妮可演完《蓝房间》没过几天，她和汤姆在曼哈顿的一家私人放映厅第一次看了《大开眼界》。在场的除了华纳兄弟公司的两名管理人员，只有他们俩。他们把电影看了两遍。汤姆给伦敦的斯坦利·库布里克打了电话，说他非常喜欢这部电影。4天后，库布里克就急性心脏病作去世了。
“我听了这个消息一下子就懵了，”汤姆谈到这则消息时说，“我惊呆了，怎么也不能相信这是真的。我们在一起朝夕相处了两年。”葬礼在赫尔福德郡的圣奥尔本斯教堂举行，汤姆是抬棺人之一。应华纳兄弟公司的总裁、他的朋友特里·塞梅尔的请求，受到意外打击的汤姆负责处理与该片相关的一切事务，以此来化解他的悲痛之情。
库布里克的控制欲强是人们公认的，他再也找不到比汤姆更合适的执行人了：汤姆监督影片的行、营销和宣传的各个环节。编剧弗雷德里克·拉斐尔未经他的允许，写了一本薄薄的小书描述自己与库布里克合作的经过，让汤姆大为光火。而拉斐尔的出版商“企鹅”则对汤姆的反应之激烈感到震惊（汤姆认为拉斐尔写书是对库布里克的背叛）。拉斐尔回忆说：“企鹅说，他们从来没碰到过这种事情——汤姆想阻止他们出版那本书。不过，当时很多人都想大权独揽，他只是其中的一个。”
汤姆总想一手遮天的名声进一步面临挑战：他看到，电影评论家罗杰·埃伯特（Rogerebert）在为人们期待已久的《大开眼界》采访自己时，拒绝签署两页纸的保密合同。合同主张汤姆享有编辑控制权，强调采访不得对汤姆进行“负面或者贬低”的描述，汤姆有权随意删除他不喜欢的内容。埃伯特拒绝签字。这一回，汤姆让步了。埃伯特这才坐下来，与好莱坞大明星汤姆就《大开眼界》展开了“坦率而友好”的交谈。
媒体是一只桀骜不驯的猛兽，虽然汤姆总想制服它，却始终不能真正控制它。库布里克的葬礼过后没多久，两家美国小报称，库布里克曾经雇了两名专家，专门教汤姆和妮可怎么做爱。夫妻俩不高兴了。华纳兄弟公司表声明，说这个故事纯属杜撰，汤姆的律师则提起了诉讼。汤姆的火气一触即，再没有比提到他还是科学教徒更让他火冒三丈的了。在拍摄《大开眼界》期间，《我们》周刊写道，汤姆认为，演员约翰·特拉沃尔塔参与《地球战场》（Batt1efie1dearth）的拍摄（该片根据L·罗恩·哈伯德的小说改编）是个“错误”。不到一个星期，这家杂志就被迫在显著位置刊登了致歉启示，称汤姆是“活跃而执著的科学教徒”，他从没表过与《地球战场》有关的任何负面评论，哪怕“暗示”也没有。可惜这并不能阻止该片被评为有史以来最差劲的电影。
“我不喜欢打官司，”汤姆对《时尚芭莎》说，“我从中得不到快乐。可是有时候，事情做得太过分，它不再只是胡说八道；它给我们造成了破坏。那我就要打官司。只要能阻止谣传，我就要打官司。他们罢休，我才会罢休。”