自秦始皇统一中国后，转漕问题就是运东方的粮食以实长安，从全局来看，最重要的转运中心在中原，因此秦政府即建全国最大的粮仓——敖仓于成皋今河南荥阳西五里。西汉时东方的粮谷多从此西运，东汉时置敖仓官，属河南尹管辖。
2、组织严密。有残酷的漕规、家法，和江湖义气维系着体系的严肃性。
漕运总督署图漕运总督于明代开始设置，有明一代称它们为总督漕运和总督理河道，后世又分别称其为总漕和总河，其中漕运总督设置较早。景泰二年1451年，因漕运不继，明政府任命副都御使王竑总督漕运，驻扎淮安，标志着明廷设置漕运总督一职的开始。当时全称为“总督漕运兼提督军务巡抚凤阳等处兼管河道”，其主要职能除督促涉漕各省经运河输送粮食至京师外，还有巡抚地方并兼管河道维护治理职能。成化七年1471年十月，鉴于河道淤塞，漕运时有受阻，需有专员统筹河务，朝廷便命刑部左侍郎王恕总理河道，驻扎山东济宁，专门主持运河与黄河的治理维护，这是明代中央设置治河专官的开始，也是京杭运河事务管理中漕运、河道分开署理的标志。不过，有明一代大部分时间里，漕运总督和河道总督只是作为皇帝的代表外出督漕或治河，属临时差遣性质，并非固定官职。
明末清初，战乱频扔，河道年久失修，至康熙初年黄河下游到处决口，灾害连年。据不完全统计，清初顺治元年至康熙十六年1644—1677年淮河流域的黄河夺淮之灾的次数多达90起。［2］自徐州砀山以下至涟水海口，黄河决堤七、八十处，洪泽湖高家堰决口三十多处，翟家坝决口成河九道，清口、运口淤为陆地，不仅百姓田庐受淹，而且运道受阻，每年从南方供应京城的四百万石漕粮也失去保证。
康熙六年1667年七月，康熙帝亲政不久，黄河在桃源南岸烟墩决口，沿河州县悉受水患，清河冲没尤甚，黄河下流既阻，水势尽注洪泽湖，高邮水高二丈，城门堵塞，乡民溺毙数万。［3］从这时起，水患便引起了康熙帝的高度重视，正如康熙帝自己所言：“朕自十四岁即反复详考如宿迁以下高家堰等运河。”［4］他悉心研究治河方略终身不缀。
康熙九年1670年三月，策试天下贡士于太和殿前，康熙帝以澄清吏治和治河为策论试题，其中提出“漕粮数百万石，取给东南，转输于黄、运两河，何以修浚得宜？而天庾籍以充裕，俾国收利，民不受其害？其必有道以处此。尔多士志学已久，当有确见其中，其各摅凤抱，详切敷陈，朕将亲览焉。”［5］
康熙十一年1672年四月，康熙帝派侍卫吴丹、学士郭廷祚阅视河工，绘图进呈。［6］康熙十五年1676年高家堰大溃决，仅武家墩至高良涧就出现三十四处决口，淮水迅速下跌，河蹑淮后，大量倒灌入湖，形成上破归仁堤，下破高家堰，突入里运河，漫流里下河的严重局面。江南财赋重地被淹，运道受阻，对平定“三藩”的战争也极为不利。因此，尽管国家财政仍然比较困难，康熙帝还是下决心对黄河、淮河进行全面治理。康熙帝命冀如裼等视察河工，行前一再嘱托:“河工经费浩繁,迄无成效,沿河州县百姓皆受其困。今命尔等前往，须实心相视，将河上利害情形体堪详明，各处堤岸应如何修筑，务为一劳永逸之计，无得苟且塞责。如堪视不审，后复有事，尔等亦难辞咎”。［7］同年十二月,康熙帝还从治河、导淮、通漕的长远之计着想，“命江南淮、扬所属沿河地方栽植柳树，以备河工之需。”［8］
康熙十六年1677年二月，在平定“三藩”激战正酣的时刻，康熙帝敕谕安徽巡抚靳辅总督河道。靳辅上任后，驻节清江浦，深入各河道水域调查研究，“周度形势，博采众论，为八疏同日上之”。［9］辅疏言：“治河者当审全局，运道之阻塞由河之变迁，河之变迁由向来治河多尽力于漕艘经行之地，其他决口以无关运道遂缓视之，以致河道日坏。”［10］靳辅指出：“清口以下不浚筑，则黄淮无归，清口以上不凿引河，则淮河不畅。高堰之决口不尽封塞，则淮分而刷黄不力，黄必内灌，而下流清水潭亦危。且黄河南岸不提，则高堰仍有隐忧，北岸不提，山以东必遭冲溃。故筑堤岸，疏下流，塞决口，但有先后，无缓急。今不为一劳永逸之计，屡筑屡圮，势将何所底止。”［11］疏上，群臣
倾天下吧
多异议，因其与康熙帝一劳永逸、全面修治的方针契合，康熙帝特加所请。
康熙十七年1678年正月，康熙帝批准拨帑金二百五十余万两，限靳辅三年告竣。［12］从此，在靳辅主持下，大规模的河道治理全面展开。靳辅借鉴明代水利学家潘季驯“筑堤束水，以水攻沙”的理论，提出“筑堤束水与引河放水交相使用”的理论。在治河实践中，靳辅首先疏浚黄河下游清江浦至云梯关河道，使洪水得以畅流入海，接着相继堵塞高家堰及黄河各处决口。在遏制了洪水的泛滥之势后，靳辅又先后完成了改移运口于七里墩、开清口四道引河、疏浚皂河、加挑中运河等工程，治河取得了初步成效。
二、第一、二次南巡，察视河工，相度形势。
康熙帝在平定三藩、统一台湾以后，便视河务为首要。靳辅治河虽然取得了一定成效，但是，淮、扬水灾并未明显好转，康熙帝为此殚精竭虑，日夜焦劳，他惟恐官员治河失法，遂于康熙二十三年1684年举南巡之典，不远万里，亲阅河工。
康熙二十三年1684年九月二十八日，康熙帝出京，开始了他的首次南巡之旅。十月十九日，康熙帝自宿迁至桃源县，视察黄河北岸一百八十里的各处险要工程，驻众兴集。十月二十日，康熙帝幸临清口，在靳辅的陪同下，步行阅视十余里，虽然泥泞没膝，亦不辞其艰。［13］他还登上天妃闸，亲自勘察水情，见水势湍急，命改为草坝，另设七里、太平二闸，以分水势。［14］康熙帝面谕靳辅：“朕向来留心河务，每在宫中细览河防诸书及尔历年所进河图与险工决口诸地名，时加探讨。虽知险工修筑之难，未曾亲历河工，其河势之汹涌泛漫，堤岸之远近高下，不能了然。今详勘地势，相度形势，如肖家渡、九里岗、崔家镇……一带，皆吃紧迎溜之处，甚为危险，所筑长堤与逼水坝须时加防护。”［15］然后，康熙帝登舟过清江浦、淮安府。
其后，康熙帝幸临宝应、高邮、扬州、镇江、苏州、无锡、江宁等地。回銮途中，十一月初十日，康熙帝船到清河县，登岸阅视了王工堤、老坝口、武家墩、天妃闸和高家堰堤工，每到一处必垂询再四。他在视察运口时面谕靳辅：“当添建闸座，防黄水倒灌。”［16］
康熙帝召靳辅入行宫亲加慰谕，并亲洒宸瀚，赐靳辅《阅河堤作》［17］诗一首。他对靳辅及扈从诸臣说：“朕南巡，亲睹河工夫役劳苦，闾阎贫困。念此方百姓，何日俾尽安畎亩？河工何时方得告成？偶成一诗，聊写朕怀，不在辞藻之工也。”
诗曰：
防河纡旰食，六御出深宫。
缓辔求民隐，临流叹俗穹。
何年乐稼穑，此日是疏通。
已著勋劳意，安澜早奏功！
我们从这首诗可以管窥康熙帝希望根治水患的急切心情，他对靳辅寄予厚望。靳辅诚惶诚恐，将这首诗勒石成碑，懔惕遵循。该碑当时立于清江闸南岸，今久佚，后楚秀园重立了这块碑。
康熙二十四年1685年，靳辅上疏建双金门闸，双金门闸原为泄黄而建，后改运口于扬庄，则专泄中河之水。康熙二十六年1687年，靳辅上疏开中运河自仲庄至宿迁，中运河成，漕运船艘得避黄河一百八十里风涛之险。
康熙二十八年1689年正月初八，康熙帝再次南巡。二十五日，至清河县，康熙帝谕示河道总督王新命：“中河与黄河逼近，如黄河溃决，将混而为一，宜有预防之法。”康熙帝还诏谕两江总督傅腊塔：“朕南巡以来，轸念民艰，勤求治理，顷至江南境上，所经宿迁诸处，民生风景较前次南巡稍加富庶，……江南省积欠约有二百二十万两，……再加江南全省积年民欠地丁钱粮、屯粮、芦课、米麦豆杂税概与蠲除……”。［18］并“著速行晓示，日传三百里，遐村僻壤，咸知朕意。”［19］康熙帝即兴作《蠲江南逋赋》［20］诗一首。
诗曰：
国家财赋东南重，已责蠲租志念殷。
雨泽何妨频见渥，普天愿与乐耕耘。
三月初七日，康熙帝回銮途中率随从诸臣视察高家堰一带堤岸闸坝，他对诸臣说：“堤岸颇为坚固，旧堤之外更修重堤实属无益。”又谕：“先年因高家堰冲决，淮水东流，无敌黄之力，黄水倒灌，湖底淤垫，海口闭塞。……高家堰既有减水坝，不可又令分流使淮河水弱。但遇大涝之年，淮水盛涨，出清口不及，则堤必受伤。”［21］三月十九日返回京师，康熙迅随即进行御门听政，再度征求百官的治河意见。