目标提出的同时，马云也相应地调整了阿里巴巴公司的组织结构，目的是使其变得更加灵敏和高效。在此之前，公司由事业部主导，设有工程部、销售部和网络部。调整之后，马云把这几个部门合并为两个部门，一个做外贸，一个做内销。与之相对应的中国供应商和贸易通产品，也都改由配备专业的队伍及时跟进。另外，马云还在公司成立了一支针对大客户的直销队伍。这在许多互联网公司，基于有网站作为平台的理解，都忽略掉了。
就像马云的淘宝网，在过去5年里，他从来没有收过一分钱，也从来没想过怎样去向用户收钱。“所以很多人经常担心我，几乎每天都会收到很多邮件告诉我淘宝该怎样赚钱，感谢所有人对我的关心”。
现在阿里巴巴的网上社区，尤其是中文站点人气极旺。论坛按行业合理分类，比如：五金、矿产、农业、工业、机械等，各个行业里的问题都可以探讨。此外还有情感世界、商海沉浮、旅游天地……八方信息，穿插其间，方寸之地，琳琅满目。阿里巴巴把商界称为一个社会，网上虽是一个虚拟世界，而从中透露出的主办者的情怀却是真挚的。因此，马云觉得他们做这个事情，每天都很动情，都很投入，当然也很累。他们一天工作十五六个小时觉得很正常，也很有意思。从无到有，从小到大，直到今天这样的规模，能为全世界商人服务，他们感到骄傲。
可是一回国，马云又反悔了。对于风险投资，马云有自己的独特看法。他认为互联网公司需要足够的钱，但不需要太多的钱。许多公司倒闭就是因为钱太多了。这次，他竟然觉得3ooo万美元太多了，他不需要这么多钱，只需要2ooo万美元。他说：做互联网，我是在赌博，但我只赌自己有把握的事。2ooo万美元我是管得了的，钱再多就失去了价值，对公司的展是不利的，所以我不得不反悔。因此，马云只愿意接受2ooo万美元。
谁知马云刚讲了6分钟，孙正义这位互联网投资公司之王就对马云说：我也不知道阿里巴巴是什么，但是我如果投资一定要3o％的股份，你可以继续谈。你要多少钱?
第二天，马云就飞往硅谷，在美国硅谷很多基金组织跟马云表示要投资阿里巴巴，可马云却一直板着脸说不，这是最牛气的一个礼拜。
15金钱面前要冷静
问题远远不止这些，马云实际上犯了一个战略性的失误。他将阿里巴巴的英文网站放到硅谷，但是在美国硅谷里面的全是技术精英，而阿里巴巴网上交易需要的贸易人才却要从纽约、旧金山空降来硅谷上班，这就平添了一大部分无谓的成本。大环境上又恰逢美国纳斯达克股市持续下跌，造成大片互联网公司倒闭，阿里巴巴的硅谷研究中心也处于风雨飘摇之中。
在我国，欠达的在线支付系统，滞后的邮政网络，尚不普及的pc基数，相对低水准的人均gdp，让安全支付问题更加困难。在解决这个问题时，马云的阿里巴巴其实是采用了一些传统的手段，而不是技术手段。因为从某种意义上来说，用技术手段来解决诚信问题无异于缘木求鱼，诚信是要以消费者成熟的消费心理为基础，以法律与技术为保障的。从阿里巴巴提供的资料来看，诚信通主要是通过第三方认证、证书、荣誉、阿里巴巴活动记录、资信参考入与会员评价五个方面来审核申请服务的商家诚信的。
但马云没有放弃，他在等待一个证明自己的机会。1995年7月，上海开通了互联网专线，马云相信这就是证明自己的绝佳机会。8月，马云请来望湖宾馆老总等客户以及杭州电视台的记者，从杭州打长途电话到上海连通网络、下载网页，当“望湖宾馆”的网页在三个半小时的漫长等待之后，终于出现在了电脑屏幕上的时候，客户兴奋了，在场的所有人都兴奋了。当然，马云没有忘记让记者将整个过程记录下来
如果你在创业第一天就说，我是来享受痛苦的，那么你就会变得很开心。马云1992年做销售的时候，他说创业的乐观主义很重要。销售1o次1o次为零，出去以后，果然是零，说得真对，要奖励一下自己。
这个女孩非常惊讶，不敢相信大名鼎鼎的阿里巴巴会在这个鬼地方设分公司。因此，她又跑下楼去打电话给自己的男友，吩咐说：“如果半个小时以后，我还没有给你打电话的话，你就到这来找我，如果找不到我，就打11o……”
1996年，巨人大厦资金告急，史玉柱决定将保健品方面的全部资金调往巨人大厦，保健品业务因资金“抽血”过量，再加上管理不善，迅盛极而衰。
1997年年初，巨人大厦未按期完工，国内购楼花者天天上门要求退款。媒体地毯式报道巨人财务危机。不久只建至地面三层的巨人大厦停工。巨人集团名存实亡，但未申请破产。
1年，注册建立生产保健类产品的生物医药企业――“上海健特生物科技有限公司”。
年12月21日，注册成立“珠海市士安有限公司”。在珠海收购巨人大厦楼花。
年，和原班底人马在上海及江浙创业，营销“脑白金”。
1年，在上海申请注册巨人公司，谋求上市。
4年，上海征途网络科技有限公司正式成立。
年，《征途》完成开。
6年，上海金茂大厦，《征途》召开新闻布会，并在开曼群岛注册巨人网络科技有限公司，筹备上市。
7年，获第三届中国游戏产业年会评选出的“最具影响力人物”。宣布其征途网络更名巨人网络。11月，巨人网络成功在美国纽约证券交易所挂牌上市。
8年，巨人投资公司在北京人民大会堂宣布，正式开辟在保健品、银行投资、网游之后的第四战场――保健酒市场，世界第一款功能名酒――五粮液黄金酒。
9年，在上海宣布，推出名为“赢在巨人”的网游创业平台。福布斯全球富豪排行榜，史玉柱以15亿美元居第468位，在大6位居第14位