当火器的威力发挥以后，步兵就从战车之后冲出，形成几道攻击波和敌人格斗而以喇叭的声音指挥动作的协同。等到敌人攻势被挫，队形散乱，骑兵也从车后整队出击。这种骑兵实际上是马上步兵，他们同样以鸳鸯阵的队形带着不同的白刃作战。蒙古人利用骑兵结队冲锋，以迅猛的力量和气势压倒对手，戚继光未曾仿效。
然则严峻的纪律，仅是治军方针的一面；另一方面则必需鼓舞士气。士兵的自尊心和自信心在这里起着重要的作用。一支经常被敌人打得落花流水的部队谈不上自尊和自信，必胜的信念有赖于能力和技术，而能力和技术又来自平时的刻苦训练。
这种制度和风气所造成的严重后果早已被事实所证明。本朝的军事窳败尽人皆知，但其败坏的程度却出人意外。北方的边境每年都为俺答所入侵，被掳走的人民和劫去的财物不可胜计。1555年戚继光调赴浙江新任的时候，东南沿海也迭经倭寇的蹂躏。正当悲观和惶惑遍布于滨海各省，一股50至70人的海寇竟创造了一个奇迹。他们登陆后深入腹地，到处杀人越货，如入无人之境，竟越过杭州北新关，经淳安入安徽歙县，迫近芜湖，围绕南京兜了一个大圈子，然后趋秣陵关至宜兴，退回至武进。以后虽然被歼，但是被他们杀伤的据称竟有四千之多。而南京为本朝陪都，据记载有驻军12万人。这样的军事行动，在世界战争史上亦当称为罕见。
市制的问题肇始于两百年前。开国之初，洪武皇帝下令发行的大明宝钞，既不能兑现，也不能用以交纳田赋。其发行的方式也不是通过商业机构，而是通过发放官俸、赏赐官军和赈济灾民等方式流通于社会。而且，最根本的问题是在这种通行票据发放的时候，政府并没有任何准备金。如果这种发行货币的办法能够成功，那确乎是重新分配财富的最简便的办法了。然而事实上其中的奥妙在一开始就被识破，虽然政府严令禁止以金银物货交易，违者治以重罪，民间却置若罔闻。宝钞在最初就没有能按照面额使用，数十年后即等于废纸。
这种直言抗命的精神，可能使海瑞失掉了一个升官的机会。他于1562年调任江西兴国，官职仍是知县，不升不降。以他这样的性格和作风，上司当然衔恨在心，如果不是他本人言行如一，清廉正直，十个海瑞也早已罢官免职。他的节俭的名声遐迩皆知，据说有一次总督胡宗宪竟然以传播特别消息的口吻告诉别人，说海瑞替母亲做寿，大开宴席，竟然买了两斤猪肉。3此事的真实性无法得到证明，但海瑞饭桌上的蔬菜出自他亲自督率别人在衙后栽种，则属毫无疑问。
对万历皇帝来说，这十里之遥的长途步行当然不是一件轻松的事情，因为这是他有生以来第一次的如此跋涉，而且当时的天气已愈来愈热。天坛圜丘在北京城南部，为今上的祖父嘉靖皇帝在1530年所建。万历皇帝在这同心圆的最下一层石阶上跪下祈祷，上香之后，又向上天叩头4次。文武百官列队站立在南墙之外，当皇帝跪拜时，赞礼官在昭亨门传赞，百官也依样跪拜如仪。行礼既毕，皇帝召集大学士。六部尚书和其他高级官员在左根星门外所设的帐篷内发表训辞。万历声称，天时亢旱固然是由于他本人缺乏德行，但同样也是贪官污吏克剥小民、上干天和的结果。现在务必要改弦更张，斥退坏人，引用好人。申时行即席代表全体官员致答辞，声称臣等奉职无状，以致天降亢旱。皇上代表全体臣民祈祷，当然会上格天心。如果还有官吏不能仰体皇上的诚意，臣等一定要严加申饬。万历当即指示把这种要旨公之于天下。1585年5月16日的敕文就体现了这个指示。敕文告诫贪赃在法、酷害百姓的官吏必须痛加改悔，绝不能再把中枢的命令示为具文，如有违不奉行者，定当严惩不贷。同时万历又命令户部在灾害严重的地区免征赋税一年。仪式结束，准备起驾回官，宦官们让御轿抬到万历跟前，但他坚决不坐，仍和百官步行回宫。这支队伍人数众多，起止需时，到达大明门已经是下午最炎热的时候。队伍刚刚解散，兵部的一个主事就迫不及待地从袖子里抽出一把折扇使劲地挥动。负责纠察的御史发现这一情状，认为其时虽然已经散队，但此人如此不能忍耐，仍然属于失仪。为此这位主事被罚俸半年。
在文渊阁的八年半中间，北方边防没有发生重大事件，也是申时行引以自豪的政绩。其实当时危机并未消失，只是依靠他处理得当，才未酿成大变。1590年，本朝的一员副总兵李联芳在甘肃、青海交界的地方陷于蒙古军队的埋伏，力战身亡。北京的文官大部分主张应当兴兵讨伐。这时候万历皇帝已很少在公开的场合之下露面，由于这一重大事件，他破例举行早朝，朝罢以后继续和各位大学士讨论对付的办法。万历同意多数廷臣的意见，认为应当采取强硬态度，然而申时行则持有不同见解。
万历指令以四万顷为福王的庄田，不过是和群臣讨价还价的办法。讨价还价之余，万历就减价而为二万顷，福王本人也再三表示“推辞”。而万历所真正为福王索要的，则不在田土而在佃金。河南在明初地广人稀，其后民间开垦所增田地，称为“白地”，其所有权常常发生问题。地方官对这种田地所征取的赋税，既不归入一般的田赋，也很难视为官田的地租。山东由于黄河河道的变迁，被淹后的田地重新开发，情形亦复类似。湖广则因河流湖泊众多，昔日之湖沼成为圩田，河岸瘠土仅征“芦课”者至此也有成为良田的趋势。此外，各省还有被抄没的庄田等等，情况极为复杂。这些土地的赋税收入，纵未尽入地方官之私囊，但也从未作公开而详尽的交代。万历的意图，即要三省地方官从这笔收入中每年缴纳银46，000两，以作福王府的开支。迟至1617年，湖广官员只表示承担银3，659两。福王本人，曾因为不相信各地的报告，而派人在河南丈量上述田土，以致与当地官民发生冲突。请参阅《神宗实录》页9771、9773、9825、9881、9901、9920、9924、9942、9946、9957、10089、10339、10526、10611。
正德登极未逾两年，他就搬出紫禁城，不再受宫廷内部清规峻律的限制。他新建的住宅名叫“豹房”，坐落于皇城中空旷之处，中有精舍、猎房及俱乐部。从此，他就在宦官、倡优、喇嘛以及异域术士的包围之中。如果兴之所至，他也偶然临朝或出席经筵，但更多的兴趣则在于游猎。有一次，他亲自训练老虎，为虎所伤，幸赖亲信江彬的救援才得免于难。
木板印刷的发达不仅使这些书籍大为流行，而且还使一些不署名的传单和署假名的小册子不断出现，这些传单和小册子增加了北京城内的紧张气氛，使每一个人都程度不同地卷进了这个继承大统的漩涡里。有一张传单，即所谓“妖书”，竟公然声称太子不久就要被废，福王将奉召回京正位东宫，并且指出这一阴谋的参预者及其全部计划。皇帝命令东厂锦衣卫严密侦缉妖书的作者，致使整个京城为之震动，不仅名列书中的人惊恐万状，其他无关的人也不免惴惴不安。
在听任申先生离职之前，皇帝不能没有必要的措施以重振自己的权威。那个发难参劾申时行的给事中由降级外调而加重为革职为民。这是因为他受到了文官的表扬，而要皇帝收回处罚他的成命；而在皇帝那里，虽然无法挽留群臣所不齿的大官，却必须表示有能力斥退他们所欣赏的小官。其次轮到了二辅许国，多年来他和申时行在表面上似乎同心协力，这一事件暴露了他对申时行的嫉忌，而他故意公开申时行的秘密揭帖，说明了他的秉性并非忠厚，这种人自也不应在御前担任要职。由此，许国也被参劾，皇帝批准他“回籍调养”。两天以后，皇帝才接受了申先生的辞呈。
奇怪的问题是，皇位的继承问题早已解决，万历皇帝又龙驭上宾，而关于当年延搁立嗣的责任之争，反较问题没有解决的时候更加严重。每当提及往事，就有许多廷臣被卷入，而且舌战之后继以笔战。这时朝廷中的文臣已经分裂为若干派别，彼此间无数的旧恨新仇需要清算，激烈的争论则常常肇始于微不足道的衅隙。万历皇帝几十年的统治，至此已经造成了文官集团中不可收拾的损伤。
2《穆宗实录》页1597～1598；《神宗实录》页153、927、1435、9877；《国朝献征录》卷17页145。《明史》卷218及《明代名人传》页1118只说明了申时行在翰林院的官职，而未提及他与万历间长期的师生关系。
果然计出如神，案件一发动，申时行出而为高启愚辩护。攻击者按照原定部署参劾申时行，又如预料申被参离职家居待勘，二辅许国代理阁务。许国又为申时行辩护，过几天也被参劾，也同样在家听候处理。
在名义上，张居正是皇帝的顾问，并无决策和任免的权力。为了贯彻自己的意图，他经常以私人函件的形式，授意于他亲信的总督巡抚，要他们如此如此地呈奏皇帝，然后他以内阁大学土的身份票拟批准他自己的建议。为了鼓舞亲信，他有时还在函件上对他们的升迁作出暗示。这种做法，实际上是以他自己作中心，另外形成一个特殊的行政机构，以补助正常行政机构之不及。这在旁人看来，就是上下其手；以气节自负的人，自更不愿向他低头，以免于趋附权势的讥讪。
既有这种人物具有这样的看法，则内阁首辅虽然承认现实，却又不能放弃理想。
申时行和其他绝大多数的大学士一样，出身于政府中执掌教育和文墨的部门。1562年，他在二百九十九名殿试及第的进士中名列第一，即得中状元，并按例授翰林院修撰。此后他在翰林院任职达十五年，官至侍读，并升转兵部及礼部侍郎，在职仅七个月，即被命为大学士。他和张居正、高拱一样，未曾就任北京以外的官职。
《孝宗实录》页2449。
，也常常有意无意地把他看成一具执行任务的机械，而忽视了他毕竟是一个有血有肉、既会冲动又会感伤的“人”。基于这种了解，她就能透彻地认清了作为一个妻子所能够起到的作用。别的妃嫔对皇帝百依百顺，但是心灵深处却保持着距离和警惕，惟独她毫无顾忌，敢于挑逗和嘲笑皇帝，同时又倾听皇帝的诉苦，鼓励皇帝增加信心。在名分上，她属于姬妾，但是在精神上，她已经常常不把自己当作姬妾看待，而万历也真正感到了这种精神交流的力量。据宦官们私下谈论，皇上和娘娘曾经俪影双双，在西内的寺院拜谒神佛，有时还一起作佛前的祈祷。她对万历优柔寡断的性格感到不快，并且敢于用一种撒娇讥讽的态度对他说：“陛下，您真是一位老太太！
大风起于青萍之末，故太师张居正的被参是从一件事情开始的。皇帝下了一道诏书，内称，过去丈量全国的土地，出现过许多不法行为，主要是各地强迫田主多报耕地，或者虚增面积，或者竟把房屋、坟地也列入耕地，而地方官则以此争功。鉴于弊端如此严重，那一次丈量不能作为实事求是的税收依据。年轻的皇帝认为，由于自己敏锐的洞察力而实施了一大仁政，给了天下苍生以苏息的机会。他没有想到，这道诏书虽然没有提到张居正的名字，但一经颁布天下，过去按照张居正的指示而严格办理丈量的地方官，已一概被指斥为佞臣；没有彻底执行丈量的地方官，却被田主颂扬为真正的民之父母。反张的运动由此揭开了序幕。大批严格办理丈量的官员被参劾，他们都直接或间接与故太师张居正有关。他们劣迹多端，而细加推究，其所以胆大妄为，后边盖有张居正的支持。这一运动慢慢地、但是有进无退地蔓延开去，而参与者也清楚地知道现在和当年劝谏夺情的时候，政治形势已经大不相同，他们揭发事实，制造舆论，使张居正的形象逐步变得虚伪和毒辣。到1582年年底，张居正去世仅仅半年，他已经被盖棺论定，罪状有欺君毒民、接受贿赂、卖官鬻爵、任用私人、放纵奴仆凌辱缙绅，等等，归结到最后，就是结党营私，妄图把持朝廷大权，居心叵测云云。
王皇后是一个不幸的女性，后来被谥为孝端皇后。她享有宫廷内的一切尊荣，但是缺乏
重要官员的任命，即人事大权，也是决不容许由旁人代理的。作出这一类决定，总是先由张居正和吏部提出几个人的候选名单，而由皇帝圈定其中之一。万历皇帝虽然年幼，他已
芝佛院始终没有向政府登记，没有领到正式执照，因之也没有向政府纳税。它不属于任何宗派，也没有董事会的管制。李贽是全院唯一的长老及信托者。其创建和维持的经费，绝大部分来自他一人向外界的捐募。他常常写信给朋友，要求得到“半傣”的援助，或者以“三品之禄，助我一年”。有的朋友，周济他的生活前后达20年。他过去没有经历过富裕的生活，但在创建佛院之后，却没有再出现过穷困的迹象。
在李贽被任为姚安知府之前，他已经享有思想家的声望，受到不少文人学者的崇拜。这些崇拜者之中有人后来飞黄腾达，或任尚书侍郎，或任总督巡抚。李贽得到他们的接济，即使不算经常，但也决非绝无仅有。而且这种金钱上的关系还不是单方面的。他的朋友焦竑也是一位著名的学者，不善理财，据说穷得“家徒四壁”。当焦竑的父亲80寿辰，朋辈称觞聚会，有的竟不远千里而来。李贽是这次盛会的襄助者，他写信告诉与会的人，嘱咐他们“舟中多带柴米”。
这种方式的金钱周济和往来之不同于一般，在于授受者之间具有共同的思想，或者说共同的目的。从心理学的角度来研究，这种关系还是以道德作为施政方针的副产。因为这种施政方针的思想根据，乃是认为宇宙间的任何事物都息息相关。一个人或一种事物，其所以具有特性或功能，全靠和其他人或其他事物的相互关系。一个人的品质高尚，就因为他的志趣和行为得到别人的赞赏；他的识见深远，就因为他分析理解其他事物的正确。所以人的生活目的，就不能不是合作互助与共同享有。但是，在现实中，为什么所有的人身上都存在或多或少的自私？这个问题使读书明理之人为之不安，而高级官员由于负有治国平天下的重任，其不安尤为严重。按理说，他们所受到的教养，都要求发扬为公众服务的精神；然而一旦接触实际，这种精神常常只是海上神山，或者干脆销声匿迹。有时他们身上的自私苟且，还远过于不识字的愚氓。这种不安，或者由此发展而来的内心交战，需要有一种适当的方式来缓解排除。志趣相投的研究讨论，可以触发彼此的灵感，深入探索人生的真谛，俾使内心的不安涣然冰释。所以他们来往密切，集会商谈之余，还互相通信，刊印文集。李贽落发为僧以后，仍然经常外出旅行，参加这些活动。在当时，还谈不上旅费必须报销，或者演讲应当收入费用，这些问题，都可以根据习惯，在往来交际之间安排妥帖。以李蛰的名望，加上化缘和尚的姿态，他已经用不着再为经济问题而踌躇。
他和耿定向的辩论，促成和巩固了他要求个人自由的信念。多年之后，他仍把这次辩论视为生命中一个重要的转折点。
1580年，李贽在姚安辞官离任后，就搬到湖广黄安，在耿家充当门客而兼教师。这时耿定向的父亲去世不久，兄弟4个都在家里丁忧守制。这4个人中，李贽和二兄耿定理的交往特别密切。有人误以为他们两人在思想上比较一致，其实不然。他们之间的差异，较之李贽和长兄耿定向之间的差异还要大得多。耿定理天资聪颖，同时也是一个诚实的人。如果他发现“四书”“五经”中的理论和他自己的思想有所冲突，他就不能轻易放过，人云亦云。这种矛盾带给他苦恼，也促使他思索，有时候会独自一人在深山穷谷之中徘徊。最后，他终于“豁然贯通”，确认儒家的仁就是无我主义，一个人成为圣人，则是把自我之有化而为无，进入了寂灭的境界，以致“无声无臭”。这种高悬在空中的理想主义，只能深藏于内心，不能应用于现实，并发展而成为伦理和道德的标准。所以在实际生活中，耿定理从来没有应考，也从来没有做官。然而李贽则认为“穿衣吃饭，即是人伦物理”，这无疑和耿定理的思想判若水火。他们之所以能和睦相处，不在于耿定理学术理论上的弹性，而在于他性格的柔和轻松。他经常以禅宗式的机锋，避开辩论中的正面冲突，而以表面上毫不相关的语言，来表示自己的意见，使辩论的对手在思索之后被迫折服。因为他认为自己所掌握的真理，基于识见渊博；如果坚持片面的执拗，就等于放弃了宽阔的胸襟。因此，当耿定理在世之日，总是能够用他特有的方式调解他长兄和李贽之间的冲突。
在思想史上，长兄耿定向最易为历史学家所误解。他的朋友和论敌李贽，把他说成一个伪君子；而黄宗羲的《明儒学案》，也指出他思想上前后不符。然则很少有人能看到，这位哲学家同样是在竭力地探求一种既有形而上的根据，又能融合于日常生活的真理。他接受佛家和道家的哲理，认为至善至美属于虚无，但另一方面，却又认为任何信条如果不能在愚夫愚妇面前宣讲明白，则不成其为信条。经过多方考虑，他提出，人的理智有深有浅，有粗有细，有的集中，有的分散；在社会生活中，政治与农业不同，农业又与商业不同。基于这样的分析，他已经开始指出了伦理道德的理，应当与物理、地理的理有所区别，因此施政的标准也应当与哲学思想有所区别。这种理论，为当时持一元论的宇宙观者所不能接受。他和李贽的冲突也无可避免、因为两个人都准备把自己的理论体现于行动之中。于是李贽指斥耿定向为不诚实，言行不一；耿定向则指斥李贽以立异为标榜，立异的目的还是立异，所谓放浪形骸，无非是为了博取超凡脱俗的美名。
耿定理在1584年去世。同年耿定向被召回北京任左佥都御史。他在信里提出李贽迷误耿氏子弟，这种指责促使李贽迁居麻城。多年以后，他还认为这是耿定向有意识地给他以个人侮辱。
李贽好强喜辩，不肯在言辞上为人所屈，在做官的时候也经常与上司对抗。和耿定向闹翻之后，他更为重视自己的独立不羁。按本朝的习惯，退休的官员被称为“乡官”，也就是意味着他仍然具有官员的身分，要受地方官的节制。地方官可以邀请他协助处理有关的事务，也可以邀请他参与重要的典礼。这种权利和义务，在别人或许会引以为荣，而在李贽则是精神上的压力。他说：“弃官回家，即属本府本县公祖父母管矣。来而迎，去而送；出分金，摆酒席；出轴金，贺寿旦。一毫不谨，失其欢心，则祸患立至。”3梯发为僧，除了避免亲族的纠缠以外，摆脱这些牵制也是一个重要的因素。李贽虽然身入空门，却没有受戒，也不参加僧众的唪经祈祷。他喜爱清洁成为癖好，衣服一尘不染，经常扫地，以至“数人缚帚不给”。在很多方面，李贽保持着官僚学者的生活方式。例如，即使是短距离的外出，他仍然乘轿；对于书本不愿亲自阅读，而是让助手朗诵以省目力。
退休以后的十几年，李贽主要的工作是著述。他的著作大部分都在生前刊刻印行，芝佛院中有一间屋子专门堆放书板著作的内容非常广泛，包括儒家经典的阐释、历史资料的观察、文学作品的评论以及伦理哲学的发挥，形式则有论文、杂说、诗歌、书信等等。但是涉及面虽然广泛，却并不等于具有多方面的精深造诣。他写作的历史，对史实没有精确的考辨，也没有自成体系的征象。大段文章照史书抄录，所不同的只是按照自己的意见改换章节，编排次序，再加进若干评论。在接触小说的时候，他所着眼的不是作品的艺术价值和创作方法，也就是说，他不去注意作品的主题意义以及故事结构、人物描写、铺陈穿插等等技巧。他离开了文学创作的特点，而专门研究小说中的人物道德是否高尚，行事是否恰当，如同评论真人实事。再则，即使是阐述哲学理论，也往往只从片段下手，写成类似小品文，而缺乏有系统的推敲，作为结构谨严的长篇大论。惟其如此，当日的士人，对于“李氏《藏书》、《焚书》人挟一册，以为奇货”，就大多感到难于理解。
要正确认识此中关系，务需探求李贽的写作目的。他的各式各样的著作，无非异途同归，其着眼在把读书人的私人利益与公众的道德相融合。从这点出发，他的写作，有如使用各种乐器演奏同一支交响曲。公私冲突之中能否设法调和？如果他还没有做出恰当的答案，至少已经提出了这个问题。这是一个迫切的问题，对读书人来说，足以影响他们良心与理智的完整性。李贽自身的经历，使他对问题的认识更为深刻，表达更为有力。所以，他的著作仍能获得读者的欣赏。其中衷曲，在一封写给耿定向的信里发挥得淋漓尽致：“试观公之行事，殊无甚异于人者。人尽如此，我亦如此，公亦如此。
自朝至暮，自有知识以至今日，均以耕田而求食，买地而求种，架屋而求安，读书而求科第，居官而求尊显，博风水以求福荫子孙。种种日用，皆为自己身家计虑，无一厘为人谋者。及乎开口谈学，便说尔为自己，我为他人；尔为自私，我欲利他；我怜东家之饥矣，又思西家之寒难可忍也；某等肯上门教人矣，是孔孟之志也；某等不肯会人，是自私自利之徒也；某行虽不谨，而肯与人为善；某等行虽端谨，而好以佛法害人。以此而观，所讲者未必公之所行，所行者又公之所不讲，其与言顾行、行顾言何异乎？以是谓孔圣之训可乎？翻思此等，反不如市井小夫身履是事，口便说是事，作生意者便说生意，力田者便说力田，凿凿有味，真有德之言，令人听之忘厌倦怠。”李贽的难言之隐在于他强烈地抨击了这些人物以后，他还是不得不依赖这些被抨击者的接济而生活。他们的言行不一是一种普遍的社会现象，耿定向不过是比较显著的例子而已。李贽本人也没有与此绝缘，这就常常使他在对别人作了无情的指责以后，自己感到内疚而稍敛辞锋。只有当他被别人截击，已经无法退避，他的感情才如长江大河，一发而不可收拾。
在同辈的人物中，李贽虽然享有比别人更多的自由，但是他终究没有找到他最企盼的独立地位。这种困难和冲突迫使他继续写作，笔下内容仍然不能越出这一问题的范畴。这种情况，连同情他的袁中道也为之不解：既然由于对官僚政治不满而绝意仕进，那就理当息机忘世，以文墨自娱；可是写来写去，还总是和官僚政治有关，加之名望越来越大，“祸逐名起”。这就无怪乎招致杀身之祸了。
李贽和耿定向的争论，基于人性的善恶。这个问题所涉及的方面非常广泛，需要从中国哲学史中找出全面的解答。
问题可以追溯到公元前5世纪的春秋时代。孔子没有提到性善或者性恶。他学说中的核心是“仁”。“仁”可以为善，一个君子的生活目的就在合于“仁”的要求。
究竟是哪些成分构成了仁，孔子没有明确直接的答复。《论语》一书中，仁字凡六十六见，但从来没有两处的解释相同。一般来说，仁与慈爱、温和、恻隐、以天下为己任等等观念相通。然而在不同的场合，孔子又赋予仁以不同的概念：“己所不欲，勿施于人”的自我克制，言辞谨慎、按照礼仪行事，都可以算作仁或者接近于仁；出于环境的需要，一个人牺牲自己的生命，也叫做“杀身以成仁”。仁是最容易获得的品质，任何人有志于仁，就可以得到仁。但是仁也是最难保持的品质，即在圣贤，例如孔子自己，也难能始终不断地不违反仁。