这时张居正显示了他的宽容。他恳请对犯官免加体罚，改为流放到边远省份，受当地官吏的监视。这种雅量使万历极为感动，无端遭受别人的攻击，还要代这个人说情，可见他确实是不计个人恩怨，有古大臣之风。然而万历所不会理解的是，权倾朝野的张居正，他的作威作福已经达到了这样的程度：凡是他所不满的人，已经用不着他亲自出面而自有其他的内外官员对此人投井下石，以此来讨好首辅。果然，在几年之后，万历皇帝获悉当日免受杖刑的这位官员，竟在流放的地方死去，其死情极端可疑。
除了首揆以外，张居正又兼管万历的教育事务。小皇帝的五个主讲经史的老师、两个教书法的老师和一个侍读，都是他一手任命的。他还编订了讲章作为万历的教科书，有机会还亲自讲授。
本朝初年，皇帝创业伊始，励精图治，在早朝之外还有午朝和晚朝，规定政府各部有一百八十五种事件必须面奏皇帝。只是在第六代的正统皇帝登极时，由于他只有九岁，所以朝中才另作新规定，早朝以呈报八件事情为限，而且要求在前一天以书面的方式送达御前。此例一开，早朝即渐成具文。可是直到十五世纪末期，早朝这一仪式仍然很少间断，即使下雨下雪也还是要坚持不辍，仅仅是由于皇恩浩荡，准许官员可以在朝服上加披雨衣，1477年又下诏规定各官的张伞随从可以一并入宫。有时皇帝体恤老臣，准许年老的大臣免朝，但这又
慈圣皇太后对万历皇帝有极大的影响，因为除了她，没有第二个人再能给他以真正的天性之爱6。但是在万历登极以后，根据皇家的习俗，一种无形的距离就存在于太后和皇帝之间，使母子之间的天性交流变得极为不便。例如前此不久万历曾下令修葺装潢慈圣所居住的宫室，竣工之后，她的感谢不是用亲切的口吻加以表达，而是请学士写成一篇文章，赞赏皇帝的纯孝，在他下跪时逐句诵读。这篇文章，因为能对全国臣民起表率和感化的作用，所以就成为本朝的重要文献。有时，万历用宫内的傀儡戏来讨取太后的欢心，在她下轿之前，他也必须跪在庭前恭候慈驾。但是母爱毕竟是一种最深刻的感情，在多年之后，尽管万历皇帝临朝的机会越来越稀少，每当十一月慈圣的生辰，他却仍然亲临皇极门接受百官的庆贺。
礼部的调查毫无结果，于是只能回奏：当时众口相传，首先讹传者无法查明。为了使这些昏昏然的官员知所儆戒，皇帝把罚俸的范围由礼部、鸿胪寺扩大到了全部在京供职的官员。
一般人往往以为明代的宦官不过是宫中的普通贱役，干预政治只是由于后期皇帝的昏庸造成的反常现象，这是一种误解。诚然，有不少宦官出自贫家，因为生活困难或秉性无赖而自宫，进入内廷。但如果把所有的宦官统统看成无能之辈，不过以阿谀见宠，因宠弄权，则不符事实。从创业之君洪武皇帝开始，就让宦官参预政治，经常派遣他们作为自己的代表到外国诏谕其国王，派遣宦官到国内各地考察税收的事情也屡见不鲜。中叶以后，宦官作为皇帝的私人秘书已经是不可避免的趋势。皇帝每天需要阅读几十件奏章，这些奏章文字冗长，其中所谈的问题又总是使用儒家的传统观念和语言来加以表达，很不容易弄清其中问题的主次和它的真正含义，更不用说还夹杂了极多的专门名词和人名地名。所以皇帝必须委派五六名司礼监中的太监作为“秉笔太监”，由他们仔细研究各种题本奏本，向自己作扼要的口头汇报。秉笔太监阅读研究这些奏章需要付出很大的耐心和花费很多的时间，他们轮流值班，有时要看到夜半，才能第二天在御前对奏章的内容作出准确的解释。经过他们的解释，皇帝对大多数的奏章就只需抽看其中的重要段落、注意人名地名就足够了。皇帝阅读过的奏章，通常都要送到文渊阁由内阁大学士票拟批答。从道理上说，皇帝可以把大学士的票拟全部推翻而自拟批答。但这并不是常见的现象，因为这种做法表示了他对大学士的不信任，后者在众目睽睽之下会被迫辞职。按本朝的传统原则，为了保持政局的稳定，如果没有特殊事故，大学士决不轻易撤调，所以上述情况是必须尽量加以避免的。一个精明的皇帝能够做到让大学士的票拟永远体现自己的意图而不发生争执，这种微妙的关系又少不了秉笔太监的从中协调。