行省制改革，是彼得大帝对阿斯特拉罕和顿河农民起义、对日益扩大的巴什基尔骚乱、对劳动人民拒绝纳税的一种对策，是对付反抗强征建筑民工的一种对策。省级机构巩固了地方政权。
查理十二把自己的队伍从格罗德诺带向何方？是带往北方——里加、普斯科夫、彼得堡，还是带往西方——斯摩棱斯克、莫查伊斯克、莫斯科？关于这一点，1月里彼得及其将领都一无所知。而且连查理十二本人也不清楚，从萨克森出师格罗德诺，而最后决定进攻莫斯科的想法，只有过了一个半月之后才形成。由于缺乏有关查理十二战略计划的情报，彼得又面临新的困难，但不管敌方朝哪个方向进军，都应该随时准备着。
穆尔美兹庄园失利的“不光彩”之感没过多久就被人忘到九霄云外了——俄军在米塔瓦和鲍斯克的胜利早把这种自卑情绪淹没了。攻克米塔瓦之役特别使沙皇感到高兴；在这次战役中俄军缴获了大量战利品，其中大炮就约有二百门，正如他写的那样：“臼炮构造新式”“本地区十分重要”。彼得之所以如此重视攻占的米塔瓦，因为它是西去波兰的孔道。
每逢捧读彼得的信函时，使人不由自主地习惯于他那种要求收信人迅完成任务的雷厉风行的作风。他几乎在每一封信里都要求下级务必完成他的命令，不得有误。诸如“不得延宕”、“火完成”、“立即执行”等字样每封信里都可见到。有时，往往很难判断，“刻不容缓”“不得延宕”等是否包含着沙皇的真实意图。他本人倒是善于在一瞬间判断形势，抓住要害，迅作出决定，如果身边没有可以差遣的人，他就自己动手去完成。
留须权可以花钱购买，富商留胡须要付很大一笔钱，即每年一百卢布；领主和官员每年要付六十卢布，而其他居民——三十卢布。农民每次进出城要付一戈比。有一种专门制造的金属小牌，作为缴纳胡须税的收条。留胡子的人把小牌挂在脖子上：它的正面画着短鬓和胡须的标记，同时写着“须税付讫”的字样。只有僧侣可免纳胡须税。
随后便被监禁在普斯托泽尔斯克。受到株连的还有纳塔利娅的近亲——她的哥哥伊万·基里洛维奇，也被逐出了莫斯科。米洛斯拉夫斯基家族的人把持了政府里的要津。
进入十七世纪后半期，荷兰和英国爆了资产阶级革命，这两个国家已走上了资本主义展的道路。在西欧的另一些国家——法国、瑞典、丹麦，虽然还保留着封建制度，但农奴制早已废除。
俄国仍然受治于农奴制。居民的主体部分——农民，是地主、寺院和皇室的私有财产。用原始工具耕种的土地收成很低。同时农民还要把相当大一部分劳动所得上缴给那些僧俗封建主，以保障他们饱食终日的生活。一百个人中只有三个人住在城市里，这说明工商业是很落后的。农奴制扼杀了一千三百万人民的生产积极性，摧残了所有在国民经济体系中萌出来的新事物。总之一句话，它阻止了国家的进步展。
然而，新事物的展尽管迟缓，但却为自己开拓了前进的道路。这在经济领域里先表现在手工业和小商品生产的展上。某些地区与世隔绝的经济闭塞状况一去不复返了，出现了国家经济在一定程度上交流展的局面。俄国涌现出了第一批手工工场。
政治生活也在起变化。虽然行政机关的结构一如既往，但其中毕竟出现了一些有代表性的变革，即由君主立宪制国家转变为专制政体的国家。
象从前一样，领主杜马是最高机关。这种贵族政权机关的成员开始渐渐生变化——一些非名门出身却具有才干的官吏逐渐进入领主杜马，成为杜马贵族和杜马秘书，他们的升迁，完全取决于他们的聪明才智。领主杜马的杜马贵族和杜马秘书比重之加大，不仅是杜马官僚化的标志，而且是对沙皇政权的日趋依赖的标志。与此同时，领主杜马的作用也降低了。这两个过程说明君主专制政体向前迈进了一步。
整个十七世纪是政厅制度的鼎盛时期、在俄国就有近八十个政厅。但在这一百年期间，对中央机关来说，明显的特征是各机关之间缺乏明确分工。众所周知，机关工作迟滞，是由于缺少规章制度和没有关于各政厅的权限与义务的明确规定，致使连一件小事都要请示领主杜马或者沙皇本人。
十七世纪下半叶，对政厅的这些缺陷开始进行试验性改革。有时几个政厅的权限集于一人之手。沙皇阿列克谢·米哈伊洛维奇的岳父、领主米洛斯拉夫斯基就领导四个政厅的工作。改善政厅制度的另一途径是削减政厅的数目，合并若干重叠的机构。不过，这一措施的实际效果不大，到十七世纪末，国家尚保留四十个以上的政厅。当然，这些改革尝试还是有意义的，因为它多少也反用了纯专制政体的统治权集中的富有时代特征的过程。
政厅制度和领主杜马的变革是缓慢的，而且几乎是可有可无的。与此相反，建立世俗政权对宗教政权的优势这场尖锐斗争充满了戏剧性事件。尼康案件使世俗权力和宗教权力的角逐达到了白热化。
尼康，是个好弄权术的飞扬跋扈的人，1652年当了大主教。在沙皇阿列克谢·米哈伊洛维奇在世时他就大权独揽。他的权力不仅扩大到宗教界，而且侵入了世俗事务。他和沙皇共享“至尊”的称号。沙皇不在莫斯科的时候，尼康管理领主杜马，并独立处理军事和民政问题。尼康大主教把宗教的权力比作太阳，而沙皇政权——比作太阳反射下的黑夜里的星体。尼康的异端行为无论宗教界还是在有权势的领主中，都招来了物议。
沙皇和大主教之间日趋自热化的冲突最后以决裂而告终。尼康于1666年被射击军押送到费拉庞托夫修道院，在那里象个普通僧侣恬淡度日，了此余生。
彼得的正规军也不是凭空缔造的。武装力量的陈旧组织形式早在他的列祖列宗时代就得到了根本改造。那种在有军事行动时召之即来，一俟军事行动停止后即各奔他乡的地方部队的作用已大大降低了。常备武装力量射击部队参与战事的机会也大大减少。射击军先完成警察的职责，用来警卫沙皇宫邱，在圣驾出巡时保护沙皇及皇室成员，同时镇压市民的反抗。
在武装部队中，代替古老贵族非常后备军和特种常备军的所谓新编作战团队——雇佣骑兵团、龙骑兵团和步兵团，具有越来越重大的意义。这些团队的混合编制使人想到由彼得建立的未来的新兵体系。这种体制是通过吸收农民和一定数量的市民终身服役的方式建立起来的。
在新编作战团队里可以看出正规军的某些特点。武装力量组织所生的变化反映了国家制度的进化——向专制政体的过渡。正规军就是这种国家体制的代表。但这种新编部队的组建在十七世纪未能完成，因为国家没有达的工业，不能保证提供统一型号的武器、装备和服装。
最后尚未考虑建立海军。在莫斯科郊外德迪诺沃村的造船厂，按照1667年沙皇的上谕，只造了几艘海船，以保护俄国商人在里海的通商利益。停泊在阿斯特拉罕的装备尚未齐全的战舰“鹰”号，167o年拉辛起义军给焚毁了。
时代要求在文化领域进行改革。宗教的意识形态在市民生活的一切领域都保持着统治地位，但与此同时，后者也对世俗文化生了兴趣。受教育的市民和贵族阶层已经不满足于掌握神学知识，不满足于领听圣经英雄的丰功伟绩，而表现出对科学知识、对描写普通人生活的文学作品的渴望。在绘画方面，现实主义流派已初具雏形；在建筑学中，打开了通往世俗生活之路。在整个社会精神生活的各个方面，通常被称为“玷污文化”的现象已屡见不鲜，这就是说，世俗的意识在文化中已见端倪。
这样一来，彼得在社会的经济生活、社会生活、政治生活和文化生活方面综合地继承了带有创举性的思想文化遗产。人们一般把这种遗产叫作彼得进行改革的先决条件。
彼得是生活在现实世界的人，因此他一直思索着一个问题：如何冲到海上去，通过刚刚结束的科茹霍沃军事演习，他相信俄国军队训练有素，并且已具备占有沿海一带的能力。于是他决定先打开通向南部海域的道路。
1695年1月，开始准备远征。
冬季的几个月中，沙皇和亲信们讨论了远征计划。这个计划同俄国军队抗击克里米亚人的传统行动方案是有原则区别的。当时，军队集结在别尔戈罗德和塞夫斯克，并被庞大的辎重所累，一边忍受着鞑靼骑兵的不断骚扰所造成的损失，一边向南方运动，奔向克里米亚。等到和鞑靼主力部队遭遇时，俄国军队的实力在很大程度上已被削弱。军队沿着烧光的无水草原移动着，人无食粮，马无草料，疲惫不堪。军队攻占彼列科普应向半岛挺进，但却面临着被吃掉的危险。俄军领不顾冒着全军覆没的危险，只好丢盔弃甲，准备撤退但还师又遭重创。
克里米亚鞑靼的后台是当时的强国上耳其，它击败了地处欧洲东南部的邻国。俄国先修好于波兰和奥地利，旋即又同威尼斯结盟。从此，长期同土耳其处于战争状态，但它只限于自己向克里米亚进军。这些进军一方面牵制住了克里米亚人的力量，同时也为盟国反对土耳其的共同斗争作出了贡献，但最终结局却难以逆料。
在准备新的进军时，决定不去碰土耳其的附庸国——克里米亚鞑靼，而是直接打击土耳其人，进攻他们的要塞——亚。与俄军进军克里米亚的道路相比，通往亚的路具有极大的优越条件。在这里，军队能够在人烟稠密的土地上活动，而且毋需累赘的辎重，避免了令人疲劳的徒步跋涉，因为兵员和给养都可利用船只在顿河溯流而下。
军事顾问，很可能是戈登帮他想出了这个主意。显然，对沙皇来说，只是最后的表态——同意此项计划或者不予接受。彼得积极参与讨论并表示同意。
进攻方向是绝密的。为把土耳其人引人迷途，使他们猝不及防，于是佯称军队在老地方别尔戈罗德和塞夫斯克集结，实际上武装力量已屯兵莫斯科。一部分部队应该沿莫斯科河、奥卡河和伏尔加河从水路抵达察里津，而另一部分沿顿河前进。3月，大军踏上征途。
1695年5月末，俄军到达亚。军队一分为三，每一部分都有自己的指挥员——戈洛文、列福尔特和戈登。彼得在这次进军中，犹如在演习时一样，自己不充当指挥人员，只保留一个普通炮手彼得·米哈伊洛维奇的职务。
亚城曾为顿河哥萨克经过猛攻而夺占五年之久；1642年，土耳其人失而复得亚城。以后他们用去好长时间将该城一再加固。收口的要塞周围又砌上石头围墙，在它外围又加筑了土墙，土墙外又挖了带有木桩围墙的壕沟。而在距亚三俄里的顿河岸边，耸立着两座塔楼，在二者之间拉了三道铁链，切断船只从顿河通向大海的出口。
保守有关进军方向和战略秘密一事没有成功。土耳其人没等俄军开到就加强了要塞的防务。而在其被围困的时候，增援部队开到了亚——俄国当时没有海军，因此未能阻止住上耳其舰队的进逼。
然而，挫折并没有使彼得垂头丧气。按照他的诏令，军队继续挖掘壕沟，并一直挖到了城墙脚下。正如沙皇在第一次突击前夕所写的：“城内土地已用战神之犁耕耘，城里以及战壕内均已下种。刻正等待吉时到来。”
对“吉时”的期望这一次落空了。9月末起的一次突击，依然没有成功，而且遭受到很大损失。1o月初解围，一个多月以后俄军已撤口莫斯科。这次进军的唯一战利品是一个彼俘虏的上耳其人，军队通过莫斯科时，他一直走在前面示众。
这次远征，彼得既担任了攻打堡垒的第一炮手的职责，他又是所有战役的实际领导者，但他显得焦躁轻率——由于他固执己见，致使进攻前的准备工作草草完成。
前事不忘，后事之师。从前，彼得一直靠摆弄木制模型军和堡垒进行战争演习。担任围攻和防守的军队指挥官们，一到“战役”间隙就饮酒作乐。而现在，正在进行的是一场真枪实弹的战争，担的风险重，牺牲大，反抗激烈，敌人决不会轻饶。这就要求对任何失误做出清醒的分析。
彼得在这一点上未负众望：他绝无文过饰非之意。恰恰相反，殚精竭虑，想要找到失败的真正原固。彼得在致朋友的信中嘲讽地称次亚远征为“没有攻克亚的远征”，这就等于承认了这次败北暴露了很多缺点。而先是军队的工程装备太差。炮弹爆炸过后，坚实的围墙竟安然无恙，而炸死的却是自己人。必须改善军队的指挥系统——进攻信号尚未统一。军队的训练也有待提高。只有在游戏兵的基础上组建的普列奥勃拉任斯科耶团和谢苗诺夫团的训练具有现代要求的水平。最后一点，因为俄国人没有海军，所以未能封锁住要塞并切断敌方增援之路。
最容易做的当然是整顿好军队的指挥系统。彼得委任两个军事指挥官来代替权力相当的指挥官，其中每个人都各指挥一个兵种。6军交给大元帅阿列克谢·谢苗诺维奇·舍英，而为了指挥暂不存在的海军，彼得召回了自己的宠臣列福尔特。这两位既没有军事才能，也无战绩可言。领主舍英当时在宫内大走红运，但火药味从未闻过。而欧洲大6国家生人的瑞士人列福尔特，是个快活神仙，性好诙谐，最怕干操心费力的事儿。他到亚比所有的人都晚，而回莫斯科比任何人都早，这样他就没有接触海军的指挥。当时彼得身边没有其他军事长官。其实在这种情况下也无妨，因为他本人就是远征的实际领导者，而舍英和列福尔特只不过是唱唱配角而已。
1696年1月底，彼得安葬了哥哥伊万之后，2月去沃罗涅什造船厂，那里已开始实现真正伟大的计划一一在大6国家创建海军。这个果断的挑战行为在多年以后变成了现实。而目前要加建造平底和帆桨大船。从周围附近地方召来几千名木匠，建造了一千三百只平底木船。彼得也亲自手执利斧，参加劳动。
5月初，集结在沃罗涅什的军队和战船组成了二十六个舰队向南进。月底，军队已占领了亚城墙下的堑壕，并开始攻城。但要塞未能攻克，它的命运取决于海军。开始，哥萨克士兵乘小船进攻亚城墙边的卸了载的上耳其军舰，并将其歼灭。然后，俄国海军分舰队出现在亚海上。在旋泊场上停着装载四千名土耳其士兵、各种食品和装备的军舰，他们试图冲进亚，但未能成功。要塞已陷入重围，驻军接受了投降条件，俄军指挥官向他们提出的先决条件是，必须引渡投敌分子杨森，在去年的围攻中，土耳其人就是按照他的告密行事，致使偷袭一举成功。
在围攻、封锁和猛烈炮击要塞过程中，彼得始终是决策人。“第一炮手”在军舰上，在堑壕里，向城里射击，毫不畏惧地出现在敌人面前。御妹纳塔利娅·阿列克谢耶夫娜公主听到谣传，说皇兄走近敌方城堡，已进入敌军炮火射程之内。彼得在给她的回信中开玩笑他说，他并非迎着子弹走去，而是子弹向他飞了过来。
要塞几乎被夷为平地。重新修复要塞的工作进行得相当顺利。彼得对海军的力量满怀信心，他开始寻求合适的港口，最后选中了塔干罗格港。
派好留守亚的驻军之后，俄军于8月便挥师北上了。这时彼得又在琢磨另外一件事情——如何组织莫斯科人为胜利归来的军队祝捷。此举是彼得创，在写给俄籍荷兰人安德烈·维尼乌斯的一封信里，彼得曾暗示：“用凯旋门对统帅及两年来立下汗马功劳的诸君表示敬意。”彼得仔细推敲着祝捷仪式的全部细节，甚至指定了设立凯旋门的地点。
在得到报告说祝捷事宜可望在9月下半月准备就绪以后，沙皇就不急于赶回莫斯科。途中他曾在自己臣属的领地滞留了很长一段时间，视察了一些工厂。9月底，彼得到科洛缅斯科耶村。参加远征的军队将如期来到这里，并激情满怀地准备通过凯旋门。
这次空前壮举都居民都亲眼看到了。一种纯世俗的典礼代替了伴有祈祷和钟声的宗教仪式，骑兵和步兵的洪流，蜿蜒几公里，6军总司令舍英和海军上将列福尔特成了享受这种殊荣的主角。为了祝贺他们，在凯旋门前有人朗诵诗歌。在这个场面里，使莫斯科人最为惊奇的是，懒洋洋地歪坐在马车里的“教皇大公”尼基塔·佐托夫在为游行队伍开道，而沙皇却穿着黑色德国服装，头戴插着白羽毛的帽子走在海军上将列福尔特后边。他肩上扛着菱形长矛。
凯旋门是一座高达十米、仿效古希腊罗马文学和历史人物雕像和文字装饰而组成的宏大建筑物。这里可以看到大力神赫拉库利士、战神马尔斯以及描绘围攻亚的图画和题词。有的异常庄严，如：“我来了，看见了，战胜了。”；有的含有讽刺，针对那些不走运的上耳其人说的：“唉，我们失去了亚，唯有逃命才是活路”；或者“从前我们在草原上寻欢作乐，如今好不容易才从莫斯科逃脱”。
场面令人眼花缭乱，但久已习惯于另一种仪式的莫斯科人，看到这种排场却莫名其妙。沿街麋集的人群，默不作声地目送着一队队骑兵走过，他们眼神中流露出来的惊奇和警觉多于兴奋。没有人欢呼雀跃，也听不见高声祝贺，这要等到几年以后才能出现。
为胜利者祝捷的种种铺张活动对取得的胜利没有什么现实意义。但彼得却甘之如饴。随着亚的占领，俄国就开始走向海洋，但成为海上强国还相去甚远。争取黑海的出海口，争取海峡的使用权，尚需进行相当艰巨的征战。
似乎有这样一种不确切的说法，彼得对所有这些目标的实现早已有成竹在胸。而其实这个计划是一步一步形成的。此刻令彼得寝食不安的是，如何坚守占领区，如何击退土耳其的卷土重来的进犯。
彼得对海军力量还是信得过的。海军既能保证他征服亚，也一定能保证他守住亚，甚至能够朝更远的地区推进。沙皇在第二次亚远征后班师回莫斯科时，这个计划就已在他胸中酝酿成熟。他向领主杜马下达手谕，阐明占据亚和建设海军的思想。领主杜马决定，三千名射击军官兵连同家属进驻亚。关于海军只通过一项原则性决议。然而，国库空虚，拨不出建设海军的经费。有限的国家预算中拿不出这笔开支。于是便着手制订新的繁重的赋役制度。为了海军建设，建立了向僧俗两种土地所有者征收的“税收制”。果然不出所料，这些人又把新开支的重担转嫁到了农民头上。
同时，又增加了其它的徭役，动员劳动居民去修建塔于罗格海港，以便巩固亚和滨海一带的占领区。
新措施一个接一个。沙皇为建设海军布了一连串的新指令。海军需要熟悉业务的军官队伍，而造船厂又需要造船专家。这两种人材目前俄国都缺乏。于是彼得当机立断：派御前大臣出国学习海军。在列入名单的三十五名青年人中，二十二人领有公爵衔。1696年12月，沙皇心血来潮：派使节出国游说，以便组成一个欧洲列强的反土耳其联盟。除了外交任务以外，外交使团还完成其他多种使命，诸如雇用海员、船长、造船专家，购置大炮、枪支和仪器。派遣那些取得亲王封号的外交使团的准备工作迅展开使团定名为“大使团”。按照外交渠道同一些国家的政府交换信件，外交使团要假道这些国家并预定和这些国家进行会谈。此外还为购置贵重礼品拨了专款。为配备外交使团的人员，从档案馆调出有关欧洲列国外交事务的文件，制定了工作细则。其中有一条是沙皇为留学生制定的。彼得把学习计划事先规定为两期。第一期作为留学生用来攻读必修科目，掌握海军的基本知识，即航海技术和军事指挥能力。第二期主要用来攻读选修科目，掌握造船技术。
创建海军可以说是彼得的第二个独立行动，这个行动给国家生活打下了深深的烙印，它要求人民作出比对亚远征所付出的还要大的牺牲。对下民来说，这些牺牲过分沉重，对他们的要求过于苛刻。然而沙皇立志振国兴邦，对贵族出身的人也毫不姑息。对此后者也啧有烦言。那些留利克世系和格底敏世系的确袭贵族，从来在宫廷里过的是无忧无虑的生活，他们的官阶也是按部就班一级一级往上升，但是现在却被指派到完全陌生的边远地区去过旅居生活，到了那里，他们要下大劲干力气活，从此抛却鲜衣美食而要为一日三顿操心。
正在筹备“大使团”行装的紧张时刻，都生了两件事，这直接涉及到彼得和他的创举。
在莫斯科郊外安德烈耶夫修道院院长阿夫拉米长老的内室常有一小群人在那里聚谈。他们互通消息，议论朝政。这些年来莫斯科的生活当中很有些可资谈论的话题。人们看见沙皇正旁若无人大刀阔斧地组建军队，又见他醉心于造船业并经常出入德侨区。他们认为这种行为有失体统，与沙皇的地位身份不合。阿夫拉米认为，向沙皇禀报这些民间怨尤此其时矣。于是便生了阿夫拉米长老上书沙皇的事件。在奏折里，长老为沙皇的刚愎自用、为他纵情玩乐以及对母妻亲属和领主的忠谏拒而不纳表示忧虑。阿夫拉米请求沙皇单独召见他。
结果是阿夫拉米长老因此被关进普列奥勃拉任斯科耶政厅的监牢。审讯表明，在长老内室的议论只是口头说说而已，并没有造成危及政府的行动。因此那一小群议论朝政者被从轻落。
更严重的一次是1697年2月揭露出齐克列尔团长的阴谋。卷进这次阴谋的不少是一些地位显赫、系出名门的头面人物。齐克列尔是个沽名钩誉的外国人，早在1671年就开始在俄国供职，因此他已完全俄罗斯化了。1682年5月，他站在素菲娅和米洛斯拉夫斯基家族一边，积极参与了射击军的叛乱。在1689年的未遂宫廷政变中他反戈一击，站到了彼得一边。但齐克列尔职务的晋升不象这位钻营家所梦想的那么快。他是射击军团的团长，取得杜马贵族的官衔，然后他作为地方官被派往遥远的维尔霍图里耶。在调回莫斯科之后，齐克列尔得到了新的委任，又一次离开都，赶赴已被征服的亚，并去建设塔干罗格港。由此可见，彼得不信任齐克列尔，牢记他和米洛斯拉夫斯基家族的关系，老让他呆在边远地方。齐克列尔于是萌了殺君的念头。他想方设法在旧部射击军的士兵当中找一个执行者。“当皇上从使节政厅一出来，你们可暗中埋伏，然后把他杀死。”齐克列尔对射击军兵士说。
一些出身世袭贵族的同谋者共同参与了齐克列尔的策划，他是通过姻亲与这些贵胄结交的，贵族中间，同彼得对立的有侍臣阿列克谢·索科夫宁，领主马特维·普希金以及他们的亲戚。