在一次实验中，neRຂV本部的电力供应忽然中断，仅有的后备电力被用于维持magI系统。正当neRVຆ处于一片混乱时，第九使徒由海岸登6๔。第三新东京市内的真嗣、丽与明日香，听到警报后，努力寻找可到เneRV的通道。同时，元渡他们用自己的手为eVa的进作好了准备。三机射后，联合作战成功地击毁使徒。
第1้2话：奇迹的价值是（奇迹の价值は）
西元2๐o1้5年，一个ฐ巨大的人型生物在日本登6。出动的国联军，将那生物称作“使徒”，并予以猛烈地攻击，但就连最强的兵器“n
2地雷”，亦只是在短时间内减缓了使徒的步伐。与此同时，一个名为ฦ碇真嗣的少年接到阔别十年的父亲的信，被其父源堂呼唤至第三新า东京市地下的neRV本部ຖ。面对许久不见的儿子，碇司官所说的只是：“坐上eVa。”消极的少年拒绝接受命令，但当他见到一位身负重伤的少女即将乘๖坐初号机出击时，他改变了自己的决定。
第2话：陌生的天花板（见知らぬ、天井）
想你当年荷风微摆的衣角
雨打湿了眼眶年年倚井盼归堂
角色不同
一静一动如松
epIsode:๘18๖amBIVຆaທLencນe
三号机运到后，美里也前往松代指挥启动实验，但她没告诉真嗣有关东治的事。实验中ณ，三号机失控，原因是被第十三使徒寄生Vຆa三机出动拦截使徒，零号与二号机相继被击败。真嗣得知三号机内有驾驶员后拒绝执行任务。于是元渡命令打开初号机的模拟作战系统，将三号机撕成了碎片。当得知三号机驾驶员仍生存而稍得安慰的真嗣看到工作人员抬出了奄奄一息的东治时，他出了绝望的悲鸣。
本剧本开始后，就没有从东治的视角来描写，直至最后一个画面受伤的东治被抬出，没有一个他出现的场面。这样做的目的是为ฦ了与前一话对应。但虽然如此，观众仍然能ม感受到三号机中的东治以及他的不安感，这感觉贯穿着本话的始终。可以说，这是本话最成功的地方แ。
源堂开启模拟作战系统，即让初号机以暴走的状态去攻击，或者说，就是使用类似使徒的攻击方แ式。其残酷的一面，不仅使真嗣的心灵深受打击，也给观者带来很大的冲击感。
副标题amBIVaທLencນe的意思是“同时持有两种相互矛盾的思想的状态”。攻击使徒却又不能伤着人，大概ฐ就是这样的矛盾吧。
第1้9话：男人的战斗（男の战い）
epIsode:1้9InTRoJe
震怒的真嗣叫喊着要破坏neRV本部，源堂立即调高了LcL的浓度使真嗣窒息，这才收回初号机。被逮捕后的真嗣决意再也不乘坐eVa了。不久，第十四使徒袭来，二号机被破坏，零号机的特攻亦无效。在避难中ณ，真嗣在花园中遇到เ了加持。在加持的引导下，真嗣再次坐上初ม号机，对已侵犯至令所的使徒起了猛攻，但在几欲胜利ำ的瞬间，内部能源耗尽。就在真嗣又一次陷入绝望时，初号机再启动，以4oo%ื的同频๗率将使徒击倒，并且，像野兽一样吞食着使徒的尸体。
经过十七、十八话，这一话已将剧ຕ情提到了最高chao，令人有迫近最终回的感觉。初ม号机觉醒后的行动，使观者不寒而栗。
副标题InTRoJe是心理学用语，意思是“将别人的态度或思想内向投射”。
第2๐o话：心的容貌，人的容貌（心のかたち，人のかたち）
epIsode:2oeaທVIngaທsToRy2oraທ1stage
同频๗率4oo%的真象，是真嗣的肉体与初号机融合的结果。经调查，真嗣已溶解于LcL之中。于是，律子忙着布置营救真嗣的计划，但似乎在十年前就已有过类似的营救计划ฐ失败。经过了一个月的时间，驾驶舱被打开，流得满地的LcL中，只有真嗣的作战服。而正当美里抱着真嗣的衣服痛苦万分时，真嗣的身体又复原了。两ä天后，加持与美里在旅馆中密会，加持将装有“最后的礼物”的胶囊，交给了美里。
沿续着前一话的内容，由eVຆa中ณ真嗣的自我以及eVຆa以外的营救工ื作的两个ฐ方แ面同时进行。
最令人疑ທ惑的是当玛亚向律子问及为何如此了解营救计划的过程时，律子的回答是“以前亦曾进行过，但失败了”。
营救出真嗣后美里与加持的密会中，加持给美里的胶ด囊里亦隐藏着不少秘密。而从加持的态度来看，似乎ๆ也有什么เ大事要生。
本话对剧ຕ中ณ人物心理的描写起到了至关重要的作用。
副标题是“总集篇2：口唇期”。“口唇期”是心理学家弗洛伊德提出的理论，其意为“幼儿受乳时感到快感，所以会产生喜爱吮手指的反应”。
第21้话：neRV、诞生（ネルフ、诞生）
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seeLe绑架了冬月，力图从他那儿了解neRV的真实情况。面对质问，冬月回忆起许多往事。199๗9年任大学讲师时初次见到碇元渡、2ooo年的“第二次冲击”、人口进化研究所、以前的学生、后成为ฦ元渡妻子的碇唯之死、赤木尚子博士的死亡与neRຂV的诞生…不久，冬月被加持救出，但加持…
叙述neRV的一些往事的这一剧本，看似为观众解答有关neRຂV的问题，但实质上却是设下了更多的谜团。
在这一话中，真嗣的母亲碇唯与律子的母亲尚子有出场，而且大家也可以看到元渡及冬月他们年轻时的样子。至此，除了剩下的三个使徒，eVa的相关人物已经全部出场过了。碇元渡之所以靠近碇唯，据说是因为唯的才能ม以及她身后的神秘组织seeLe。此外，原先讨厌元渡的冬月后来为何究竟会为何成为ฦ元渡的得力助手呢……
副标题是“他被告知他仍是一个孩子”。在这一话的最后，面对听了加持电话留แ言而痛苦不已的美里，真嗣感到他自己“什么也做不了，什么เ也说不出，自己还只是个孩子”……
第2๐2话至少要象个人（せめて、人间らしく）
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天才少女明日香，从小就背负着有一个自杀的、精神失常的母亲的命运。随着近来明日香的同步值不断下降，她担心自己被强迫调离eVa驾驶岗位的日子也会随即而来。于是，第十五使徒出现时，她便不顾命令主动出去迎击使徒。但在受到使徒的精神攻击后，她的精神几欲崩溃，无法作战。最后，由丽驾驶零号机使用朗基努斯枪将位于卫星轨道上的使徒击溃。
副标题是“不需要存在”，这对明日香来说是十分残忍的，是她所无法克服的心的障碍。
这是第四部分，马上就要进入主ว题了，小白留下了一点为下一章做准备