首先，他派出大约150่0่名蓝衣社“特务”团成员，由他的侄子蒋孝先将军率领ๆ。这支部队组织良好，从秘密指挥部出发投入行动，蒋孝先开始逮捕所有共产党的嫌疑分子。蒋介石抛开所有其他目标，召集全体将领，在10่日召开参谋长会议，最后落实第六次“剿共”计划ฐ。蒋介石宣布，如果张学良拒绝执行命令，不参加“剿共”战役，他将被解除职务；他的部队也要被解除武装。
在蒋介石的授意下，蒋百里制订了个全国防御计划，准备把多山的湖南省作为备战的中心地区，而云南省府昆明将成为主要的空军基地。接着，蒋介石继续对共产党进行“围剿”。
阎锡山度似乎也要与冯玉祥同出国。蒋介石答应不触动冯玉祥的军队，并由中央向冯玉祥的军队发饷，而冯玉样本人还可得到เ20万美元的旅行费用。这些条件应该说是不错的。
有天，宋美龄让名警卫给蒋捎带个口信，这个不幸的家伙双脚立正，尊敬他说：“先生，达令让我告诉您”
尽管蒋此时登峰造极，但他曾有段时间在深受共产党影响的国民党“政府”中被撤消了所有的职务。这年还发生了引人注目的蒋介石辞职蒋下野以及他第三次结婚等事件。
蒋介石的立场是模棱两可的，而且使其同事们颇感困惑。
以后的三年是军事混战政治混战的岁月。蒋介石已任粤军要职，这支部ຖ队由陈炯明将军领导，在表面上效忠孙中山。
1้912年10月，孙中山离开北京，袁世凯立即颁令禁止国民党秘密结社ุ活动。孙中山本可以继续留在国内指导革命的航程，但是，这年冬天，他去了日本，考察铁路系统。
正文
山东军阀韩复榘由于不遵守委员长的命令，率领所部撤出山东，把山东让给了日本人。委员长下令逮捕他，送交法庭判决，并于1月24日将其处决。同月，还有另外九名军官被枪毙，三十名军官因有背叛嫌疑而被革职。
但是其他军阀却受到重用，在战争中扮演了重要角色，其中ณ包括阎锡山冯玉祥李宗仁和白崇禧，白崇禧还担任了总参谋长。特别是冯玉祥，他从韩复榘的死中捞到เ好处，把韩的侄女纳为妾——后来冯玉祥夫人把她从家里赶了出来。
南京陷落以后，蒋介石放弃了他所有的行政职务，他辞去行政院长之职，让孔祥熙继任。
从那时起，至少在段时间里，他曾决定集中精力进行些军事战役。
其中部分战役取得胜利。例如，在山东南边的八庄，日军在现代意义上的直接战争中受到第次沉重打击，损失42万人。在郑州会战中，国民党用炸药炸开黄河大堤，致使河水泛滥，几干名日军被淹死，洪水还吞没了日军许多大炮和其他装ณ备。
但很多无辜的百姓也在洪水中丧生——到底死了多少人已无从知道。蒋介石人为地制造的洪灾淹没11้个城市和4，000个村庄，共计两千万农民被迫离开家园。
正是诸如此类的事件使得千百万默默无闻的农民不断地远离国民党的统治，转而热烈地欢迎中国共产党。
虽然蒋介石已经辞去了日常行政职务，但他希望他的最高领导地位得到确认。193๑8年3月29日至4月2日，国民党在汉口召开临时全国代表大会，适时地授予他这种权力。他当选为党的领ๆ袖总裁é，对所有国民党的决定拥有最后裁决的权力。
他需要位副总裁，于是毫不犹豫地选中了他的对手汪精卫，汪很有才能，也很不可靠，但是，让其担任公职，接受领导比让其逍遥自在和密谋策划更为安全。
汉口时期直到1938年1้0月告段落，身临其境的外国观察员报道了这个国民党历史上最辉煌的阶段。面对死亡的危胁和强敌入侵的压力，在混乱中达到了致的和谐与统，些作家和记者以及有才能ม的专家来到这个临时作为首都的工业城市，为抗战尽他们的份力。国共两党携手工ื作，在内政和军事计划ฐ上进行合作。
蒋介石本人住在武昌，每天早晨乘๖渡船过河到汉口的政府办公室。
次对他本人住处的空袭炸死了他的十名警卫，迫使他放弃原来的消遣方法：在街上散步，也不管有没有灯光，身边有没有警卫，空袭时正在召开个不寻常的外国记者招待会，可能是某个记者把这个情况透露给了日本人，这使得蒋介石几个ฐ月里都不愿接待任何外国记者。
战争给中国带来了巨大的经济损失和混乱。
在此之前，尽管经受了不断的内战和自然灾害，中国经济仍然取得了些成果。
中国资本主ว义产生了繁荣的纺织和消费品工业，这些工业主要集中在上海和其它沿海城市。但是几乎ๆ不存在什么重工业，战争爆发时，钢的总产量每年不超过10่万吨。在战争开始之前，蒋介石召见他手下很著名很有能力的经济事务部ຖ部长翁文氵颖博士，让他制定出个把工厂和工业全面转移的计划。
翁文氵颖为人和蔼，工作卖力，而且非常廉洁，他在某个时候完成了这个计划，1้937年7月，日本发动进攻，大转移就开始了。
上海的企业家和商人行动缓慢，他们希望能保护自己的财产，只有1้4，000吨的设备能在上海陷落前转移。从现代化的上海机器厂和其他工厂运出来的机器被装上划艇，用树叶和树枝掩盖起来，然后运往长江上游。日本飞机出现，就马上用芦苇把船伪装好。在其他地方แ，设备的转移工作是迅速而有成效的。
在远离东部地区数千里的西部四川省，工厂和钢铁厂重新组装起来，些设备厂则隐蔽在山洞里，中小学和大学也向西部转移，到เ1939年秋，在大学注册的人达4万——比战前的最后学年多80่00多人。基本力量和设备的保存是个鼓舞人心的胜利。
1937年12月南京陷落以后，日本攻势暂停，他们希望蒋介石不久ื就能ม投降。
当他们发现蒋介石并无放弃抵抗的迹象时，就又发动了新的进攻。当日本人深入中国内地时，千百万中国老百姓在他们到达之ใ前拥挤在道路上，做迄今为ฦ止最大规模的迁移。澳门和苏州ะ在5月失守。6月，开封和安庆沦陷。
同时，在遥远的地方，日军决定试探性地进攻苏联远东军。1้938年12月7日，日本驻苏大使要求苏联军队撤出朝鲜及苏联和中ณ国的接界地区，宣称这个ฐ地区应归属“满州国”。在随后的军事冲突中，日军先是取得了胜利，接着又在8月11日被击退了。
对于蒋介石来说，从象征和心理意义上讲，最坏的新闻莫过于广州这个ฐ革命的城市不幸在10月2๐1日失守。在城市陷落之前，敌人无休止的轰炸使30่00人丧生。
四天以后。汉口这个临ภ时首都陷落了。在10月25日这天，蒋介石发表篇讲话，他说：“尽管敌人暂时占领了武汉，但他们耗费了十个月的时间，伤亡数万人。他们占领的只是片焦土和座空城从现在起，我们将全面开展抵抗运动。”
蒋介石曾想在岳阳建立临时指挥部，岳阳位于武昌和长沙之间，但是他发现这座城市大火冲天，用来制造焦土的火焰正在蔓延。他认为毁城为时过早，因此把两名高级军官送交法庭审判ศ，予以枪决原文如此——译者。
依靠微弱的空军，中国人面对日军不断的空袭几乎无能为力。但是，1938年2月24๒日，中ณ国空军在台湾的台北上空击落四架日机。5๓月20日，中国的大型单翼飞机向日本撒下很多传单，表明日本人没必要躲避中ณ国人的空袭，中国人并不象日本人那样肆意屠杀和平居民。
这年不仅对后退的中国人，而且对进攻的日本人来说也是艰苦的年，霍乱和疾病使日本人损失惨重。
但是，在1938年底，日本就宣布他们占领了有17亿人口的150่万平方แ公里的中国土地。
日本还令人难以置信地宣布，作为死亡5万日军的代价，80万中国人在战争中被打死。此后，日本停止了大的攻势。第二年，日本也没有进步的大规模的军事行动。在这种形势出现后不久，国民党政府在重庆安顿下来。他们的军队现在和海上断绝了联系，除了苏联的援助物资取道陆路从中ณ亚和缅甸公路运进之外，他们完全处于战略上的孤立状态。
对于蒋介石的“大撤退”，日本军事战略作家末至磨在他七十年代的著作日本的血腥战争中有这样的描写：
尽管中国军队由á于武器落后缺少训练而遭受重大损失，他们仍然拥有七百万线作战力量，不断马蚤扰日军，使他们疲惫不堪。
实际上，使日军很头疼的是中ณ国军队“以撤退代替进攻”的战略。虽然存在着区域性的战斗和小规模冲突，但是般说来，中国军队是以撤退而不是进攻来达到เ他们的战略目的。
中国领ๆ土“广阔而纵深”，中国军队行动迅速。
疲乏的日军迫不上他们，特别是在供应线经常被切断之后。
正因为如此，中国军队的主ว力直没有遭受决定性的打击。日军几乎是顺利地占领了城市据点和铁路但他们要照ั顾如此之大的地盘，这无疑ທ是种失败。
从中国军队的角度来讲，这当然并不是种胜利；但从另方面讲，也不是个ฐ失败。中国人使战争向内地发展，从而在那里展开决战。
日本军队的传统战略๓是突破敌人的前线，把敌人劈成两半，进行迂回包抄和各个击破。但是这种战略对中国军队是没有用处的，因为在日军突破之前，他们就会转移到另外个阵地。从技术上讲，中国军人很有灵活性。
那时，有人建议日军应该缩小战区，主ว要驻守华北南京和上海。
但中国军队遵守“撤退代替进攻”的原则；旦日军撤退，他们就进行追击结果，在这个ฐ有广阔土地的国家，场战略对峙持续了四年半。
当太平洋战争爆发时，包括死于战时疾病的人，日军人员损失已达115万人。
这份日本人的叙述有助于纠正这时侵华日军的声明，虽然作者错误地估计蒋介石想在内地进行“决战”。
这年年底，日本人又进行进步的“和平”试探，这次是由首相近卫在12月22日发表公开讲话。他声称：中国正在为“新生”
作准备，它现在可以加入新的东亚经济秩序。
这月初，早已和日本人有秘密接触的汪精卫企图说服蒋介石接受日本的条件。他做过两次努力，次是在12月9๗日国民党中ณ央政务会的次会议上，另次看来是16日他和蒋介石之间的次情绪激动的私人会谈。
汪精卫的个ฐ同伙陈公博后来披露，汪精卫曾两次很信任地对他谈了自己้的想法，时间是19๗38年11月月初和月底。
在第次谈话中，汪精卫告诉他：和日本人媾和的机会正在丧失。从谈话的内容中可以清楚地看出蒋介石对此无所知。汪还补充说，旦时机成熟，他将离开重庆。
第二次，汪精卫通过份电报要求陈公博从重庆到达成都，他告诉陈：中日之ใ间和平的时机已经成熟。日本首相公布了下列原则ท：
1承认“满洲国”。
2๐在内蒙古签订双边反共产国际协定。
3在华北进行经济合作。
4废除外国特权和领ๆ事裁判权。