因此，对研究者来说，不能只看到เ一些明文的记载，而应该透过资料，彻底考查事实的真相。
在他的母亲慈圣皇太后去世以后，礼部立即郑重制定了丧仪，宣布全国居丧二十七日，臣民全部服丧，帽子上缠以白布。全部ຖ京官一律披麻带孝，不许穿着朝靴而代之以草鞋，摘去纱帽的两翅而代之ใ以两条下垂至肩的白布。大小寺院鸣钟三万响，昼夜不息。三日之内，四品以上的官员及其夫人分批整队前去慈宁宫举行礼ึ仪上的号哭，号哭十五次，全部人员的动作协调，一哭皆哭，一止皆止，有如交响曲。
这些捕风捉影的故事在当日不仅口耳相传，而且刊诸枣梨，印成书籍。关于王氏和万历相遇时的年龄问题，在四个多世纪以后定陵的发掘中才得到เ澄清，因为墓志上清楚地记载着她的出生年月，据此，她和万历相遇的那ว一年刚刚十六岁，万历则是十八岁。
为什么万历在这个问题上没有采取更为强硬的立场，例如坚决地公开宣布他的主张，而且一口咬定立储大计属于他的权力范围，不容旁人置喙，而且进一步以意图不能实现即自动退位作为威胁，这都已๐经无法找到答案了。也许有一条理由可以作为解释，即本朝不是以法律治理天下臣民，而是以“四书”中ณ的伦理作为主宰。皇帝和全国臣民都懂得父亲对儿子不能偏爱，哥哥对弟弟负有教导及爱护的义务，男人不能ม因为ฦ宠爱女人而改变长幼之序。正因为这些原则为天下人所普遍承认，我们的帝国才在精神上有一套共同的纲领，才可以上下一心，臻于长治久安。如果仅仅凭法律的条文作为治国的依据，则ท我们立国的根本就成了问题，一千多个县很难以父母官的身分领ๆ导他治下成千成万的庶民。所以，万历要弃长立幼的企图，纵使在法律上有可以左ุ右迁就之ใ处，但在坚持传统观念的臣僚心目之ใ中，却早已不直于纲常伦理。臣僚们从来没有听说法律的施ๅ用可以与圣贤的教导相违，即使是皇帝也不得不承认这一点。在这样强大的道德和舆论的压力之下，他在公开场合不得不发表违心之论，否认他有弃长立幼的企图。
万历皇帝ຓ开始并没有体会事情的严重性。他降旨勒令这个给事中ณ降级调往外省，并命令申时行照常供职。申时行准备遵旨回到内阁，然而文官们的情绪已๐经如火如荼，不可遏止，一个接着一个ฐ递上了参劾申时行的本章。很明显，申时行无法抵御这些道德上的控诉，他的威信已经扫地以尽，再也无法取得同僚的信任。这种局势一经明朗，他除了辞职以外，别ี无他途可供选择。在这种情况下，皇帝的慰留也无济于事。要是再恋栈不去，他就必然成为ฦ张居正第二。
本朝的制度，应当说是不能听任这种党争发展的。我们的司法制度极为简单，缺乏判决争端的根据。即使是技术上的问题送交御前请求决定，也要翻译成为道德问题，以至善或极恶的名义作出断语。在这种具体情况下，只有使全部文官按照“四书”的教导，以忠厚之道待人接物，约束自己้的私心，尊重别人的利益，大事化小，小事化无，朝廷才能上下一心，和衷共济。要是官员们口诵经典中的词句，称自己为君子，别人为ฦ小人，在道德的掩盖下夺利ำ争权，这就是把原则整个颠倒了。这种做法会导致文官集团的涣散，进而导致我们的帝国
在御宇四十八年之后，万历皇帝平静地离开了人间。他被安葬在他亲自参与设计的定陵里，安放在孝端皇后和孝靖皇后即恭妃王氏的棺椁之间。他所宠爱的贵妃郑氏比他多活了十年。由于她被认定是国家的妖孽，她得不到任何人的同情。这十年，她住在紫ใ禁城里一座寂寞的冷宫中，和她的爱子福王永远睽离。福王本人也是一个祸患，据说万历生前赐给他的庄田à共达四百万亩。由á于成为众人怨望之ใ所集，也没有人敢为他作任何辩解，说这个数字已经被极度地夸大，而且大部田土已๐折银，每年未逾二万两2๐。
管理我们这样一个大帝国，在许多问题上一定是要生罅隙的。张居正以整饬纪律自居，而实际上他是强迫要求各人保证不生罅隙。申时行用恕道待人，又鼓励诚信，就是期望各人自动地各尽其能地补救罅隙。申时行的立论并非没有理由á，但是从他四年内在文渊阁执政的纪录上看，其成功的希望至为微小。
高启愚出身翰林院，曾任南京和北京的国子监祭酒，相当于国立大学校长。由于申时行的推荐，他以礼ึ部右侍郎的身份充任皇帝的经筵讲官。按照过去成例，他之被任为大学士已是指日间事。和申时行一样，他还很可能为来日之首辅。只是高启愚命运乖违，正在官运亨通之际，忽然被人检举。几年之前他主ว持应天府乡试所出试题“舜亦以命禹”，这时被认为宣扬禅让，即是恭维张居正有神禹疏凿之功；在有德者则君临天下的前提内，这也就是向张劝进。这一攻击既阴险又毒辣，因为它正中了皇帝心理上的要害。攻击者预料，高启愚为ฦ申时行提拔，在这严重罪状面前，申ã必然要出面为高辩护，于是就可以顺水推舟地搞垮申时行。
有些县份的税粮比较高，这就更不可能如数进入仓库。在一般情况下，收税达到一定的税额，例如某县已征收了税额的百分之六十，则再催征其余的百分之ใ四十极端困难。即使富裕ษ的地主也会仿效贫穷的自耕农拒不纳粮。他们根据多年经验，知道一个县官无法长期和成百成千以拖拉方式拒不纳粮的户主抗衡。旧税未清常常是新า税之累，所以官方แ只好用种种名义把未收的部ຖ分减免，其后果就等于鼓励拖欠而拒不纳税。县官对欠税的户主没有别的办法，只能拘押一些人在官衙前拷打，以为其他欠税者戒。然而这些欠税人也另有对付的办法，他们可以贿赂衙役，雇佣一批乞丐代他们挨打，称为“倩人代杖”。南直隶苏州府向称鱼米之乡，就是这样一个典型的地区。申ã时行生长于苏州吴县，对这些情况已司空见惯。张居正自然也深知此中积弊，所以他给别人的一封信说苏州以赖粮著名，“其乡人最无赖”，此地可称“鬼国”。
这种看法不无事实上的根据。有些文官熟读诗书，深知百世流芳之ใ说，他们可以找到เ一个题目，宁可在御前犯不敬之罪，今日受刑，明日名扬史册。这样的做法，说明了忠臣烈士的名誉，确乎是一种高贵的商品。否则，何以有许多人愿意付出这样昂贵的代价，放弃经过千辛万苦挣来的进士出身，继之ใ以血肉甚至生命去追求?
因为他们都是读书明理之人，他们也具有无背于圣贤之ใ道的幽默感。这种爱好幽默的情趣，尤其在他们谈论揶揄鸿胪寺礼官时表现无遗。他们所谓“元哭王唱，姜辣李苦”，对于这几位赞礼官古怪的声调作了很准确的描写。虽然在行礼时候，他们个个一本正经，散班之后却总是有很多令人捧腹的故事在他们中间流传，譬如说礼官自己้忘了转弯，唱转而不转，武臣不等赞礼ึ官唱跪而先行下跪等等。
这自然会使申时行感到เ伤心。他曾写信给朋友诉苦，说他处于无可奈何的境地。他还写诗责备自己的无能：“王师未奏康居捷，农扈谁占大有年?衮职自惭无寸补，惟应投老赋归田à!”意思说军队没有打胜仗，农民没有享丰年之ใ福，可见他自己้位居高官，对国事毫无贡献，自应退休，返里归乡。然则申时行并不真是一个容易灰心的人。在发完牢骚之后，他仍然抖擞精神，继续执行他首辅的职责，摊开奏本，用楷书端端正正地写上，请求陛下以社稷为重，保养玉体，但是经筵决不可长期停止，太祖洪武皇帝，经筵讲到七十岁仍然坚持不息。他同时又和朋友通信，指出局势艰难，“上下否鬲，中外睽携，自古国家未有如此而能久安长治者”。
6๔《酌中志》卷16๔页112；《神宗实录》页ษ95～96、29๗00่、4948。
在上述两个ฐ因素之外，高拱遗著的出现，在彻底解决张居正问题中起了重要的作用。高拱生前，曾经暗中ณ和李伟结纳，希望通过李伟向皇室婉转陈辞，说明加在他身上的罪状属于“莫须有”，全系张、冯两人所构陷。当时李伟自身难保，高拱这一愿望因此无由á实现。现在张居正已经死后倒台，但皇帝还没有下绝情辣手，这时高拱的遗著《病榻遗言》就及时地刊刻๑问世。书中历数张、冯的罪恶而为ฦ自己洗刷，主要有两大问题。
当时的一幅版画表明，在十六世纪晚期的明代中国，罗曼蒂克的爱情越来越流行。据说，淑嫔郑氏和万历具有共同的读书兴趣，同时又能给万历以无微不至的照顾。这种精神上的一致，使这个年轻女人成了皇帝ຓ身边一个ฐ不可缺少的人物。可以说，她是在最适当的时机来到了他的生活里，填补了他精神上的缺陷。凭着机智和聪明，她很快就理解了命运为她所作的安排，因而抓住现实，发挥了最大的能ม动性，从而达到自己้预期的目的。她看透了他虽然贵为ฦ天子，富有四海，但在实质上却既ຂ柔且弱，也没有人给他同情和保障。即使是他的母亲
大婚之后，年轻的皇帝ຓ脱离了太后的日夜监视。不久，他就发觉大婚这件事，在给予他以无聊的同时，也带给了他打破这单调和空虚的绝好机会。他完全可能获得一种比较有趣的生活。事情是这样开始的。有一个名叫孙海的宦官，引导皇帝ຓ在皇城的别ี墅“西内”举行了一次极尽欢乐的夜宴。这里有湖泊、石桥、宝塔，风景宜人，喇嘛寺旁所蓄养的上千只白鹤点缀其间，使得在圣贤经传的教条之中ณ和太后的严格管教之ใ下长大的皇帝恍如置身于蓬莱仙境。新的生活天地既经打开，万历皇帝更加厌倦紫禁城里的日月。在西内的夜游成了他生活中不可或缺的部分。他身穿紧袖衣衫，腰悬宝刀，在群阉的簇拥之下，经常带着酒意在园中横冲直闯。1580年，万历已经十七岁，在一次夜宴上，他兴高采烈地传旨ຈ要两个宫女歌唱新า曲。宫女奏称不会，皇帝立即龙颜大怒，说她们违抗圣旨，理应斩首。结果是截去了这两名宫女的长发以象征斩首。当时还有随从人员对皇帝的行动作了劝谏，此人也被拖出来责打一顿。全部ຖ经过有如一场闹剧。
&ุnbຘsp1578๖年皇帝的大婚，并不是什么震撼人心的重大事件。当时皇帝ຓ年仅十四，皇后年仅十三。皇后王氏是平民的女儿，万历和她结婚，完全是依从母后慈圣的愿望。她望孙心切，而且是越早ຉ越好，越多越好。皇后一经册立，皇帝再册立其他妃嫔即为ฦ合法，她们都可以为皇帝生儿育女。
这时张居正显示ิ了他的宽容。他恳请对犯官免加体罚，改为流放到边远省份，受当地官吏的监视。这种雅量使万历极为ฦ感动，无端遭受别ี人的攻击，还要代这个人说情，可见他确实是不计个人恩怨，有古大臣之ใ风。然而万历所不会理解的是，权倾朝野的张居正，他的作威作福已经达到了这样的程度：凡是他所不满的人，已๐经用不着他亲自出面而自有其他的内外官员对此人投井下石，以此来讨好首辅。果然，在几年之后，万历皇帝ຓ获悉当日免受杖刑的这位官员，竟在流放的地方死去，其死情极端可疑。
在这样严å厉的督导之下，万历的学习不断取得进步。他被教导说，做皇帝的最为重要的任务是敬天法祖，也就是敬重天道，效法祖宗。这种谆谆的教导在万历但即使是这些例行的批语，不到十岁的万历皇帝恐怕还是无法理解它的全部含义的。例如“知道了”，实际的意义是对本章内的建议并未接受，但也不必对建议者给予斥责。这些深微奥妙之处也只有随着他年龄的增长而逐渐加深理解。
指斥申时行有意让皇帝拖延立储的说法是毫无根据的。官方记录所载，还在常洵刚刚出生的时候，他就曾呈请皇帝早立常洛为太子。在问题刚ธ刚露头的时候就以明确的方式提了出来，见微而知著，不可以不谓为远见卓识。立储问题会成为ฦ万历朝中的一大难关，申时行在受命册封郑氏为皇贵妃的时候可能就有所预感。他当时位居文臣之首，这隆重的册封仪式自然需要他的参加和领导。他和定国公徐文壁在御前接受了象征权力的“节”，在礼ึ官乐师的簇拥之中ณ向右顺门进发。主管的宦官在门口恭迎。他们两人以庄严稳重的态度把“节”、金印以及制册交付给宦官，然后再由宦官捧入宫中ณ授与贵妃本人。这一套安排等于宣告于全国臣民，封妃的典礼ึ既由朝廷中最高的文武官员主持，则ท被封的郑氏已非仅闺房之宠幸而实为ฦ国家机构中的一个ฐ正式成员。连带而及的则是皇贵妃的地位仅次于皇后而在其他妃嫔之上，那ว么来日她的儿子常询可能继承皇位，就不能说是全在廷臣预闻之外了。但是万历皇帝却坚决地否认这种关系。他说册妃与立储是两不相干的事。申时行在册妃之日，曾奉万历之命，作诗歌咏其事。诗中有云：“汉殿俱矜宠，秦台早得仙，今朝铱李赋，参和《小星》篇。他深感天子虽为ฦ天子，仍不免有闺房儿女之情，因之万历提及他和郑贵妃的关系详附录二，申先生不置一辞。他还理解，皇帝仍然是一个有血有肉的“人”，也有他理智和感情的交战。关于立储一事，申ã时行自始至终主张忍耐，等待万历改变主ว意，他的皇上兼学生不是一个没有理智的人，假以时比他自己必然会对这问题找到合理的解决，而施加压力则ท于事无补。
日后事态的发展证明首辅的估计并不正确。时间并没有成为有利因素。他在文渊阁八年半的任期中，接触过各种复杂的人和事。他的“大事化小，小事化了”的办事方针，并不能永远做到弥患补阙，相反，有时造成的严重后果，竟会大大超出他的始料é所及。
申时行在1583年担任首辅。开头的两年，他的前任张居正一案得到解决。这个ฐ问题一天不弄得水落石出，万历和他的老师就一天不知道彼此的真正意图。到了1585年，这一大案件才被彻底了结。于是此后有好几个月太平无事。到了158๖6年初，常洵出生，郑氏被册为皇贵妃，立储的争执已๐经肇始。但就在这前后，万历已经发现他想做的事情统统不能做到，于是他想励精图治的念头就一天天减退。随之而来的是臣下的奏疏中ณ指斥他荒怠的字眼也越来越无忌讳。有一本奏折上说，如果皇帝ຓ不接受他的意见，天下臣民必将视之ใ为无道，而列祖列ต宗也必将痛哭于九泉。皇帝刚刚批示ิ说此人语无伦次，应当降级外调，另一个人跟着奏上一本，内称皇上的朱批不甚合适，那位进谏的人乃是忠臣，不但不应降级，而且应当表扬奖励，以表现虚怀纳谏的人君风度。这种“上下否隔”的情形既ຂ已开端，至1้587年就更加恶化。
申时行是一个敏感的人，他具有窥测旁人心情的能力。他办事的原则ท基于对本朝政治制度的深刻๑了解。在这种特殊的制ๆ度之下，人君和人臣务必互相迁就互相让步。倘不如是，一方面坚持大义แ所在，丝毫不放松，则ท只有逼使对方แ采取消极态度。臣僚可以请求辞职，首先由个人“乞骸骨”而延及集体，如果被革职，反倒被视为荣誉；皇帝ຓ不能让位推贤，他所能ม采取的方式是怠工，即不出面主ว持礼仪，不见群臣。1587年，当首辅申时行还只是顾ุ虑到有这种可能ม性时，万历的朝廷已经朝这个方向迈进了。
在这一年还未到เ岁暮之际，皇帝所使用监视内外的秘密警察遭到了攻击。东厂直属于司礼监，下辖锦衣卫，其秘密情报为皇帝处理政务所不可或缺。情报的内容非常广泛，包括市场上重要商品的价格、各个城门的进出人员和交通工具、北京市内火灾的情形等等，其中又万不可少的一部ຖ分，乃是从各处窃听得来的谈话。这种情报机关在本朝已有两百年的历史，早已成了政治体系中ณ之一环。凭心而论，在本朝历史上，万历皇帝ຓ不能ม算是过分地运用厂卫钳制臣僚的君主。然则对百官来说，特务机构总是无形的枷锁；政治上的迫害先不说，即使“家中米盐猥事，宫中或传为ฦ笑谑”，也大大地损害了他们的自尊心。他们早想动手制裁厂卫而苦于没有找到恰当的机会。其后冲突的导火线出人意外。北京城在本朝为大兴、宛平两县所辑。是年任职的大兴县县令，因为ฦ一件小事责打了大常寺供奉祭把的乐舞生，而乐舞生有其不可侵犯的地方，责打他们，也就是蔑视祭祀大典。因之这个ฐ大兴县令被发交三法司审问。所谓三法司，即刑部、都察院和大理寺三个ฐ官署混合组成的法庭，通常只受理复审。这次所以破例，是由于太常寺提出了冒犯宗庙的重大罪状。文官们虽然觉得这罪状近于小题大做，但如果经过三法司这一机构审问，事情可以早日了结。
事情又牵涉到了东厂。东厂下设镇抚司，凡属触犯皇帝的案件和牵涉到官员们的刑事案件，这个镇抚司同样具有讯问以至拷打之权。当得知三法司已๐经受理大兴县令这一案，他们表示不再争执审讯权，只要求派出两名锦衣卫校尉出席旁听，以便把经过情况向皇帝报告。
刑é部尚书李世达认为ฦ这一案件属于文官内部的纠纷，用不着东厂锦衣卫的干预。但是东厂提出要派两个校尉参加旁听，他又没有严å辞拒绝，而只是托辞推倭，说什么人犯未齐，尚未审问。及至开庭审问之日，这两ä个校尉则ท给维持秩序的文官所阻挡，不得入内参与旁้听。
如是情状据实报告到เ皇帝跟前，致使龙颜大怒。万历对于太常寺和大兴县的冲突并无兴趣，他所以震怒，乃是文官们拒绝校尉旁听，明明是故意和他过不去，因之已不能对此表示沉默。于是他一面让宦官口传圣旨向文渊阁提出质问，一面声称他要把这一案件移交东厂镇抚司审问。这时，首辅申时行又以和事佬的身分出现，劝说李世达向皇帝赔礼道歉。李世达照此办理，皇帝ຓ因而得以保全面子，取得了精神胜利。可惜的是这精神上的胜科维持的时间未免过短，几个月之后，文臣们又找到了管理东厂宦官张鲸的差ๆ错，群起而攻之ใ。