万历登极之初，就以他高贵的仪表给了臣僚们深刻的印象。他的声音发自丹田à，深沉有力，并有余音袅袅。从各种迹象看来，他确实是一个早熟的君主ว。他自己说过他在五岁时就能够读书，按中国旧时的计算方法，那时他的实足年龄仅在三岁至四岁之ใ间。尽管如此，在他御宇之初，由于年龄太小，临朝时还需要在衣袖里抽出一张别人事先为他书写好的纸片，边看边答复各个官员的呈奏请示。他自然不能完全明白纸片上所写答语的含义แ，而只是一个尚未成年的儿童在简单地履行皇帝的职责。
他既为皇帝ຓ，在他的世界里没有人和他平等。在两位皇太后之外，他所需要尊敬的人只有两个：一个是张居正张先生，另一个是“大伴”冯保。这种观念，不消说是皇太后那里。张、冯两人结合在一起，对今后的政治形势产生了相当深远的影响。这一点，自然也不是当时不满十岁的万历皇帝所能理解的。
张居正似乎ๆ永远是智慧的象征。他眉目轩朗，长须，而且注意修饰，袍服每天都像崭新的一样折痕分明。他的心智也完全和仪表相一致。他不开口则已，一开口就能揭出事情的要害，言辞简短准确，使人无可置疑ທ，颇็合于中国古语所谓“夫人不言，言必有中ณ”。
万历和他的两位母亲对张居正有特殊的尊重，并称之为ฦ“元辅张先生”，其原因说来话长。在隆庆皇帝去世的时候，高拱是当时的“首揆”，即首席内阁大学士。高拱自以为是先皇的元老重臣，不把新า皇帝放在眼里。新皇帝ຓ有事派人询问高拱的意见，他竟敢肆无忌惮地对使者说：“你自称奉了圣旨，我说这是一个不满十岁的小孩的话。你难道能ม让我相信他真能管理天下大事吗?”在他的眼里，天子不过是小孩子，太后不过是妇道人家，这种狂妄跋扈是和人臣的身分决不能相容的。幸而上天保祐，还有忠臣张居正在，他立即献上奇计，建议采取断ษ然措施解决高拱。157๕2年夏，有一天百官奉召在宫门前集合。一个宦官手执黄纸文书，这是两位太后的懿旨，也是新皇帝的圣旨。黄纸文书一经宣读完毕，跪在前列的高拱不禁神色大变。他已๐经被褫去官衔职位，并被勒令即日出京，遣返原籍。按照ั惯例，他从此就在原籍地方官的监视之ใ下，终身不得离境。张居正在艰危之际保障了皇室的安全，建立了如此的殊勋，其取高拱而代之自属理所当然。
除了首揆以外，张居正又兼管万历的教育事务。小皇帝的五个ฐ主讲经史的老师、两个ฐ教书法的老师和一个侍读，都是他一手任命的。他还编订了讲章作为ฦ万历的教科书，有机会还亲自讲授。
万历皇帝学习的地方是文华殿。1572年秋天以后，他每天的功课有三项内容：经书、书法、历史。学习完经书以后，授课老师可以到休息室小憩，但皇帝本人却并不能那么เ清闲。这时候就出现了大伴冯保和其他宦官，他们把当天臣僚上奏的本章进呈御览。这些本章已经由各位大学士看过，用墨笔作了“票拟”。在冯保和其他宦官的协助下，皇帝用朱笔作出批示。
中午功课完毕，小皇帝ຓ在文华殿进午餐。下半天的大部分时间都可以自由支配，不过他仍然被嘱咐要复习功课，练习书法，默记经史。小皇帝对这种嘱咐丝毫不敢忽视，因为第二天必须背诵今天为他所讲授的经书和历史。如果准备充分，背书如银瓶泻水，张先生就会颂扬天子的圣明；但如果背得结结巴๒巴或者读出别字，张先生也立即会拿出严师的身分加以质问，使他无地自容。
在157๕8๖年大婚之ใ前，万历和慈圣太后同住在乾清宫。太后对皇帝能否克尽厥职和勤奋学习均极为关怀，皇帝ຓ的其他行动也经常得到เ她的指导。至于冯保，当万历还是皇子的时候就是他的伴侣，提携捧抱，兢兢业业地细心照ั护，所以后来才被称为“大伴”。到เ这时候，冯保已经擢升为司礼监太监，也就是宫内职位最高的宦官。他经常向慈圣太后报告宫内外、包括皇帝本人的各种情况，慈圣因此而能ม耳目灵通，万历却因此而渐生畏惧。慈圣太后教子极为ฦ严格，如果大伴作出对皇帝不利的报告，太后一怒之ใ下，皇帝就会受到长跪的处罚，有时
竟可达几个小时之久ื。
在这样严厉的督导之下，万历的学习不断取得进步。他被教导说，做皇帝的最为ฦ重要的任务是敬天法祖，也就是敬重天道，效法祖宗。这种谆谆的教导在万历但即使是这些例行的批语，不到เ十岁的万历皇帝恐怕还是无法理解它的全部含义的。例如“知道了”，实际的意义是对本章内的建议并未接受，但也不必对建议者给予斥ม责。这些深微奥妙之处也只有随着他年龄的增长而逐渐加深理解。
重要官员的任命，即人事大权，也是决不容许由á旁人代理的。作出这一类决定，总是先由张居正和吏部ຖ提出几个人的候选名单，而由皇帝圈定其中之ใ一。万历皇帝虽然年幼，他已
经懂得排在第一的是最为ฦ称职的人选，只要拿起朱笔在此人的名字上画ฑ上一圈就可以体现他的无上权威。他从即位以来就不断受到这样的教育：他之所以能贵为天子乃是天意，天意能否长久保持不变则在于人和。要使百姓安居乐业，他应当审慎地选择称职的官吏；而要选择称职的官吏，他又必须信任张先生。
上述情况表明，张居正在人事任免中起着实际上的决定作用，这就理所当然地招致了不满。在万历十二岁的那一年，他几次接到弹劾张居正的本章。有人说张居正擅作威福，升降官员不是以国家的利益为前提而是出于个人的好恶。有人更为尖锐，竟直说皇帝本人应对这种情况负责，说他御宇三年，听信阿谀之臣，为ฦ其蒙蔽，对尽忠办事的人只有苛求而没有优待，这不是以恕道待人，长此以往，必将导致天意的不再保佑。
本朝有一个习惯，以气节自许的大臣，如果遭到议论攻击，在皇帝正式表明态度之前，自己้应该请求解职归田，以示决不模棱两可，尸位素餐。张居正既然受到直接间接的攻击，他就立即向皇帝提出辞呈，说他本人的是非姑且不论，但有人说他成了皇帝ຓ陛下和舆情之间的障碍，他在御前所能起到的作用已被这种议论一扫而光。既ຂ然如此，留亦无益。
万历当然不会同意张先生的请求。他向张先生和大伴冯保表示ิ，奏事的人必须受到惩处。张居正于是面奏说，任何人替陛下做事，都免不了作威作福。因为误事的官员必须ี降黜，尽职的官员必须提升，所以不是威就是福。二者之外，难道还有其他?张居正的慷慨陈辞和冯保的支持加强了皇帝的决心。他于是决定，第一个攻击张居正的官员褫夺官阶，降为庶人。第二个攻击者已经明知朕意，仍然执迷倔强，即是蔑视君上，应该押至午门外，脱去袍服，受廷杖一百下。廷杖是本朝处罚文臣的标准刑é具，很多人在受刑é时被立毙杖下，幸而得存者也在臀部留แ下了永久性的伤痕。
这时张居正显示了他的宽容。他恳请对犯官免加体罚，改为流放到边远省份，受当地官吏的监视。这种雅量使万历极为感动，无端遭受别ี人的攻击，还要代这个ฐ人说情，可见他确实是不计个人恩怨，有古大臣之ใ风。然而万历所不会理解的是，权倾朝野的张居正，他的作威作福已经达到了这样的程度：凡是他所不满的人，已经用不着他亲自出面而自有其他的内外官员对此人投井下石，以此来讨好首辅。果然，在几年之后，万历皇帝获悉当日免受杖刑é的这位官员，竟在流放的地方死去，其死情极端可疑。
经过这种种争论，加上年事日长，每天攻读史书也可以从中借鉴前代的教训，万历皇帝ຓ终于逐渐理解了问题的症结。
本朝的君主制度有一点与历朝不同。以前各个王朝，凡君主年幼，必定有他的叔父、堂兄这样的人物代为摄政，而这恰恰为本朝所不能容许。按照规定，所有皇室的支系，包括皇帝ຓ的叔父、兄弟以至除皇太子以外的儿子，一到เ成年就应当离开京城到自己้的封地，谓之“之ใ国”。之国也就是就藩，其居于各省，有极为富丽闳大的王府和丰厚的赡养，但不得干预地方政事，而且非经皇帝同意，不得离开他的所在地。这种类似放逐和圈禁的制度，目的在于避免皇室受到支系的牵制和干涉。