周延儒乘๖机中伤，崇祯在这时已开始对袁崇焕信心动摇。他提到เ袁崇焕以“清慎为ฦ己任”，似乎ๆ对他的“清”也有了怀疑。崇祯ງ心中似乎这样想：“他自称是清官，为甚么เ却不断的向我要钱？”
被魏忠贤逆党排挤罢官的大臣又再起用，他们都主张召回袁崇焕。天启七年十一月，升袁崇焕为右都御史、视兵部添注左ุ侍郎事。崇祯元年四月，再升他为兵部尚书、兼右副都御史、督师蓟辽、兼督登莱天津军务。兵部尚书是正二品的大官，所辖的军区，名义แ上也扩大到北直隶河北北部和山东北部沿海ร，成为抗清总司令。不过蓟ต州、天津、登莱各地另有巡ำ抚专责，所以袁崇焕所管的实际还是山海关及关外锦宁的防务。
和满桂冲突时，袁崇焕相当支持他。赵率教感恩图报，又得袁崇焕时时勉以忠义，到锦州大战时，他突然之间似乎变了一个ฐ人。他和前锋总兵左辅、副总兵朱梅等率兵奋勇死战，和皇太极部下的精兵大战三场，胜了三场，小战二十五场，也是每战都胜。从五月十一打到เ六月初四，二十四天之中，无日不战，战况的激烈，不下于当年宁远大战。六月初ม四那天，皇太极增兵猛攻。锦州城中放西洋大炮，又放火炮、火弹和矢石，清兵受创น极重。攻到天明时，皇太极见支持不住了，只得退兵，退到小凌河扎营，等候各路兵马集中整编。
明朝方面的困难也相当不小。
袁崇焕毕竟是个ฐ光明磊落的大丈夫，冷静下来之ใ后，知道是自己的不对，于是上奏请再用满桂。朝廷当然批准，派满桂兼统关内外兵马，赐尚方แ剑。王之ใ臣和袁崇焕是文官，等于现在的政委；满桂是武将，是部队司令。武将受文官指挥。幸亏袁崇焕不坚持错误，否则ท二次宁远大战，就不能ม得到满桂这样的大将来主持城防。
他母亲和妻子这时也在辽西，大概住在山海关或前屯卫后方。他将母亲和妻子都搬到เ宁远城中来住。全家和宁远共存亡的决心，表现得再清楚也没有了1้。
于是北京宣布戒严å，进入紧急状态。
军事局势糟糕之极，朝廷束手无策，只好再去请熊廷弼出来，惩罚了一批上次攻击他的官员，算是给他平气。可是兵部尚书张鹤鸣和熊廷弼意见不合，只喜欢马屁大王巡抚王化贞，嘱咐王化贞不必服从熊廷弼指挥。
神宗，神宗，真是“神”得很，神经得很！
中ณ国的经济也在迅展，手工业和技术非常先进。在十五世纪时，中ณ国是世界上最重要的产棉区之ใ一。由于在正德年间开始采用了越南的优良稻种，农田à加辟，米产大增，尤其是广东一带。因为推广种植水稻，水田中ณ大量养鱼，疟蚊大减4，岭南向来称为瘴疠的疟疾已不像过去那样可怕，所以两广的经济文化也开始迅展。
他开始挥后勤才能，在皮岛大做生意，征收商船通行税，那便是海上买路钱，派人去辽东和朝鲜挖人参。一方面向朝廷要粮要饷，又向朝鲜要粮食，理由á是帮朝鲜抵抗清兵，要收保护费。朝鲜也只得时时运粮给他。他升官财之ใ后，对打仗更加没有兴趣了。当时皮岛驻军有二万八千，战马三千余匹，皮岛之东的身弥岛驻兵千余，作为皮岛的外围，宁锦大战之时，毛文龙手拥重兵在旁้，竟不一兵一卒去支援，也不攻击清兵后方แ作牵制。袁崇焕当然极不满意，但因管他不着，无可奈何。天启年间，毛文龙不断ษ以大量贿赂送给魏忠贤和其他太监、大臣，对朝中当权派的公共关系做得极好。天启五年，御史麦之令弹劾毛文龙，认为他无用，辽东军务不能依靠他。魏忠贤极力袒毛，说麦之令是熊廷弼的同党，将他杀了。这样一来，所有反对魏忠贤的东林党清流派都恨上了毛文龙。
崇祯接位后，毛文龙作风不改。朝廷觉得皮岛耗费粮饷太多，要派人去核数查帐。毛文龙多方แ推托，总之ใ是不欢迎御用会计师驾临。
袁崇焕的新任命，理论上是有权管到皮岛东江镇的。朝中于是有人建议皮岛的粮饷经由宁远转运，意思是交由袁崇焕控制。甚至有人主张撤退皮岛守军，全部调去宁远。这些主ว张，都遭到เ毛文龙的抗拒，而兵部又对毛相当支持。
袁崇焕写信给辅钱龙锡商量，要杀毛文龙。钱回信劝他一切慎重。袁在北京时，也曾和钱龙锡商议过杀毛的事，当时袁对钱龙锡说，要恢复辽东，必须ี从整肃东江镇的军纪开始。
袁崇焕决心要解决这件事。崇祯ງ二年五月二十二日，袁崇焕离宁远，去和毛文龙会谈，约定了在旅顺ิ附近的一个ฐ小岛上相会，这小岛叫做岛山5๓。从宁远经渤海到เ旅顺，和从皮岛经黄海ร到旅顺，海ร程大致相等，所以旅顺是一个中间地点，也可说是中ณ立地带。那时毛文龙对袁崇焕已心存疑忌，如邀他到宁远相会，他是不肯来的。袁崇焕如去皮岛，却又是身入险地。
袁崇焕除座船外，带船三十八艘，出前先试放西洋大炮，射程远的五六里，近的三四里。二十六日到双岛，登州的军官带了兵船四十八艘来会。二十七日到岛山停泊，旅顺ิ的军官前来参见。袁崇焕带众将上山，到龙王庙去拜龙王，对众将训话：“本朝开国，中山王徐达、开平王常遇春诸君起初在鄱阳湖、采石矶大战，后来一直打到เ漠北，水战固然胜，马步战也胜，才能ม驱逐胡元，统一中国。现在你们的水师只能ม以红船在水上自守，满清鞑子不下海，难道能赶他们入海ร打水战么เ？所以水师必须也能6战。”他的抱负是要将水师训练成为ฦ海军6战队。
六月初一，毛文龙率领将士到达岛山，与袁互相交拜。毛文龙呈上礼ึ帖三封和三桌筵席。在船中ณ吃过，袁崇焕和他谈话，说道：“辽东海外，只有我和贵镇二人，务必同心共济，方能成功。我历险来此，旨ຈ在商议进取。军国大事，在此一举ะ。我有一个良方，只不知生病的人肯不肯服这一帖药。”当晚两人直谈到二更。初ม二袁崇焕上岛，犒赏毛的部ຖ属，和毛又密谈到三更。初三日又再谈，袁崇焕要求皮岛设文官监军，粮饷由宁远转，改编部队，连谈三日三夜，毛文龙始终不同意，到เ这时谈判终于破裂。袁崇焕给他最后一个ฐ机会，劝他辞职回乡。毛文龙说：“辞职回乡这件事，我一直是在盼望的。只不过我对辽东事务很熟悉，解决了满洲之后，可顺势袭取朝鲜了。”袁崇焕听他大言不惭，更是不满6๔。酒散后，袁传副将汪翥上船密议，五更方毕。通宵部署，要杀毛文龙了。初四日，袁崇焕犒赏毛部兵将共三千五百七十五名，军官每名三五两不等，兵每名数钱，又将带来的饷银十万两交卸。同时和毛划ฐ分职权，此后旅顺以东由á毛指挥，旅顺以西由袁指挥。毛文龙收到เ大笔银子，对指挥权的区划ฐ又十分满意，减少了提防警惕。
初五日，袁崇焕邀毛文龙一起检阅将士比赛射箭。相见后，袁崇焕说：“我明天要回宁远了。贵镇身当国家海外重寄，请受我一拜。”说着下拜，毛文龙跪下还礼ึ。大家上山后，袁的亲信参将谢尚政指挥各营士兵布成一个大围。毛文龙和随从官员百余名在围内，将毛部兵丁都隔在围外。
袁崇焕问起毛文龙手下将官的姓名，居然大多数姓毛。袁崇焕觉得奇怪。毛文龙说：“他们都是我的义แ孙。”7๕袁崇焕笑了起来，跟着对毛部众将说道：“你们在海ร外辛苦，兵士每个月只有五斗米的粮，甚至家中ณ几口人都分食此粮，想起来令人痛心。请大家受我一拜，感谢你们为国家尽力，以后大家不必担心没有粮饷。”当即下拜。众将磕头答礼ึ，甚是感动。
袁崇焕随即提出几件事来责问毛文龙，毛文龙抗辩。袁崇焕不客气了，斥ม责道：“本部院披肝沥胆，与你说了三日，只道你回头是岸，也还不迟。哪晓得你狼子野心，总是一片欺诳到เ底。你目中没有本部院，那也罢了。方今圣天子英武天纵，国法岂容得你？”命人除下他衣冠，绑了起来。毛文龙的态度仍是十分倔强，自称无罪有功。
袁崇焕厉声道：“你道本部院是个ฐ书生，瞧我不起。本部院却是能ม管将官之人。你说没有罪么？你犯了十二大罪，我数给你听：
“一、明朝的制ๆ度，大将在外，必由文臣监督，你专制一方แ，军马钱粮不肯受核。二、杀戮降人难民，谎报冒功，说杀的是清兵。三、宣称如果南下，取登州ะ和南京犹如反掌。四、每岁饷银数十万，但给兵士的粮饷每月只有三斗半，侵盗军粮。五、在皮岛开马市，擅自与外国贸易。六、部将数千名都冒称姓毛，擅自封官。七、败退时剽掠商船。八、你自己้强抢良家妇女，部下效尤。九、驱策难民到辽东去偷挖人参，不肯去的就不粮食，让他们大批在岛上饿死。十、将大量金银送去京师贿赂，拜魏忠贤为ฦ义父，在岛上替魏忠贤塑像。十一、铁山一仗，大败丧师，却报称有功。十二、设立军区已๐达八年，不能恢复寸土，观望养敌。”
这十二条罪状数了出来，毛文龙魂不附体，只有叩头求饶。
袁崇焕问毛的部将：“毛文龙该斩ล么？”诸将都吓得不敢作声。有人说毛文龙这些年来虽无功劳，但也辛苦出力。袁崇焕叱道：“毛文龙本来只不过是个ฐ寻常百姓，现今官居极品，满门封荫，已足够酬答他的辛劳了，为甚么他还这样悖逆？”于是向着北京叩头，宣称：“臣今天诛毛文龙以整肃军纪，诸将中ณ若有行为ฦ如毛文龙的，也一概处决。臣如不能成功，请皇上也像诛毛文龙一样的处决臣！”请出尚方แ剑来，命旗牌官将毛文龙在帐前斩决，向毛文龙部ຖ属谕示：“只诛毛文龙一人，其余各人一概ฐ无罪。”毛文龙麾下将士无一敢动。袁崇焕命人收殓毛文龙，次日开吊拜奠，说：“昨日斩你，是为了朝廷大法。今日祭你，是为了僚友私情。”
随即将毛部ຖ分为四队，派毛文龙的儿子毛承禄、副将陈继盛等四人分领，犒赏军士，尽除皮岛毛文龙的虐政。回宁远后上奏禀报，最后说：毛文龙是大将，不是臣有权可以擅自诛杀的。臣犯了死罪，谨候皇上惩处。
崇祯得讯，大吃一惊，非常不以为然。但想毛文龙已经死了，目前又正倚赖袁崇焕尽力，只得下旨嘉奖他一番，又下旨公布毛文龙的罪状，逮捕毛文龙的驻京办事处主ว任，以安袁崇焕之心。
袁崇焕担心毛文龙的部下生变，奏请增加饷银。但查核部队实数，兵员比毛文龙虚报时少得多了。崇祯见兵员少了，饷银反增，颇为怀疑ທ，但都一一批准。以崇祯这样刚强的性格，这时迫于形势而不敢得罪袁崇焕，实已๐深深伏下了杀机。毛文龙在皮岛，俨然是独立为王的模样，不接受朝廷派文官监察核数、滥杀难民冒功、侵吞军粮、军纪不肃，的确有罪。但袁崇焕以尚方剑斩ล他的方式，却也未免太戏剧化了些。明朝赐尚方แ剑给主帅，用意是给主帅以绝对权威，部ຖ将如不听指挥，立即可以诛杀。然而毛文龙的罪行都非紧急，也不是反叛作乱。何况毛文龙也是受赐尚方剑的。
毛文龙在皮岛，毕竟曾屡次出兵，骚扰满清后方แ，是当时海上惟一的一支机动游击队，满清对他也一直颇为重视忌惮。
这十二条罪状中，有几条平心而论并不能ม成立。毛文龙说取登州、南京如反掌，只不过一时夸口，并非真的要造反；向外国买马，当是军中需要；擅自封官是得到朝廷授权的，部ຖ将喜欢姓毛，旨在拍主帅的马屁，也没有甚么เ大不了；不能恢复寸土，只能说他无能，却非有罪，要打败清兵，恢复失地，谈何容易？在岛上为魏忠贤塑像，更难以加他罪名。天启年间，魏忠贤权势熏天，各省督抚都为ฦ魏忠贤建生祠、塑像而向他跪拜。当时袁崇焕在宁远也建了魏忠贤的生祠。时势所然，人人难免。
毛文龙死后，部ຖ将心中不服，颇有逐渐叛去的，其中ณ重要的叛将有孔有德、耿仲明、尚可喜。这三人投降满清，为清朝出了很大力气，后来都封王。清初ม四大降王，除吴三桂外，其余孔、耿、尚三人都是毛文龙的旧部ຖ。不过这也不能ม说是袁崇焕的过失8。
对于“杀毛事件”，当时舆论大都同情毛。一般朝臣认为ฦ，毛文龙即使有罪，他是一个大军区司令，也只能由皇帝下旨ຈ诛杀。皇帝的统治手段，主要只是赏与罚。袁崇焕擅杀大将，是严å重的侵犯了君权。
我也觉得袁崇焕这件事做得不对，过分的横蛮。将毛文龙逮捕，押解北京，交由á皇帝去处置，才是合理的方แ式。当时小说盛行，有人做了小说来称誉毛文龙。一部是四十回的《辽海丹ล忠录》，是杭州人6๔云龙所作，大捧向乡毛帅。另一部ຖ是作者不署名的《铁冠图》不是讲李自成事迹的那ว一部，以毛文龙为ฦ主角。
当时大名士陈眉公对“杀毛事件”抨击甚烈。另一个ฐ大名士钱谦益是毛文龙的朋友，对朝野舆论当然也有影响。《明季北略》甚至说：袁崇焕捏造十二条罪名来害死了毛文龙，与秦桧以十二道金牌来害死了岳飞完全一样。却又是过分的批评了。
推测袁崇焕所以用这样的断然手段杀毛，先是出于他刚ธ强果决的性格。其次，文人带兵，一定熟ງ读孙子兵法，对于孙子杀吴王爱姬ภ二人、因而使得宫中ณ美女尽皆凛遵军法的故事，对于“将在军，君命有所不受”的军法观念，一定印象十分深刻๑。那ว时候宁远、锦州、蓟州ะ各处军事要地都曾生兵变，如不整饬军纪，根本不能打仗。袁崇焕明知这样做不对，还是忍不住要杀毛，推想起来，也有自恃崇祯奈何他不得的成分。最后，毛文龙接近魏忠贤，袁崇焕接近东林清流，其中ณ也难免有些党派成见。
1督师本来比总督略高，但在于谦的时候还没有设督师当时总督是地位最高的带兵文官。见吴晗：《明代的军兵》。
2๐即今辽宁省安东之北的九连城，与朝鲜ຒ的义州ะ隔鸭绿江相对。
3皮岛在朝鲜写作椴岛。这个“椴”字，汉文音“驾”，但朝鲜人读作pi音，所以中国人就简称为皮岛。有一本相当流行的讲清史的通俗著作说皮岛即海洋岛，地理弄错了。海ร洋岛在皮岛和大连之ใ间，离皮岛约一百海ร里。皮岛是朝鲜ຒ地方，海洋岛是中ณ国地方แ。
4据朝鲜派去皮岛的使者记载：毛文龙每天吃五餐，其中三餐有菜肴五六十品，宠妾八九人，珠翠满身，侍女甚多。
5一般书籍包括《明史》上记载，都说袁毛的会晤地是在双岛。《荆驼逸史》中辑有《袁督师计斩毛文龙始末记》一文，采用的是日记体，从五月二十二日袁崇焕出到เ六月十一日回宁远，逐日记录海程、所经岛屿、风势、船只、兵员、官员姓名等等，十分详尽，作者显然是袁崇焕随行的幕僚或部属。
他写作态度异常忠实，对于袁毛密谈三日三夜，只记两人“二更后方散”、“密语三更方散”，记录两人密谈后的神色，却不记密语内容，全天凭空推测的言辞，合于现代要求最严格的报导体。该书记载袁毛相会的地点是在岛山，离旅๓顺ิ6๔路十八里，水路四十里，距双岛有半日水程，中间隔了松木岛、猪岛、蛇岛、虾蟆岛等许多岛屿。我比较各种资料，觉得岛山的说法更为可信。
6๔《始末记》记载当时情形说：“酒叙至终，袁方有傲状，毛帅有不悦意态。”
7๕后来大大有名的孔有德、耿精忠、尚可喜都是毛文龙的义แ孙，那ว时叫做毛有德、毛精忠、毛可喜。
8梁启在《袁崇焕传》中ณ说：“吾以为此亦存乎其人耳。毛文龙不死，安知其不执为ฦ诸降王长？”意思说，毛文龙如果不死，说不定他反而是第一大降王呢。然而这也是揣测之ใ辞了。