约瑟芬的不贞使他的情绪非常低落，他写信给哥哥约瑟夫说：“我需要离群索居。壮丽豪华使我感到腻烦，感情的源泉已经枯竭，对荣誉索然寡味。年仅29，却已๐历尽沧桑。”可拿破仑毕竟是拿破仑，这种悲观情绪并没有持续多久，他对战争的热情和强烈的征服欲使他抛开儿女情长，跨上战马又出了。进军叙利亚土耳其见自己的领地埃及被法国人占领，十分恼怒，苏丹立即派兵朝埃及进，向法国宣战。1้799年2月，拿破仑留下狄舍将军保卫埃及，自己率12000่人向叙利亚进军，迎击土耳其军队。
进军叙利亚的路途同样是艰苦的。沙漠行军的疲劳以及饮水的缺乏็使得士兵怨声载道。
他们咒骂共和国，咒骂起这次远征的人。幸好沿途城市非常软弱，它们一个接着一个ฐ向拿破仑投降。2๐月17日，法军占领阿里什堡，接着又占领了加沙。2๐月日，这支疲惫不堪的队伍第一次遥望见叙利亚青葱肥沃的田野，士兵们不禁联想起祖国的田园，一种思乡之ใ情油然升起。山峦和绿洲暂时使人忘却了远征的辛苦与艰难。
3๑月4日，法军包围了美丽的城镇雅法。拿破仑向城中居民宣布道：“若是投降，可保全身家性命。若是顽抗到เ底，一旦雅法被攻占，城中居民一律杀光。”雅法没有投降，法军开始猛攻。6日，雅法陷落。法军冲进城中，见人就杀，见东西就抢。这时有人来报，大约4000名全副武装ณ的土耳其士兵退守在一个设防很坚固的阵地里，拿破仑立即命博阿尔内和克鲁阿泽率军前去收拾他们。当法军到来时，阵地上的守军高声呼喊：”如能饶命就投降，否则，誓死坚守阵地，直到เ流尽最后一滴血。”博阿尔内和克鲁阿泽见敌军人数众多，恐硬拚难以取胜，便答应了他们的要求。这些土耳其士兵离开阵地，交出了武器。
当博阿尔内和克鲁阿泽带着4000่名俘虏回来报告时，拿破仑怒气冲冲地指责道：“你们要我拿这批人怎么เ办？我有粮食供应他们吗？还是有船装运他们去埃及或者法国？你们为什么这样给我办事呢？”两位将军辩解说，总司令曾指示ิ他们要禁止杀戮。”是的，”总司令以满腔热情答道：”对于妇女、孩童和老人即一切和平居民，但不包括武装士兵。你们的职责是要他们去死，而不该把这帮不幸的家伙带给我，你们要我把他们怎么เ办？”当天，拿破仑召集各位师长讨论如何处置这批俘虏，各师长一致认为现在口粮已๐不足，士兵们已多有怨言，再也不能把面包给敌人吃，否则ท，军队将生哗变。拿破仑犹豫不决，翻来覆去思考了3๑天，最后决定将这批俘虏枪毙。第四天，4000่名俘虏被押至海岸，一阵枪响，全部俘虏倒地而毙，这一惨剧令每个在场的人不寒而栗。
攻占雅法之后，瘟疫开始在军中流行，法军损失了约80่00人。但瘟疫并没能阻止拿破仑的前进。3月2๐0日，法军包围了阿克尔城堡。阿克尔城堡位于三面环水的半上，是巴勒斯ั坦的军事要冲，也是土耳其总督杰扎尔赖以顽抗的据点。阿克尔城堡有大炮250门，其守将是一位年长而英勇的人，他率领着一支非常强大的守城队伍。另外，阿克尔城堡还得到了一个英国海军支队的支援，这个海ร军支队拥有2๐艘战舰和几艘炮艇，其指挥是英国人西德尼。史密斯。在英国海ร军的旗舰上还有一位暂时充作英国陆军上校的法国炮兵军官菲利波。菲利ำ波原是拿破仑在布里埃纳军事学校的同学，因参与反革命叛乱而被囚禁在巴黎的监狱。17๕98๖年4月21日，他同一些王党分子一起帮助扣押在巴黎的英国军官西德尼。史密斯ั逃出监狱。3๑月15日，他们到เ达阿克尔。由于他们二人在城中协助作战，更增加了法军攻克阿克尔城堡的难度。
这天，装载攻城火炮的法国船只到达阿克尔海ร边，拿破仑立即下令攻击。不巧海上大雾弥漫，看不清前面的目标，法军船只一直冲入到英国海ร军的怀抱中，英国海军不费吹灰之力便将船上的法军擒住了。船上的大炮也被土耳仆人拿来对付法军了。尽管没有大炮攻城，拿破仑还是包围了要塞的陆墙。3月日，法军动了第一次不成功的突袭。4๒月1日，又动了一场突击，仍未成功。法军不仅攻城损失惨重，而且每周死于瘟疫的多达1้40人。
在此之前，拿破仑从未遭受过失败，这次，他仍相信幸运之ใ神不会其他而去。就在几次攻击失败以后，他还这样对秘书布里昂说：“我知道这个倒楣的地方已夺去我许多人的性命，消费了我许多时间。但是，事已至此，不能ม不试最后一着。如果我如愿以偿地成功，我会在城中找到总督的财宝和可供30万人的武器。我要鼓动并武装ณ叙利ำ亚的平民，他们憎恨杰扎尔的残暴。你也知道，每次攻势中，他们都默祷他的毁灭。然后，我要向大马士革和阿勒波进军。向这个国家挺进时，不满暴政的百姓将云集在我的旗帜ຒ周围，扩大我的军队。我要向民众宣布废除奴役制和土耳其的暴虐政府。我要亲率大军光临君士坦丁堡。我要推翻土耳其帝国，并在东方建立一个ฐ伟大的新帝国，把我的名字载入史册。”
拿破仑对未来充满必胜信心，可阿克尔城堡守卫的强大却打破了他的东方之。法军围攻阿克