筹委会先培训了近千名宣传民族区域自治政策的干部和群众，并动乡村干部、积极分子、宗教人士、社会名流等广泛深入地宣传党的民族区域自治政策，使党的民族区域自治政策深的各阶层人士的拥护。在筹备期间，筹委会对柯尔克孜族区域自治的各项重大问题都进行了充分的协商调查，充分征求广泛听取了柯尔克孜族广大干部和人民群众、各民族上层人士、宗教人士的意见建议。按照中央人民政府颁布的《中华人民共和国民族区域自治实施ๅ纲要》以及《新疆ຆ省民族区域自治实施条例》的规定，结合当地的实际况，本着有利于国家统一、民族团结，有利于自治区的经济建设的精神，进行深入细致的调查研究，充分协商和讨论了自治单位的行政区划、名称、民族组成、干部比例等问题。
柯尔克孜族自治单位确定为专区级。其行政区划，经过反复酝酿、调查和研究，基本达成一致意见，确定将喀什专区的乌ไ恰县、阿图十县和由蒲犁县塔什库尔干塔吉克自治县的二、三区，英吉沙县的六、八区后又增加了七区，疏附县乌ไ帕尔区的居勒克巴西乡，色尔亥台区的哈尔克其克乡，塔什米尔克区的奥依塔克乡、乌恰县三区的克牙克巴乡、木吉乡，新析置的阿克陶县及阿克苏的专区的阿合奇县等柯尔克孜族聚居区域作为柯尔克孜族自治区。自治单位的名称确定为“克孜勒苏”。克孜勒苏系柯尔克孜族语，意为“红水”。克孜勒苏河从柯尔克孜族聚居区穿境而过，是当地柯尔克孜族人民赖以生存的主要水源。世代以游牧为生的柯尔克孜族人民视水为神圣的母亲，与克孜勒苏河有着密不可分的关系。“红”在柯尔克孜族的生活中代表喜庆、欢喜和自由解放。“水”不仅得到柯尔克孜族人民的崇拜，而且象征着各族人民团结，象征着纯洁幸福的源泉。因此，柯尔克孜族人民一致同意用他们赖以生存的“克孜勒苏河”作为自治州ะ的名称。因为阿图什位于柯尔克孜族聚居区中部，位于乌鲁木齐和喀什主干道上，交通便利ำ，经济文化交通条件均优于其它各县，因此确定阿图什县现为阿图什市的阿图什镇为自治州ะ府。
19年月1日，克孜勒苏柯尔克孜族自治区届人民代表大会召开，正式宣布以柯尔克孜族为自治民族的多民族区—克孜勒苏柯尔克孜自治区成立。出席会议的正式代表共计1้人，其中柯尔克孜族代表9๗人，占代表总数的。%，维吾尔族代表人，汉族代表人，回族、塔吉克族、乌兹别ี克族各1人。其中ณ农牧民代表1้人，民主人士1人，宗教人士10人，部ຖ落头人人，文化教育界ศ人士人，工商界1人，军队人。其产党员0人，青年团员人，非党群众19人。大会选举产生了人民政府组成人员名，买买提艾沙阿依别尔迪当选主席，李月亮为副主席。新疆省主席鲍尔汗、省政府秘书长扎克诺夫等参加会议。会议给主ว席和中央新疆ຆ分局了致敬电。中央新疆分局委员赛甫拉耶夫代表新疆分局和新疆省人民政府致祝词；南疆区党委第一书记左齐代表南疆区党委致祝词；南疆区行署主任伊敏诺夫代表南疆ຆ行署致祝词。前苏联驻喀什领事馆领事等也到会祝贺。1้9年月，新疆省人民政府决定，克孜勒苏柯尔克孜族自治区改名为克孜勒苏柯尔克孜族自治州，自治区人民政府改为自治州人民政府。
克孜勒苏柯尔克孜自治州所属三县一市是先后经过不断调整才得以形成的。190年月日阿合奇县人民政府成立，隶属于阿克苏专区公署。19年，伽师县的哈拉峻包括现在的哈拉峻乡和吐古买提乡、格达良乡划归阿图什县。19年月1日克孜勒苏柯尔克孜自治区成立后，阿图什划归克孜勒苏自治区，并成为府所在地。19๗年1月，划归克孜勒苏柯尔克孜族自治区的阿克陶，由国务院正式批准成立阿克陶县。
自治州成立之后，自治州各级部门全面贯彻执行党和国家制定的民族区域自治政策，柯尔克孜族人民充分行使在国家法律保护下的民族自治权利，自主管理本民族的各项事业和地方经济文化建设，充分挥党和国家赋予民族地区的一系列优惠政策和民族自治的优势，各项ำ事业取得长足展。198年月日，自治州ะ第二次人民代表大会第一次会议通过《克孜勒苏克尔克孜自治州人民代表大会和人民委员会组织条例》并上报新疆维吾尔自治区和全国人民代表大会常务委员会。1้9年月9日，全国人民代表大会常务委员会第9次会议批准《新疆维吾尔自治区克孜勒苏克尔克孜自治州人民代表大会和人民委员会组织条例》，这个条例共四章四十八条，是自治州成立以来经全国人民代表大会常务委员会批准的第一个条例。