“第四条，各个部落的酋长应把属于马穆鲁克的货物、房屋和财产封存起来，并注意不得有任何侵吞。
“第五条，部落酋长、律法师和阿訇应继续履行自己的职责。所有居民应留แ在家里，并照常祈่祷。大家应为消灭马穆鲁克而感谢真主ว，并高呼：'光荣归于苏丹！光荣归于他的朋友法兰西部队！把马穆鲁克逐出教门，幸福属于埃及人民！'”
6天之后，拿破仑命克莱贝尔为当地和全省司令官，率约9000卫戍部队留แ守亚历山大，自己则ท率其余军队向开罗进。
这是一年中最炎热的季节。全军要在几乎是无水的沙漠里作长达60่公里的行军，官兵们第一次真正认识到这场战争的艰苦性。浩翰的沙漠烤灼在直射的骄阳下，水成了最珍贵的东西。乡村居民在慌乱中起家出走，临走时往井里下了毒或将泉水掩盖起来。法军没有准备热带服装ณ，甚至连水壶也没带，部队渴得要命，可除了令人恶心的咸水塘外，找不到任何解渴的东西。空气中ณ充满了毒虫，黄沙的灼光减弱了大多数人的视力，许多人因此而失明，路途中不见人踪兽迹和草木，只有阿拉伯骑兵神出鬼没，不时地袭击掉队的法军。士兵们怨声载道，难道司令许给每人的6亩土地就在这里？军官们也无法忍受这恶劣的环境，被派往贝达的狄舍将军写信给拿破仑说：“我求求你，别再让我们留在这个地方，士兵们已经灰心丧气、窃声抱怨了。命令我们前进或者后撤吧。各个村庄尽是小茅屋，一点财源也没有。”就连缪拉和拉纳这样英勇无畏ั、久经考验的将领ๆ也忍不住起牢骚，他们愤怒地把帽徽踩入沙中ณ。惟有拿破仑一人然于这一切灾难之上，他是下了决心要把这场战争进行到底。
尽管整个部ຖ队疲惫不堪，但部队每到一个城镇都不得有一分钟็的休息，拿破仑的目标是继续行军，立即挺进开罗。法军入侵的消息传到开罗，开罗张灯结彩，贝伊们和他们的将军们出一阵阵欢呼声，他们把法军视为"ิ待切的西瓜"，并保证每个马穆鲁克将带回成百颗人心。于是，穆拉德贝伊率领20่00名马穆鲁克、2000名土耳其步兵和60艘船的小舰队从开罗出。
7月13日夜间，拿破仑率军沿尼罗河左岸向南进，同时由á卑雷指挥的一支法国舰队也沿河上驶。拂晓时分，法军抵达肖布腊克希，在这里遇上了穆拉德贝伊率领的马穆鲁克骑兵团。拿破仑立即将他的每个师都组成方แ阵。方阵里刺刀林立，寒光逼人。方阵的四角都设有火炮。为了能与河上的舰队保持接触，其中ณ一个师的方阵紧靠尼罗河。日出之时，各团的乐队在方阵中央奏起《马赛曲》，准备迎接战斗。
面对法军方阵厚密的刺刀，马穆鲁克骑兵毫无惧色，他们喊叫着，起了勇猛的冲击，但很快就遭到法军枪弹和葡萄炮弹的还击，不得不败下阵来。马穆鲁克骑兵再次冲锋，但毫无战果，法军的方阵犹如铜墙铁壁一般，纹丝不动。在法军强大火力的逼迫下，马穆鲁克骑兵不得不退向开罗。
与此同时，尼罗河上的法国舰队因遭到马穆鲁克舰队的拦截而处境危险。法方死伤30多人。正在这关键时刻๑，法国炮艇有一炮击中了敌军旗舰上的弹药库，所有乘员全被炸死，敌军舰队大乱，慌忙撤退，法军舰队转危为安。
战斗结束后，拿破仑立即动追击。尽管天气酷热，法军还是兼程挺进。7月20่日黄昏，他们到达了尼罗河的分叉点，这里距开罗仅1้5公里，排列整齐、雄伟壮观的金字塔就在眼前。正当大家面对金字塔赞叹不已时，拿破仑登上了一个山坡，他现马穆鲁克兵早已๐在尼罗河两ä岸严å阵以待，左岸上是穆拉德贝伊军，右岸上是易卜拉欣贝伊军。
7月21้日凌晨2时，金字塔群附近的开阔地带旌旗蔽日，杀气腾腾，穆拉德军与法军都摆开阵势，准备决一雌雄。一场著名的金字塔大战开始了。
马穆鲁克一方的中央是精锐的骑兵军团，由1้200่0่名骑士组成。骑士们个个身穿白袍，头插羽毛，手中的刀剑、长矛闪闪光。骑兵军团的右翼是2万名土耳仆人和阿拉伯人组成的步兵军团。他们的阵地上构筑着一道道土垒，土垒后面设置着40门旧ງ式大炮。骑兵军团的左ุ翼，是几千名阿拉伯游牧部ຖ落士兵，他们有的徒步，有的骑马，有的骑骆驼，服饰和武器杂乱无章。
拿破仑和他的参谋们来到前沿，仔细观察敌阵和周围地形，他们很快现了马穆鲁克军的几个弱点：骑兵军团的队列十分松散，步兵军团更是混乱ກ不堪；土垒非常简易，不足以阻挡步兵的攻击；铁ກ炮安置在无法移动的海军式炮架上。拿破仑观察完毕，便对各师团下达具体作战方แ案，每个师团组成一个方阵，5个ฐ师团面向敌军一字排开。
上午11้点左右，一阵阵战鼓声和军号声响了起来。法军狄舍师团先向前缓缓移动。几分钟็后，其他几个师团也迈步前进。
看到法军方阵逐渐逼近，穆拉德贝伊的脸上露出轻蔑的冷笑。他拔出战刀，在空中划了一个弧形，大声叫道：“勇士们，真主保佑我们消เ灭这些可恶的异教徒。冲啊！"刹那间，沙土飞扬，马蹄声大作，马穆鲁克兵出狂野的呼喊，以排山倒海ร