申时行下决心当和事佬，固然有以上的理论及经验作背景，但也与个人利害有关。
他在初任首辅的两年内，曾一再感到风雨飘摇。当日凡被目为张居正的私人，都要费一番๘心力，为自己洗刷。申时行固然有忠厚长者的声名，但是他与张的密切关系，也早为人所共知。纵使他是当今皇上老师，亦于事无补。这时候万历皇帝ຓ年已十九岁左右，嘴唇上和颔下已长出了稀疏的短须，俨然一个成年人了。他声称过去被人愚弄，今后当彻底地独立自主。皇上要振作，当然是好事；然则他的动机却出于疑忌。这又增加了左右大臣职务上的危险性。申时行也很清楚地看到，在他前任八个首辅中，只有李春芳和张四维可谓能全始终，其他翟銮、夏言、严嵩、徐阶、高拱和张居正六人，或遭软禁，或受刑事处分，或死后仍被追究。表面看来，所有处分出自皇帝的旨意，其实所有案件，无一不产生于文官集团中的矛盾。首辅或是在政策上遭到多数人的反对，或是个性太强而引起嫉妒和仇视。技术上的争端，一经发展，就可以升级扩大而成道德问题，胜利者及失败者也就相应地被认为ฦ至善或极恶。
因之ใ我们的政事，注重体制的安定，而不计较对一人一事的绝对公允。牺牲少数人，正是维持大局的办法。人事考察条例，也就从这里着眼。按照规定，四品以下的地方官三年任满应当入京朝觐述职，由皇帝及有关部门核定他们政绩的优劣。但是全国有一千一百多个县，任何精明强干的人事官员也无法详细知道他们的具体成绩，而只能在大节目上斟ต酌一二。如果一个地方官所统辖的地区安静无事，税收没有多大亏欠，该地区的民风就是“淳厚”而并非“刁顽”，这一位地方官必为好官而非“浮躁”或“才力不及”。京官六年一考核，名为“京察”，考察也很难根据实际能力和成绩，而大抵是视其人事应付能否得宜而有其上下高低。京官对这种考核总是战战兢兢，因为ฦ一旦ຆ得到一两个不良的评语，则一生事业可能立即付诸东流。本朝历史上最严格的数次考察，曾使两千多文官停职降级。在当政者来说，没有这样的办法，朝廷上就无法去旧迎新；在被考核的文官来说，这样大批的斥退的确令人寒心，于是他们更要互相照ั顾ุ，以作为保护安全的必要手段。
各式各样的社会关系也使他们结成小集团。出生于一省一县，是为“乡谊”。同一年考中举ะ人或进士，是为“年谊”；同年的举人或进士就像学校里的同班一样，在原则上有彼此关照ั的义แ务，他们的考官则不消说是终身的恩师。婚姻关系，包括男女双方的远亲近属，是为“姻谊”。这多种的“谊”是形成文官派系的一个ฐ主要原因。各派系的主要人物亦即后台老板就有提拔新า进的义务；私人的困难，可以协助解决，错误也可以掩饰。被提拔的和被帮助的当然会对后台老板效忠卖力，终身不渝。
《万历起居注》书影。万历元年正月初五日，小皇帝传谕内阁提前举行日讲。经筵和其他所有的仪式一样，必有其目视耳听的对称均衡。先一日用楷书恭缮的讲义แ此时已经陈列于案几之上。在赞礼官呼唱之下，两ä员身穿红袍的讲官和两员身穿蓝袍的展书官出列。他们都是翰林院中的优秀人员。讲官面对皇帝，展书官在书案两侧东西对立。接着是讲官叩头，叩头毕，左边的展书官膝行接近书案，打开御用书本讲义，用铜尺压平。此时左ุ边的讲书官也已经趋前，站在中央的位置上，开始演讲。讲完后，书本盖覆如前，讲官及展书官退列ต原位，以便右边的同僚履行任务。左ุ边讲官所讲授的是“四书”，右边讲官所讲授的则为历史。此种节目，历时大半天只有讲官可以口讲指划，其他全部人员都要凝神静听，即在皇帝亦不能例外。如果当今天子偶然失去了庄重的仪态，把一条腿放在另一条腿之上，讲官就会停止讲授而朗诵：“为人君者，可不敬哉?”这样的责难不断重复，决无宽贷，一直到这个为人君者突然发现自己的不当而加以改正，恢复端坐的形态为ฦ止5。
这种繁文缛节乃是当日国家中一种重要制度。经筵的着眼点在发挥经传的精义，指出历史的鉴戒，但仍然经常归结到现实，以期古为今用。称职的讲官务必完成这一任务，如果只据章句敷衍塞责或以佞辞逢迎恭维，无疑ທ均属失职，过去好几个讲官就曾因此而被罢免6。
抄没后的财物一百一十台被抬进宫门，其中包括御笔四纸，也就是当年皇帝赏赐的、称颂张先生为忠臣的大字。财物中并没有值得注意的珍品。万历皇帝是否亲自看过这些东西或者他看过以后有无反应，全都不见于史书的记载。当日唯一可能ม阻止这一抄家措施的人是慈圣太后，但是她并没有这样做，也许她正在为她父亲武清侯李伟的去世伤悼不已而无心置问。李伟死后被封为国公，并允许长子袭爵。要是张居正还在，这种本朝前所未有的殊荣旷典是决不可能被授予的，他一定会用爱惜朝廷名器这一大题目出而作梗。仅凭这一点，慈圣太后也不可能再对张居正有任何好感。
在抄家之ใ后，有两个人呈请皇帝对张居正的老母额外加恩。万历一面批准以空宅一所和田地一千亩作为赡养，一面又指责了这两个呈请者。大学士申时行遭到了温和的申诫，刑部尚书潘季驯则由于夸大张氏家人的惨状而被革职为民。
即所谓“答应