从1582๐年的冬天到1้583年的春天的几个月之间，皇帝的情绪陷于紊ฐ乱。大学士张四维提议建造寿宫，即预筑皇帝的陵墓，以此来分散皇帝ຓ对张居正事件的不快。158๖3年春，适逢三年一度的会试。按照传统，皇帝以自己的名义แ亲自主持殿试，策文的题目长达五百字。他询问这些与试举人，为什么เ他越想励精图治，但后果却是官僚的更加腐化和法令的更加松懈?这原因，是在于他缺乏仁民爱物的精神，还是在于他的优柔寡断ษ?毫无疑问，这样尖锐的试题，如果不是出于皇帝自己的指示，臣下是决不敢擅拟的。
如果说万历确有优柔寡断的缺点，他的廷臣却正在勇往直前。清算张居正的运动继续发展；事情一定要弄到水落石出。这几个月之中，几乎所有因触犯故太师而得罪的官员一律得到起复，降为庶民的复职，充军边地的召回。至于这些人所受的处分是否咎由á应得，则不在考虑之列。但是清算运动还有一大障碍，就是司礼监太监冯保。他和张居正串ธ通一气，至今还掌握着东厂的锦衣卫特务，如果不加翦除，毕竟后患无穷。于是又由冯保的下属，两个司礼监宦官出头直接向皇帝检举：万岁爷的亲信之ใ中，以冯保最为狡猾。他假装ณ清廉，但前后
皇帝的行动如此坚决而且迅速，无疑大出于反张派的意料之外。皇帝紧接着又降下敕书，内称，参奏张居正的人假借忠孝之名掩盖一个大逆不道的目的，即欺负朕躬年幼，妄图赶走辅弼，使朕躬孤立无援而得遂其私。此次给予杖责，不过是小示儆戒，如果有人胆敢继续顽抗，当然要给予更严å厉的处罚。这样严å肃的语气，等于为ฦ再敢以行动倒张的官员预ไ定了叛逆罪，使人已无抗辩的余地。这一恐吓立即收到เ应有的效果。除了一名办事进士名叫邹元标的又继续上疏弹劾以外，没有别人再提起张居正的不忠不孝。事情就此结束。最低限度在今后五年之内不再有人参劾元辅，非议夺情。至于那个邹元标，由于奏章呈送在敕书传遍百官之前，因此加恩只予廷杖并充军贵州。此人在以后还要兴风作浪，这里暂时不表。
张居正用布袍代替锦袍，以牛角腰带代替玉带，穿着这样的丧服在文渊阁照常办事。皇帝批准了他的请求，停发他的官俸，但同时命令宫中按时致送柴火油盐等日用品，光禄寺致送酒宴，以示ิ关怀优待。倒张不遂的官员大批挂冠离职，他们推托说身体衰弱或家人有故，所以请求给假或退休。此时北京城内还发现传单，内容是揭露张居正谋逆不轨。东厂人员追查传单的印制ๆ者没有结果，只好把它们销毁，不再呈报给皇帝，以免另生枝节。
在1578年大婚之ใ前，万历和慈圣太后同住在乾清宫。太后对皇帝能否克尽厥职和勤奋学习均极为关怀，皇帝的其他行动也经常得到她的指导。至于冯保，当万历还是皇子的时候就是他的伴侣，提携捧抱，兢兢业业地细心照护，所以后来才被称为ฦ“大伴”。到这时候，冯保已经擢升为司礼ึ监太监，也就是宫内职位最高的宦官。他经常向慈圣太后报告宫内外、包括皇帝本人的各种情况，慈圣因此而能ม耳目灵通，万历却因此而渐生畏惧。慈圣太后教子极为严格，如果大伴作出对皇帝不利的报告，太后一怒之下，皇帝就会受到长跪的处罚，有时
竟可达几个小时之久。
抄没后的财物一百一十台被抬进宫门，其中包括御笔四纸，也就是当年皇帝赏赐的、称颂张先生为ฦ忠臣的大字。财物中并没有值得注意的珍品。万历皇帝是否亲自看过这些东西或者他看过以后有无反应，全都不见于史书的记载。当日唯一可能阻止这一抄家措施的人是慈圣太后，但是她并没有这样做，也许她正在为ฦ她父亲武清侯李伟的去世伤悼不已๐而无心置问。李伟死后被封为国公，并允许长子袭爵。要是张居正还在，这种本朝前所未有的殊荣旷典是决不可能被授予的，他一定会用爱惜朝廷名器这一大题目出而作梗。仅凭这一点，慈圣太后也不可能再对张居正有任何好感。
在抄家之后，有两个人呈请皇帝对张居正的老母额外加恩。万历一面批准以空宅一所和田地一千亩作为赡养，一面又指责了这两个呈请者。大学士申时行遭到เ了温和的申诫，刑部尚书潘季驯则由于夸大张氏家人的惨状而被革职为民。
事态既ຂ然发展到这一地步，万历已经无法后退。对这两年的一切措施，也有必要向天下臣民作出交代。要说张居正谋逆篡位，一则缺乏证据，二则ท对皇室也并无裨益，所以，在抄家四个月之ใ后，即1584年阳历九月，才正式宣布了总结性的罪状：“诬蔑亲藩，侵夺王坟府第，箝制言官，蔽塞朕聪，专权乱政”，本当剖棺戮尸，仅仅因为他多年效劳，姑且加恩宽免。他的弟弟和两ä个儿子被送到เ烟瘴地面充军。